Kultúrna komisia KSS požadovala zmeniť záver opery v tom zmysle, aby mal starý Štelina - ako odškodnenie za vraždu syna - vnuka. „Ak hra v tejto podobe nevyhovuje, navrhujem, aby sa stiahla z repertoáru.“ - reagoval na námietky Suchoň. S tým však komisia nesúhlasila. Trvala na tom, aby sa dielo režijne prepracovalo, aby sa urobili zmeny v librete. Úlohou prepracovať dielo režijne poverili Andreja Bagara. Po prepracovaní morálnej a ideovej stránky sa dielo malo predložiť komisii na diskusiu. Opera sa ešte niekoľkokrát hrala v pôvodnej verzii, potom ju stiahli z repertoáru. Asi o pol roka vyhľadal Suchoňa dirigent Zdeněk Chalabala. Požiadal autora, aby pristúpil na požadované zmeny a aby napísal nový záver. Ak sa má dielo hrať, inej cesty niet! Skladateľ nechcel súhlasiť. Chalabala ho teda požiadal o dovolenie, aby zmeny mohol urobiť sám. Dielo sa musí hrať!
Dňa 3. septembra 1951 zvolal riaditeľ SND poradu, na ktorej sa zúčastnil Štefan Hoza, Martin Gregor, Juraj Fiedler, Mária Markovičová, Ladislav Holoubek a Eugen Suchoň. Po zvážení pripomienok (autorovi stále zneli v ušiach Chalabalove slová), sa Suchoň napokon rozhodol záver opery prepracovať. Tak vznikla nová verzia Krútňavy, ktorá sa hrala v päťdesiatych rokoch doma, ale aj v zahraničí. Až v roku 1963 sa inscenátori Krútňavy v Divadle J. G. Tajovského v Banskej Bystrici (dramaturg opery Igor Vajda a režisér Branislav Kriška) rozhodli vrátiť k pôvodnej verzii. Túto verziu potom prevzalo aj pražské Národné divadlo v druhej inscenácii opery a odvtedy sa aj na svetových scénach uprednostňuje originálne znenie diela.
Od premiéry Krútňavy v Bratislave uplynulo takmer päťdesiat rokov. V priebehu polstoročia odznela Krútňava na všetkých operných scénach bývalého Československa, a to dokonca v niekoľkonásobných naštudovaniach. Celkove zaznamenala dvadsaťdva domácich a dvadsaťštyri zahraničných inscenácií. Suchoň sa niekoľkokrát obrátil na Mila Urbana s prosbou o spoluprácu na librete. Márne..