V roku 1956 bola spodná časť maľby vážne poškodená kyselinou. O niekoľko mesiacov neskôr niekto hodil do obrazu kameň. Aby sa podobné incidenty nemohli opakovať, je v súčasnosti obraz vystavovaný za bezpečnostným sklom. Od 14. decembra 1962 do marca 1963 bola Mona Líza požičaná do USA, kde bola vystavovaná v New Yorku a vo Washingtone D.C. Podobne v roku 1974 sa predstavila v Tokyu a v Moskve. Pred americkým turné v rokoch 1962-1963 bol obraz ohodnotený na účely poistenia na 100 miliónov amerických dolárov. Podľa Guinnessovej knihy rekordov sa tak Mona Líza stala najdrahším obrazom v dejinách. Iba nedávno ju predstihlo dielo Pabla Picassa Garçon á la pipe (slov. Chlapec s fajkou), ktoré bolo vydražené za 104,1 milióna amerických dolárov. Ak však vezmeme do úvahy vývoj inflácie, pôvodných 100 miliónov USD z roku 1962 malo v roku 2004 hodnotu približne 608 miliónov USD. 6. apríla 2005 bol obraz po dôkladnom zreštaurovaní, analýze a dokumentácii v rámci Louvru premiestnený na svoje nové miesto v Sále štátov. Je vystavený v špeciálne skonštruovanom priestore s kontrolovanou klímou za ochranným sklom.
Totožnosť dámy, ktorá bola modelom pre portrét, nie je s určitosťou známa. Podľa Leonardovho prvého životopisca Giorgia Vasariho je na obraze skutočná žena – Líza (Lisa), manželka spoločensky významného obyvateľa toskánskej Florencie Francesca di Bartolomeo di Zanobi del Giocondo. O del Giocondovi sa vie, že skutočne žil. Bol to bohatý obchodník s hodvábom a zároveň bol aj vplyvnou postavou vo vládnych kruhoch. O jeho manželke sa však toho veľa nevie. Lisa Gherardini sa narodila v roku 1479 a vychovávali ju v rodinnom sídle Villa Vignamaggio v Toskánsku. Za Francesca Gioconda sa vydala v roku 1495. Na sklonku života Leonardo hovoril o portréte "istej florentskej dámy, ktorý maľoval podľa živého modelu na žiadosť Giuliana de'Medici". Dôkazy o existencii vzťahu medzi Lisou Gherardini a Giulianom de'Medici neboli objavené, takže Leonardova poznámka sa mohla týkať aj niektorého z jeho dvoch ďalších portrétov žien. Neskôr k zmätku prispel aj anonymný výrok, podľa ktorého je Mona Líza portrétom samotného Francesca del Giocondo. Tu zrejme pramenia kontroverzné úvahy o tom, že na obraze je v skutočnosti portrét muža. Dr. Lillian Schwartzová z Bell Labs v USA predpokladá, že Mona Líza je vlastne autoportrét.
Svoju teóriu opiera o výsledky digitálnej analýzy čŕt tváre Leonarda da Vinciho a Mony Lízy. Keď prevrátime Leonardov autoportrét a pomocou počítača ho spojíme s tvárou Mony Lízy, črty oboch tvárí dokonale súhlasia. Kritici tejto metódy oponujú tým, že podobnosť je dôsledkom faktu, že obe podobizne maľoval ten istý človek tým istým štýlom. Maike Vogt-Lüerssenová je presvedčená, že svetoznámy tajomný úsmev patrí Izabele Aragónskej, vojvodkyni milánskej. Leonardo bol 11 rokov dvorným maliarom u Ludovica Sforzu, vojvodu milánskeho, ktorý bol strýkom jej manžela. Podobnosť tváre Mony Lisy s inými portrétmi Izabely je výrazná. Okrem toho Vogt-Lüerssenová verí, že vzor na látke tmavozelených šiat Mony Lízy je znakom jej príslušnosti k rodu Visconti-Sforza. Podľa tejto teórie je Mona Líza prvým portrétom vojvodkyne milánskej a v skutočnosti teda vznikla na jar roku 1489 a nie až v roku 1503, ako to uvádzajú iné zdroje. Existuje viacero dôvodov, prečo by Mona Líza mohla byť aj fiktívnym obrazom, výplodom Leonardovej predstavivosti.
Na väčšine portrétov tej doby sú zachytené detaily, podľa ktorých je možné určiť príslušnosť zobrazenej osoby k niektorému rodu (rodine), alebo aspoň jej sociálny status. Na obraze Mony Lízy však takéto zjavné symboly nenachádzame. Ba čo viac, v Leonardových dokumentoch nie sú žiadne záznamy o objednávke tohto portrétu. Leonardo na ňom pracoval niekoľko rokov a potom ho opatroval viac než desať rokov, až do svojej smrti. Ak by bol obraz maľoval pre niekoho na objednávku, dalo by sa predpokladať, že ho po dokončení odovzdá tomu, kto si ho objednal, a nebude ho toľké roky prechovávať u seba. Kto je teda Mona Líza? Nazývali ju bohyňou, sväticou, Florenťankou zo strednej vrstvy, prostitútkou, symbolom obojpohlavnosti a stelesnením ženstva. Robili z nej presné duplikáty, dokreslené napodobeniny aj karikatúry. Prečo sa usmieva? Možno, že sa baví na nás a na ľudskej domýšľavosti. Na tom, ako sa každý snaží z celkom obyčajného portrétu vytvoriť najzáhadnejšie dielo na svete.
Úsmev Mony Lízy možno ostane navždy tajomstvom. No teraz si vďaka japonským odborníkom na akustiku môžeme vypočuť, ako by znel jej hlas. Matsumi Suzuki, ktorý zvyčajne svoje zručnosti využíva pri vyšetrovaní zločinov, najprv zmeral tvár a ruky dievčiny zo slávneho obrazu. Jej výšku odhadol na 168 centimetrov a vytvaroval model jej lebky. "Keď máme model a miery, vieme vytvoriť hlas veľmi podobný osobe, ktorú skúmame," povedal Suzuki. "Už sa nám podarilo vytvoriť umelý hlas mnohých slávnych ľudí a veľmi sa podobal originálu. Veľakrát ho aj použili pri dabovaní filmov," hovorí Suzuki. Každý človek má unikátny "odtlačok hlasu" a Suzuki verí, že v prípade záhadnej Mony Lízy sa trafil aspoň na 90 percent. "Mona Líza má širokú spodnú časť tváre a vystupujúcu bradu. Väčší objem v tvári znamená hlbší hlas, ktorému brada dodáva stredne vysoké tóny," vysvetľuje Suzuki. Vedci k výskumu prizvali aj ženu z Talianska, ktorá dala hlasu správnu intonáciu. "Potom sme museli vymyslieť, čo ju necháme hovoriť. Skúšali sme Japončinu, ale tá jej vôbec nepristala." Nakoniec sa rozhodli pre angličtinu, v ktorej povie: "Som Mona Líza, moja skutočná identita je zahalená tajomstvom."
