Obe alegorické maľby maľoval pre vilu Reale Lorenza Medici v Castellu. Námet pre Jar(1482) si vybral z antickej literatúry; jeho poradcom bol básnik medicejského dvora, A. Poliziano. Uprostred obrazu stojí Venuša ako zosobnená matka prírody, nad ňou Amor vypúšťa šíp, Merkúr zaháňa hmlu, Grácie tancujú, Flóra kráča ovenčená v prekrásnom kvetovanom šate, Zefyr prináša Primaveru; výjav sa odohráva v pomarančovom háji. Podnetom k obrazu Zrodenie Venuše(1485) bola pravdepodobne báseň A. Poliziana, oslavujúca Simonettu Vespucci. Bohovia miernych vetrov (Zefyr a Chloris) ženú zlatovlasú Venušu, plávajúcu v lastúre k brehu, kde Héra ukryje jej nahotu červeným vyšívaným plášťom; ostré, precízne línie vytvárajú arabesku, celok pôsobí ako gobelín. Botticelliho obraz Nárek je rekonštrukcia slávneho Apelloyovho obrazu podľa Lukianovho textu, ktorý vzbudil veľkú pozornosť humanistov. V Botticelliho neskorších dielach boli pôvab a ľúbeznosť vystriedané asketickou vážnosťou a vzrušenou expresiou.
Ilustrácie k Danteho „Božskej komédii“ sú kreslené výraznou obrysovou líniou bez modelujúceho šrafovania.
Ďalšie diela:
Portréty: Portrét mladého muža
Portrét mladej ženy
Portrét Guliana dé Mediciho
Madony: Madona s granátovým jablkom (1484)
Fresky: Svätý Augustín
Rôzne: Návrat Judith
Freska zo Sixtínskej kaplnky (scéna zo života Mojžiša)
Posledné diela:
Príbeh Virgínie (1496-1504)
Príbeh Leuretia (1496-1504)
Svätý Zenobius (1500-1505)

Botticelli sa pokúsil vytvoriť nový idealizujúci sloh na naturalistickom základe, bez toho, aby sa dokázal rozísť s naturalizmom, preto bol tak obľúbený v secesii.