Bol ním navarrský študent Miguel Landívar, ktorý sa rád s pánom zúčastňoval na veselých večierkoch v pochybnej spoločnosti. A keď jeho pán neskôr pod Loyolovým vplyvom zmenil život, Miguel chcel nábožného "zvodcu" zabiť.
Xavér istý čas utekal pred Ignácom. Ten však vybadal vo Františkovi mimoriadny charakter a chcel ho získať pre Božiu vec. Životopisci spomínajú evanjeliový citát, ktorý údajne Ignác pripomínal Františkovi: "Čo osoží človekovi, keby aj celý svet získal, ale svojej duši by uškodil?!" (Mt 16,26) Pritom mu získaval poslucháčov a občas ho priamo podporil peniazmi. Robil to však veľmi diskrétne, aby o tom iní nevedeli, ba ani sám František. V žiadnom prípade si ho nechcel "kúpiť".
František sa usiloval zabezpečiť si existenciu aj iným spôsobom. Vo februári 1531 požiadal svojich príbuzných, aby mu zaobstarali cisárske osvedčenie o tom, že je šľachtic so všetkými právami a výsadami španielskej šľachty. Tak by mal prístup k výnosnejším úradom a vyšším hodnostiam. Z Navarry však dlho neprichádzalo žiadané osvedčenie. Ľahostajnosť Františkových príbuzných sa takto stala nástrojom Božej prozreteľnosti. Nádejný potomok xavérskeho rodu sa pod Ignácovým vplyvom začal pozerať na svoj život z hľadiska Božej oslavy a spásy nesmrteľných duší, vrátane svojej. V lete 1533 bol už ochotný opustiť všetko, na čom si doteraz zakladal. Ale Ignác a jeho spoločníci ho prehovorili, aby v akademickom roku 1533-1534 ešte vyučoval.
15. augusta 1534 bol František medzi tými, ktorí sa spolu s Ignácom Loyolským v kaplnke sv. Dionýza na parížskom vŕšku Montmartre sľubom zaviazali, že pôjdu do Svätej zeme a tam budú apoštolovať v evanjeliovej chudobe a čistote. Ak sa im nepodarí dostať sa do Palestíny, dajú sa k dispozícii Kristovmu nástupcovi na zemi - rímskemu pápežovi.
Na jeseň 1534 si František urobil pod Ignácovým vedením duchovné cvičenia, ktorými spečatil svoje ďalšie životné smerovanie. Svoju veľkodušnosť prejavil hrdinskými skutkami pokánia, ktoré hraničili s nerozumnosťou a vážne ohrozovali jeho zdravie. Ale napokon sa všetko šťastne skončilo. Keď sa príbuzní dozvedeli o Františkovej zmene, ktorá nespĺňala ich predstavy a očakávania, rýchlo mu poslali osvedčenie, ktoré si kedysi žiadal. Ale teraz už bolo bezpredmetné.
Roky 1535-1536 venoval František štúdiu teológie. Potom sa podľa sľubu z augusta 1534 vydal aj so spoločníkmi na cestu do Benátok, kde boli všetci (okrem najmladšieho Salmeróna) v júni 1537 vysvätení za kňazov.
Pri pobyte v Benátkach býval František s Ignácom Loyolským v nemocnici "nevyliečiteľných", kde pomáhali v službe ťažko chorých.