V tejto situácii sa zdalo, že križiakov môže zachrániť len byzantské vojsko, ktoré postupovalo za križiakmi a obsadzovalo dobyté územie. Alexios pod dojmom dezercie križiakov a hlavne odchodu Štefana z Blois, nechcel riskovať svoje vojsko a odmietol poslať pomoc, aj preto, že dostal správu, že Anatóliu ohrozuje turecké vojsko. Cisára nepresvedčil ani Hugo z Vermandois, ktorý sa znechutený neúspechom vrátil do Európy.
Križiakov postoj cisára rozhorčil a prisahali, že už nikdy Byzantíncom neuveria.
Morálku križiakov nakoniec zdvihla nadprirodzená udalosť - nájdenie kopije, ktorá vraj prepichla Kristov bok. Vysokú morálku vojakov využil Bohemund, ktorý vyviedol armádu z mesta a v ťažkej bitke Turkov porazil a prinútil k úteku. Po týchto ťažkých bojoch sa križiacky velitelia dohodli na niekoľko mesačnom odpočinku, aby vojsko nabralo nové sily. V meste ale vypukla epidémia, ktorej podľahol biskup Adhémar. V jeho osobe stratili križiaci svojho duchovného vodcu a človeka, ktorý svojou autoritou dokázal prekonať rozpory medzi veliteľmi a udržať aspoň čiastočnú jednotu križiackeho vojska.

Útok na Jeruzalem

V Antochii sa znova rozhoreli spory o vládu nad mestom. Najúspešnejší bol Bohemund, ktorý pod svoju kontrolu získal tri štvrtiny mesta aj citadelu a vystupoval ako jeho faktický vládca. Neustále spory ale rozladili vojsko, ktoré si vyžiadalo stretnutie s Raimondom a ponúklo mu vrchné velenie nad vojskom, v prípade, že vyrazia na Jeruzalem. Raimond súhlasil, no jeho vrchné velenie neakceptovali ostatní vodcovia. 13. 1. 1099 vyrazili Raimond z Toulouse, Robert Normandský a Tankred smerom na Jeruzalem, čo znamenalo, že Antiochiu ovládol Bohemund. K vojsku sa za niekoľko týždňov pripojili aj Godefroi a Robert Flanderský. Aj keď Raimond oficiálne za vodcu výpravy uznaný nebol, fakticky križiakov viedol. Po ceste križiaci mestá nedobýjali, väčšinou od nich vyžiadali len výkupné, prípadne naviazali s arabskými emírmi priateľské vzťahy. Jediné mesto, ktoré križiaci dobyli bol strategicky dôležitý prístav Tortosa. Cesta prebiehala bez väčších problémov a v lete roku 1099, po tom ako Tankred obsadil Betlehem, sa križiaci utáborili pred Jeruzalemom. Jeruzalem a Palestína v 11. storočí

Jeruzalem a celá Palestína, bola v tomto čase značne zdevastovaná stálymi útokmi. 20 rokov pred príchodom križiakov odtiaľto Turci vyhnali Byzantíncov a počas obliehania Antiochie toto územie obsadili egyptský Fátimovci, ktorí sa dokonca neúspešne snažili získať križiakov ako spojencov proti Seldžukom. Jeruzalem bol jednou z najväčších pevností svojej doby.