Podozrenia, udania alebo aj fáma stačili inkvizítorovi na to, aby predvolal podozrivú osobu na súd alebo ju uväznil. Hneď sa vykonal výsluch v prítomnosti dvoch svedkov. Notár vypracoval o výsluchu protokol. Vina obvineného bola ustálená jednak priznaním a takisto svedectvom vierohodných osôb, za predpokladu, že neboli nepriateľmi obvineného. Na dokázanie viny stačili dve svedectvá týchto osôb: ich výpovede boli predložené vyšetrovanému , no ich mená zostali kvôli predídeniu pomsty utajené, ak hrozilo vážne nebezpečenstvo násilnej odvety. Ak obžalovaný nechcel vypovedať, pristupovalo sa k prísnemu väzeniu, v ktorom sa praktizoval nedostatok jedla, spánku, klady na nohách a reťaze na rukách. Ak obžalovaný trval na popieraní viny, bol vydaný na mučenie v jeho rôznych podobách: škripev, povraz, žeravé uhlíky, čižma.
Najvážnejším aspektom inkvizičného procesu bola skutočnosť, že odsúdený zostal takmer bez obhajcov, lebo prakticky sa advokát alebo notár, ktorí poskytovali svoje služby obžalovanému,vystavovali možnosti straty svojho úradu alebo riziku upadnutia do infámie (zhanobenie dobrého mena) ako priaznivci herézy a jej podporovatelia.
Po dosiahnutí dôkazu, že obžalovaný bol vinný z herézy, inkvizítor zvolal porotu rehoľníkov, svetských klerikov, súdnych konzultorov, od ktorých si vyžiadal ich mienku o prípade. Po jej vypočutí vyniesol rozsudok. Ak sa osoba zriekla svojich omylov, bola odsúdená na uväznenie vo voľnejšej forme väzenia, príp. museli nosiť na odeve znak hanby (pruh žltej alebo červenej látky). Inokedy sa im uložilo vykonať si veľmi dlhé púte. Medzi menšie tresty patrilo bičovanie, posluhovanie pri náboženských slávnostiach, počas ktorých museli ľudu hovoriť, že si zaslúžili tresty, ktoré im boli uložené. Bolo to pokánie, potrebné k spáse.
Ak odsúdený trval na svojich omyloch, alebo sa ich najprv zriekol a potom sa vrátil k vyznávaniu toho istého bludu, inkvizítor ho vydal do svetských rúk, ponechal teda svetskej moci na potrestanie za urážku veličenstva, a to v civilnom práve znamenalo upálenie na hranici. Inkvizítor na jednej strane „nevydal“ , ale „prenechal“ obvineného do svetských rúk; na druhej strane odporučil, aby bol ušetrený mučenia, ktoré by ho zmrzačilo, a smrti. Skutočne nešlo o pokrytectvo, pretvárku. Podľa ustanovenia č. 18 (Sententiam sanguinis) IV. lateránskeho koncilu (1215) bolo klerikovi zakázené zúčastňovať sa na procese, ktorý vyniesol rozsudok trestu smrti. Trest uvrhoval do iregularity. Inkvizítor tým, že „prenechal! heretika svetským rukám a doporučil, aby nebola preliata krv, vyhol sa kánonickej iregularite.