Portugalský veliteľ morskej plavby zakázal (údajne zo žiarlivosti) delegácii Diega Pereiru pokračovať v ceste do Číny. Darmo mu Pereira i misionár vysvetľovali dôležitosť tejto cesty a prosili ho. Ďalej mohol na portugalskej lodi cestovať iba Xavér sprevádzaný čínskym katechétom Antoniom a jedným indickým pomocníkom. Po dlhej dobrodružnej plavbe ich loď vysadila na ostrove Sancian (Sančuan) pri čínskom pobreží v blízkosti prístavu Kantonu. Na ostrov prichádzali člny čínskych obchodníkov, ktorí si tam s Portugalcami vymieňali tovar. Ale žiadny z nich nechcel vziať Františka na čínsku pevninu. Napokon jeden za odmenu sľúbil, že ešte raz príde, vezme misionára a vyloží ho pred bránami Kantonu.
No Číňan neprichádzal. V chladnom a vlhkom počasí na konci novembra prepadla Františka zimnica. Niekoľko dní ležal v biednej chatrči, kde zápasil s horúčkami, často strácal vedomie, až napokon v noci z 2. na 3. decembra 1552 zomrel. Námorníci portugalskej lode ho pochovali na ostrove. Jeho telo zasypali vápnom, aby sa čím skôr rozložilo. Neskôr chceli jeho pozostatky previezť do Goy.
Pri vtedajšom zdĺhavom poštovom styku najvyšší Xavérov predstavený - Ignác Loyolský - nemohol sledovať zakončenie jeho misionárskej drámy. Obidvaja muži boli od chvíle svojho zblíženia v Paríži zapálení pre tú istú Božiu vec. František bol bezvýhradne oddaný Ignácovi a ten zase obdivoval bezpríkladnú misionársku horlivosť svojho vzdialeného spolubrata. No postupom času sa jeho predstavy o misionárskom diele na Ďalekom východe začalil líšiť od Xavérových. Vyjadril to v listoch, ktorými pozýval Františka aspoň na čas do Európy, aby mohol s ním zosúladiť smelé misijné plány a aby s jeho spoluprácou mohol v Európe lepšie zorganizovať pomoc pre ďaleké misie. Keď však nedostával odpoveď na svoje listy, pristúpil napokon k najvyššej forme rozkazu, aká sa iba málokedy uskutočnila v dejinách rehole. V liste datovanom 28. júna 1553 písal okrem iného Františkovi:
"Hoci pokladáte za správne, keď sa sám odoberiete do Číny, kam máte v úmysle ísť, ak Vám v tom nezabránia povinnosti v Indii, s presvedčením, že Vás vedie večná múdrosť, predsa - nakoľko sa tu dá vidieť - myslím, že Bohu, nášmu Pánovi, preukážete väčšiu službu, keď Vy ostanete v Indii a pošlete iných, aby urobili to, čo by ste chceli urobiť Vy.