Vlastivedné múzeum v Prešove vzniklo v jeseni roku 1945. V súčasnosti má v správe 8 historických objektov, v ktorých uchováva a prezentuje archeologické, historické, etnografické, umelecko-historické a prírodovedné zbierky.
Hlavným objektom múzea je Rákociho palác. Jeho história je úzko spätá s históriou mesta. Na mieste dnešného paláca pôvodne stáli dva gotické meštianske domy, ktoré koncom 16. storočia odkúpil Žigmund Rákoci a dal ich prestavať na honosný renesančný mestský palác. Začiatkom 17. storočia prešiel palác neskororenesančnými úpravami, ktoré z neho vytvorili skutočný skvost mestskej renesančnej architektúry na území Slovenska i vtedajšieho Horného Uhorska.
Najvýznamnejšie historické udalosti v dejinách paláca sa odohrali v čase stavovských povstaní uhorskej šľachty proti Habsburgovcom v 17. storočí a začiatkom 18. storočia.
3. februára 1633 sa začali v paláci mierové rokovania medzi zástupcami Juraja I. Rákociho a cisára Ferdinanda II., ktoré sa skončili 23. septembra 1633 podpísaním tzv. prešovského mieru. V 17. storočí sa stal palác mestským sídlom Rákociovcov ako dedičných šarišských županov.
Históriu paláca zavŕšil František II. Rákoci, ktorému počas povstania palác slúžil ako rezidencia vodcu odboja proti cisárovi. Po porážke povstania bol palác roku 1711 skonfiškovaný a v nasledujúcich storočiach vystriedal viacerých majiteľov.
V 18. storočí jeho nový majiteľ gróf Tomáš Szirmay prestaval dvorný trakt v barokovom štýle. V 19. storočí a v prvej polovici 20. storočia palác slúžil bytovým a obchodným účelom, chátral a jeho architektúra sa znehodnocovala. Po 2. svetovej vojne v roku 1948 mesto odkúpilo budovu pre účely múzea. V rokoch 1950-1956 bola vykonaná rozsiahla záchrana a adaptácia celého objektu. Posledné väčšie reštaurátorské práce boli vykonané na fasáde paláca v roku 1989.

Na prízemí sú komorné výstavné priestory múzea, na inštalovanie krátkodobých výstav. Vo vstupnom vestibule je historický nábytok z prelomu 19. a 20. storočia. Na poschodí sú stále expozície historického nábytku, archeológie, historických zbraní, dejín hradu Šariš, dejín mesta Prešova a numizmatická expozícia. K ďalším výstavným objektom múzea v meste patria susedné budovy a účelová výstavná hala.
V roku 1969 bola sprístupnená expozícia prírodných vied a renovovali ju roku 1993. Od roku 1978 sprístupnili jedinečnú expozíciu požiarnictva na Slovensku pod názvom: Človek a oheň.
Výstavné objekty dopĺňa účelová výstavná hala postavená v roku 1974.