Vojnové udalosti v rokoch 1800–1805 usmerňujú pozornosť vojenského velenia, ktoré si potrebovalo pri Dunaji zabezpečiť strategické postavenie proti Napoleonovi, opäť na Komárno. Pri tejto príležitosti sa buduje z tehál aj severné krídlo Novej pevnosti, ktoré bolo dovtedy zo zeminy. Túto činnosť možno nazvať aj treťou etapou výstavby Novej pevnosti. Práce sa začali 20. augusta 1808 a 4. septembra toho istého roka boli dokončené. V rámci ďalších prác sa na nádvorí v roku 1810 vystavala kasáreň v pôdorysnom tvare písmena "U" so stenami rovnobežnými s kurtínami. V jej vnútornom priestore na južnej strane postavili v roku 1815 veliteľskú budovu. V rokoch 1827–1839 bola prestavaná aj Stará pevnosť. Pri zachovaní obvodových múrov pevnosti vybudovali kazematné priestory v kurtínach, ako aj kazematné delostrelecké postavenia v bastiónoch. V priebehu 19. stroročia pokračovala veľkorysá výstavba pevnostného komplexu polygonálneho typu ďalšími prvkami - Palatínskou líniou, Vážskou líniou, Vážskym a Dunajským predmostím, fortom Sandberg a fortom Igmánd až do dnešnej podoby. Po výstavbe týchto fortifikačných prvkov plnili centrálne pevnosti už len úlohu bastiónového vnútorného opevnenia - noyau polygonálnej komárňanskej pevnosti.

Palatínska línia (Palatinal Linie)
Palatínska línia bola vystavaná v rokoch 1839-1847 na mieste staršej dočasnej zemnej pevnostnej línie z roku 1809. Bola pomenovaná na počesť palatína Jozefa, riadiaceho opevňovacie práce pôvodnej línie v roku 1809. Pozostáva z 5 reduitových fortov, navzájom spojených armovaným zemným valom s priekopou a streleckými galériami do súvislej obrannej reťaze, dlhej 5 km. Začína na brehu Dunaja cca 3 km západne od centrálnych pevností a končí pri ramene Váhu. Forty sú číslované rímskymi číslicami I - V a sú stavebne zhodné. V zmysle tradičného názvoslovia rakúskej opevňovacej školy sú označované ako "bastióny". Prepojenie medzi vnútorným priestorom obrannej línie a územím mimo mesta zabezpečovali 3 dokonale chránené brány - pri bastióne I. Bratislavská brána, pri bastióne III. Gútska brána a pri bastióne V. Apálska brána. Vážska línia
Jej výstavba začala v roku 1866 v dôsledku zhoršenia vzťahov s Pruskom, kedy malo Komárno plniť úlohu tzv. "národného reduitu". Vážska línia začína na severnom konci Palatínskej línie ako jej pokračovanie, potom sa stáča na juh pozdĺž toku Váhu. Líniu tvorí 6 objektov (VI.-XI.), z ktorých prvé dva (č. VI. a VII., označované tiež ako "bastióny"), patria medzi reduitové forty. Tieto sú medzi sebou spojené zemným valom bez armovania. Forty majú iný pôdorys než forty Palatínskej línie a líšia sa aj navzájom medzi sebou. Jadro fortu VII.