Prvá zachovaná písomná zmienka o Prešove je v listine kráľa Belu IV. z roku 1247. V roku 1299 udelil Prešovu kráľ Ondrej III. mestské výsady.

Z obdobia raného stredoveku (12.- 13. storočie), sa začína formovať stredoveké jadro mesta. Na prelome 11. a 12. storočia sa stalo územie stredného Šariša súčasťou uhorského štátu a postupne sa dostalo do područia feudálnej moci šľachty a cirkevných inštitúcií. Ovládnutie domáceho slovanského obyvateľstva Arpádovskou dynastiou napomáhal prílev cudzieho obyvateľstva. Medzi prvými prišli maďarské vojensko-strážne družiny, za nimi v 13. storočí aj nemeckí, ba i francúzski prisťahovalci spomedzi členov vojenských strážnych hliadok. Slovenská osada Prešov vďačí za svoj rýchly hospodársky rozvoj priaznivej polohe na križovatke starých vojensko-obchodných ciest, cez ktorú prechádzala z juhu na sever, z Abovskej stolice do Šariša, aj Veľká cesta (Magna via). Pradávny vývoj Prešova vrcholí v roku 1299, keď mu kráľ Ondrej III. potvrdil mestské výsady. Vzťahovali sa aj na nemeckých osadníkov vo Veľkom Šariši a Sabinove, ba aj na ostatné obyvateľstvo, ktoré v týchto osadách žilo. Panovník mal o prosperujúcu osadu, z ktorej plynuli nemalé zisky do kráľovskej pokladnice, veľký záujem; až do konca 13. storočia bola preto súčasťou kráľovského panstva so sídlom na hrade Šariš. Výsady ho napríklad vynímali spod súdnej právomoci šarišských županov a oslobodzovali od povinnosti odvádzať peňažné či naturálne dávky županom a šľachte, ako aj od povinnej služby v kráľovskom vojsku. Mešťania však museli každoročne odviesť kráľovi daň vo výške 150 mariek striebra. Najvyššiu časť tejto sumy platil Prešov, čo svedčí o jeho najväčšej hospodárskej prosperite a prvoradom význame medzi týmito šarišskými mestami. Mal takisto vlastnú samosprávu na čele s richtárom (prvého richtára Hannusa zvaného Ogh poznáme z roku 1314), podriadenú priamo panovníkovi. Ihneď po udelení výsad, potvrdených znovu Karolom Róbertom v roku 1324, tvoril Prešov, spomínaný ako mesto (civitas) v korešpondencii okolitých zemanov spolu s Veľkým Šarišom a Sabinovom Spoločenstvo troch toryských miest. Úlohou Spoločenstva bola spoločná obrana mestských práv porušovaných okolitou šľachtou, ako i vzájomná podpora pri rozličných krajinských súdnych sporoch. V prvej polovici 13. storočia sem kráľ Belo IV. povolal nemeckých Sasov, aby pomohli oživiť hospodárstvo krajiny, narušené tatárskym vpádom. Osada nemeckých kolonistov sa od druhej polovice 13.