Medzi jeho ďalšie známe diela patria sochy Mojžiša, Lei a Ráchel, ktoré zdobia náhrobok Júliusa II. Július II. si objednal u Michelangela svoju bronzovú podobizeň do bolonského chrámu San Petronio a Michelangelo na nej pracoval celé dva roky, celkom zbytočne, lebo Bolončania sochu zanedlho po dokončení zničili. K vrcholným dielam Michelangela nesporne patria náhrobky Mediciovcov, realizované v rokoch 1520 – 1534. Po nich, pravdaže, prišli ďalšie práce, ktoré mu prinášali aj ďalšie útrapy. To platí najmä o freske Posledného súdu v Sixtínskej kaplnke a o stavbe chrámu sv. Petra. Sixtínska kaplnka je rozľahlá pravouhlá sieň dlhá štyridsať a široká trinásť metrov. Steny boli a sú dodnes pokryté freskami až po pätky klenby. Michelangelo dôvtipne rozdelil celú obrovskú plochu klenby perspektívne maľovanými oblúkmi a rímsami a tak si vytvoril akési architektonické rámcovanie, ktoré oddeľuje jednotlivé výjavy počiatky ľudského rodu. Začína sa Stvorením sveta: Boh oddeľuje svetlo od temnôt, tvorí nebeské telesá, rozdeľuje vody a nebesá, prostým gestom oživuje ležiaceho Adama a z jeho spiaceho tela vyberá Evu. Potom nasleduje Prvý hriech a Vyhnanie z raja, Noemova, prípadne Adamova obeť, Potopa a Noemovo opojenie. Tieto výjavy oddeľujú od seba oblúky maľovanej architektúry, ktorú oživujú nahí mládenci. Michelangelo strávil celé štyri roky zavretý v Sixtínskej kaplnke a po celý ten čas zápasil s veľkou únavou a ťažkosťami, nemal totiť dosť skúseností s technikou fresky a daktoré miesta musel niekoľkokrát celkom prerobiť. Nepoznal zvláštne vlastnosti rímskeho vápna, ktoré zavinili, že mu celú tretinu hotovej práce začala pokrývať pleseň. Dva razy musel Michelangelo prerušiť práce a cez jednu takú prestávku sa roztrpčený vrátil do Ríma. Po dvadsiatich piatich rokoch sa do Sixtínskej kaplnky vrátil. Mal tam vyzdobiť veľkú oltárnu stenu. Pokladal za vhodné namaľovať na oltárnu stenu záverečné dejstvo ľudskej tragédie – Posledný súd. Na Poslednom súde pracoval Michelangelo šesť rokov a odhalili ho na Vianoce roku 1541. Dnes je Posledný súd veľmi zájdený a poškodený, jeho farby sčerneli alebo zmodrali. V Poslednom súde vládne jediný tón, jediná forma – forma giganticky zväčšeného tela. Posledný súd pokrýva stenu od dlážky až po strop.

Plány projektu Baziliky sv. Petra upravoval Michelangelo : zjednodušil objemy a navrhol novú kupolu. Veľkým dielom Michelangela architekta bola úprava Kapitolského námestia v Ríme s jeho veľkým schodišťom.

Michelangelo prežil všetkých svojich blizkych, bratov, milovanú ženu, priateľov i nepriateľov.