Časom prakticky zanikla konfesionálnym štiepením kresťanstva. Neodstránili ju protestantskí reformátori, veď ju sami schvaľovali a používali, ale osvietenské idey o tolerancii a vznik moderných štátov.
Svoj vrchol dosiahla inkvizícia v Taliansku, Francúzsku a Španielsku, kde sa od roku 1478 stala štátnym úradom.
Význam inkvizície poklesol vplyvom osvieteneckej kritiky a odtrhnutím cirkvi od štátu; existencia inkvizície v niektorých krajinách – v 19. stor. (Španielsko do r 1834, Taliansko do r 1859, cirkevný štát do r 1870; v Čechách bola zrušená Jozefom II.)
Najvyššou inštitúciou pre všetky súdy vo veciach viery sa po reorganizácii v súvislosti s protireformáciou stalo r. 1542 tzv. Sanctum Officium, ktoré bolo II. vatikánskym koncilom r. 1965 premenené na Kongregáciu pre veci viery, tým inkvizícia da facto zanikla.

7.Čo súdiť o stredovekej cirkevnej inkvizícii?

Pozoruhodné je hodnotenie Dr. J. Špirku, cirkevného historika, v diele Cirkevné dejiny I., II., Martin z roku 1943: „Inkvizícia je škaredou ustanovizňou stredoveku, ktorou sa vylialo veľa nevinnej krvi a spáchalo veľa neprávostí. Je však dieťaťom svojej doby; neslobodno na ňu pozerať okom dnešných časov a posudzovať ju podľa moderných náhľadov. K jej spravodlivému posúdeniu je nutné vžiť sa do vtedajšej ideológie a objasní sa nám veľa nechápateľného. Tu osobitne platí zásada: distingue tempora et evanescit difficultas!
Stredovek viac ako ktorákoľvek doba pokladal náboženstvo za najväčšie dobro ľudstva a každý, kto ho a jeho jednotu ohrozoval, bol pokladaný za zločinca, ktorého odstránenie a znemožnenie si pokladali za svätú povinnosť Cirkev i štát. Nič na svete, tedaani ľudský život, nebol dosť veľký na to, aby sa neobetoval, keď išlo o udržanie čistoty viery. No a v stredoveku sa vôbec ľudský život necenil tak ako dnes.. Majme pred očami to úzke spojenie Cirkvi a štátu v stredoveku, kde porušenie cirkevnej jednoty znamenalo aj útok na štát...“
Katolícka cirkev chce urobiť zásadné spytovanie svedomia o dôvodoch, ktoré viedli k inkvizícii. Msgr.