Samostatné od samého začiatku boli náboženské programy (katolícke i evanjelické), s katolíckou omšou každú druhú nedeľu, potom kultúrne programy, reportáže, neskoršie Slovenská tribúna, ako samostatný slovenský blok. Robotnícke, roľnícke, mládežnícke vysielanie, čítanie zo zakázaných kníh, rozhlasová univerzita. Odkazy domovu a iné mali spoločnú českú a slovenskú alebo česko-slovenskú bázu, t. j. že o istom probléme hovoril český komentár a o inom probléme slovenský, ale bolo to v jednom, napríklad robotníckom vysielaní. pri prehľade zahraničnej tlače, ale aj v iných (polemických) programoch sa dokonca striedal český a slovenský hlas, za čím bol jasný politický zámer.
Tieto politické, čechoslovakistické pokusy sa veľmi rýchlo ukázali neúnosnými a prešlo sa na prevažne jednojazyčné české alebo slovenské programy. Nemožno povedať, že Slobodná Európa bola hlavne propagandou čechoslovakizmu. Proti benešovskému čechoslovakizmu tu odznievali aj veľmi ostré komentáre. Sám Ferdinand Peroutka už začiatkom 50. rokov v jednom zo svojich nedeľných príhovorov expresis verbis povedal, že "nemožno podceňovať slovenskú otázku a vôľu Slovákov po samostatnosti. Keď Slováci budú chcieť mať vlastný štát, nikto z Čechov im v tom nemôže brániť".
Bolo pochopiteľné, že v prevahe boli české programy a že českí komentátori vzdávali svoj tribút Masarykovmu Československu, čiže prvej republike, ktorú aj Američania považovali za dieťa svojej demokracie.6 Na druhej strane sa vysielali slovenské historické i politické komentáre s dôrazným akcentom nielen národnej samobytnosti, ale aj politickej nezávislosti. Slobodná Európa bola však silnou a dosť dobre počúvanou rozhlasovou stanicou (najmä na Západe), a tak sa stala predmetom stálych kritík, útokov a často až nenávistných osobných a politických ohováraní. S vysielaním Slobodnej Európy boli od začiatku nespokojní aj mnohí jej zamestnanci, lebo si vedeli predstaviť iné (slovenské) vysielanie v tejto rozhlasovej stanici ako to, čo odznievalo v jej "československom" podaní. Už v prvých rokoch poslali viacero memoránd7 vedúcim činiteľom Free Europe Committee, riaditeľom RFE v Mníchove i americkým a politickým osobnostiam, ale ich odpoveď bola jednoznačná: Vysielanie RFE má svoj účinok.