(1046 – 1056) – veľmi zdôrazňovali svoje výsady v Cirkvi a Rímsku cirkev chápali ako „privátnu cirkev“ cisára, čo malo často nepriaznivý dopad. (Henrich III. tieto „výsady“ použil, keď v r. 1051 kázal v Goslare obesiť niekoľko heretikov, ktorých hlavnou vinou bolo, že odmietli jesť mäso.) Toto naznačuje negatívny aspekt úzkeho spojenia Cirkvi a štátu, typického pre stredovek. Preto sa viacerí teológovia snažili vo svojich reflexiách riešiť otázku nezávislosti pápežskej moci (napr. biskup Vaso z Liége). V 11. a 12. storočí Cirkev však ešte stále nemala jednoliatu, všeobecne používanú pragmatiku voči heretikom. Tá si naďalej vyžadovala ustálenie a kodifikovanie a vlastne sa mala ešte len rozvinúť. Hlasy tých, ktorí zastávali postoj, že „heretikov treba premáhať pomocou argumentov, a nie pomocou zbraní“ ale postupne zamĺkli, keď krutosť katarov a valdéncov (ktorí okrem iného popierali aj sociálne základy západnej spoločnosti) presahovala medze a celý problém sa začal uberať smerom, ktorý naznačil Gracián z Bologne vo svojom kódexe Concordia discordantium canonum. Tento Graciánov kódex bol len súkromnou právnou zbierkou, ale od štyridsiatich rokov 12. stor. sa stal základným textom pre profesorov práva v celej Európe, ako aj základným kameňom rodiaceho sa práva latinskej Cirkvi. Práve Gracián vymeriaval za herézu nielen exkomunikáciu, ale aj kriminálne tresty. Postupne sa všeobecne uznávala zásada, že bludárov treba oznámiť svetskej vrchnosti, aby ich náležite potrestala. Predchádzalo tomu aj všeobecné ľudové presvedčenie, ktoré nielen schvaľovalo tieto opatrenia, ale ich aj žiadalo.
Pre ilustráciu: Katari zavrhli cirkevnú organizáciu, kňazstvo, úctu obrazov, prísahu, vojnu, trest smrti a svetskú vrchnosť – obrátili všetko kresťanské naruby. Protisociálnou bola táto sekta tým, že smerovala k úplnému zničeniu občianskej európskej spoločnosti. „Všetko pod Slnkom a na čo svieti Mesiac je zlo a zmätok,“ napísal Limozus Neger, jeden z predstaviteľov. Odmietali štát, podľa nich „dielo Satanovo“, odmietli akékoľvek občianske záväzky a povinnosti – štát na nich hľadel ako na ohrozenie celého spoločenského života.

3.Inkvizícia

Vznik inkvizície teda úzko súvisí s potlačením heretikov, konkrétne albigéncov. Oficiálne sa zrodila až v roku 1231 a pretrvala do počiatkov 19. stor. Je to zvláštna cirkevná inštitúcia, ktorej úlohou bolo vystopovať a potrestať heretikov. Jej hlavnou úlohou bola obrana viery, odstránenie a ničenie herézy, s prvotným cieľom obrátiť heretika a druhotným cieľom potrestať ho v prípade, ak by zotrvával vo svojej heretickej zlobe.
Inkvizičná procedúra bola veľmi komplikovaná.