Konečne na sviatok Nanebovzatia Panny Márie pristáli v meste Kagošime na ostrove Kjúšú, odkiaľ pochádzal Anjiro-Pavol.
Miestny knieža, daimyo, prijal Františka a jeho spoločníkov priateľsky. A kým sa misionári zaúčali do japonskej reči, Anjiro získal pre kresťanstvo vyše sto svojich príbuzných a známych. Okrem toho v krátkom čase prijali krst aj členovia niektorých významných rodín. František bol spokojný s takýmto začiatkom misie a robil si veľké plány do budúcnosti. V novembri 1549 poslal do Indie list, v ktorom vysoko hodnotil Japoncov: "Japonci sú najlepší doteraz objavený národ a myslím, že medzi pohanmi neobjavíme iný, ktorý by ich prevýšil."
Pokojné ovzdušie však netrvalo dlho. Budhistickí mnísi, bonzovia, popudzovali daimya proti misionárom a ten zakázal ďalšie šírenie kresťanstva. František sa rozhodol ísť do hlavného mesta celej ostrovnej ríše Miyaka (terajšie Kjóto) k jej najvyššiemu vladárovi, cisárovi, aby ho získal pre kresťanstvo, alebo aspoň aby dosiahol jeho ochranu a pomoc. Malý sprievod sa vydal na cestu koncom leta 1550. Cesta na sever do hlavného mesta viedla cez viaceré kniežatstvá, kde sa miestni vladári správali voči misionárom zdržanlivo. Iba v kniežatstve Hirado sa stretli s väčším pohostinstvom a porozumením. V krátkom čase tam mohli pokrstiť vyše sto ľudí. Tam si aj odložili dary určené pre panovníka, ktoré však nechceli brať na obťažnú a neistú cestu.
Konečne po rozličných útrapách, zapríčinených z veľkej časti drsným zimným počasím, sa František dostal v januári 1551 do hlavného mesta. Ale tam zažil veľké sklamanie. Práve v tom čase vypukla občianska vojna. Šogun, hlavný veliteľ a hlavný úradník v jednej osobe, musel utiecť a bezmocný cisár bol zavretý vo svojom paláci. František ho chcel aj tak navštíviť, ale chudobného a ošarpaného cudzinca k nemu nepustili. Podobne pochodil aj v kláštornej univerzite.
Nezlomný misionár sa však nevzdal a rozhodol sa postupovať iným spôsobom. Videl, že daimyo v Jamaguči, ktorého predtým navštívil, je oveľa vplyvnejší ako cisár v hlavnom meste. Preto sa k nemu vrátil, no tento raz slávnostne oblečený, s odporúčajúcim listom indického miestodržiteľa a s bohatými darmi, ktoré si vyzdvihol v Hiradu. Daimyo odložil predošlú zdržanlivosť a ochotne dovolil misionárom kázať. Dokonca im ponúkol na ubytovanie prázdny budhistický kláštor. František sa však neuspokojil iba s kázaním. Nadviazal styky s predstaviteľmi japonskej vedy a viedol s nimi celé týždne vášnivé diskusie. Japonskí mudrci boli ohromení Xavérovými vedomosťami a viacerí ho požiadali o krst.