Čoskoro vznikla kresťanská obec s vyše 500 veriacimi, medzi ktorými boli aj niektorí samurajovia, príslušníci nižšej vojenskej šľachty.
Xavérova povesť sa rozšírila až za hranice jamagučského kniežatstva. Daimyo z Bungo oňho prejavil záujem a pozval ho na svoje územie. František nechal v Jamaguči svojho spoločníka pátra Torresa a sám odišiel do kniežatstva Bungo. S vladárovou podporou začal pekne pôsobiť, ale o krátky čas musel odcestovať do Indie, kam ho volali súrne záležitosti. Daimyo prosil Františka, aby mu poslal misionárov a sám mu dal za sprievodcu svojho vyslanca, ktorý mal uzavrieť s portugalským miestodržiteľom v Indii zmluvu o priateľstve. Daimyo sa neskôr stal kresťanom a na Xavérovu počesť prijal krstné meno František.
Koncom januára 1552 prišiel František do Goy. Už predtým pri zastávke v Malake mu odovzdali list z Ríma, ktorým Ignác Loyolský ako najvyšší predstavený rehole povýšil indickú misiu na rehoľnú provinciu a Xavéra vymenoval za jej predstaveného. František sa zdržal v Goe dva a pol mesiaca. Tento čas venoval reorganizácii misií a vybavovaniu listov do Európy a na misijné stanice. Z Európy nástojčivo prosil vedecky dobre pripravených spolubratov pre japonské univerzity.
Neúnavný misionár mal však v Goe ešte jednu starosť, a to prípravu čínskej misie. V Japonsku sa totiž viackrát stretol s otázkou: "Ako môže byť tvoje náboženstvo pravé, keď ho v Číne nepoznajú?" Vtedy si uvedomil, že Čína napriek svojej uzavretosti je kultúrnou veľmocou, na ktorú sa s obdivom pozerajú ostatné národy Ďalekého východu. Preto prijatie kresťanstva touto veľkou krajinou by priaznivo ovplyvnilo aj ostatnú misionársku činnosť v Ázii. Lenže Čína zakazovala Európanom pod najťažšími trestami prístup na svoje územie. Niekoľko odvážnych Portugalcov sa takto dostalo do odstrašujúceho čínskeho väzenia. Portugalský miestodržiteľ v Indii pripravoval úradnú delegáciu, ktorá mala cestovať do Číny, aby tam rokovala o prepustení väzňov. František chcel využiť túto príležitosť, aby sa ako člen delegácie dostal do tejto uzavretej krajiny. Aby tým neutrpela organizácia ostatných jemu zverených misií, v Goe určil svojho zástupcu v osobe úspešného misionára Gašpara Berzeho.
17. apríla 1552 sa delegácia vydala na cestu. Viedol ju portugalský obchodník s funkciou vyslanca Diego Pereira. K výprave sa pripojil po skončení svojho poslania aj vyslanec daimya z Bunga, ktorý v Goe prijal krst a teraz sa vracal do Japonska. Od ostatných sa oddelil v Malake, kde mu Xavér dal troch kňazov pre japonskú misiu.
Zastávka v Malake však znamenala osudnú zmenu vo Františkovom pláne.