Oltár sv. Jánov
Najvýznamnejším levočským humanistom bol Dr.Ján Henckel. Študoval na univerzitách vo Viedni, Padove, Benátkach, Boloni a Krakove a v rokoch 1513-1522 bol levočským farárom. Neskôr sa stal spovedníkom kráľovnej a vratislavským kanonikom. Dopisoval si s Erazmom Rotterdamským. On bol objednávateľom oltára sv. Jánov, datovaného nápisom do roku 1520. Jeho majstrom je Majster Pavol z Levoče. Spolu s oltárom sv. Anny je zhotovený v duchu talianskej renesancie. Je dôkazom toho, že Pavol z Levoče bol umelcom, ktorý poznal umelecké prúdenie svojej doby a konzervatívnejšie diela vykonával len na želanie objednávateľov. Henckel mu dal voľnosť, a tak Majster Pavol ukázal, ako hlboko prenikol do podstaty renesančného umenia.
Stvárnenie oltára a jeho dekorácie sú výsostne renesančné. Na tej úrovni je aj jeho skladba a umelecká výzdoba. Oltár je venovaný piatim Jánom, ako to dokazuje nápis na zadnej strane jeho pevného krídla: In honorem sanctorum Joannis baptiste, evangeliste, elemoisinarii et chrisosthomi et huius Gersonis, Joannes Henckel anno millesimo 520 posuit (Na česť sv. Jána Krstiteľa, Evanjelistu Almužníka a Zlatoústeho a tohto Gersona postavil Ján Henckel roku 1520).

Dvaja z nich - Ján Krstiteľ a Ján Evanjelista - boli uctievaní v celej Cirkvi. Na oltári sú predstavení plastikami umiestnenými v skrini. Sv. Ján Almužník a Zlatoústy sú skôr uctievaní vo východnej cirkvi. Stoja po stranách a sú zobrazení reliéfne na pohyblivých krídlach. Každý z nich však bol do istej miery priekopníkom viery, náuky, charitatívnej činnosti a stálosti vo viere.

Spoločnosť svätých Jánov dopĺňa jeden nesvätý - Ján Gerson, kancelár parížskej Sorbonny, ktorý žil na prelome 14. a 15. storočia. Aj on túžil po reforme Cirkvi, bojoval proti deformáciám v jej živote, ale len v rámci samej Cirkvi. Proti pápežskej moci obhajoval moc cirkevných snemov. Je možné, že bol vzorom aj Jánovi Henckelovi, ktorý jeho prostredníctvom, tri roky po vystúpení Martina Lutera, vyjadril svoje krédo. Bolo v tom čase neobvyklé, že človek nevyhlásený oficiálne za svätého, mohol byť zobrazený na oltári, aj keď len na zadnej strane krídla.

Maľby na krídlach vyhotovil zatiaľ nie celkom presne identifikovaný monogramista TH. Predstavujú: Tanec Salome pred Herodesom, sťatie sv. Jána Krstiteľa, prinesenie jeho hlavy Herodesovi na mise a Kristov krst v Jordáne. Na druhej strane krídiel sú maľby: vzkriesenie Drusiany sv. Jánom Evanjelistom, Ján Evanjelista s pohárom jedu, zjavenie sa Krista Jánovi Evanjelistovi a Ján Evanjelista kľačiaci pred hrobom. Na tomto obraze vidíme aj predstavu, ako mal oltár vyzerať.

Veľmi hodnotná je predela oltára s plastickou skupinou Oplakávania Krista. Uprostred štítu je umiestnená Mária Magdaléna, na vrchu sv. Michal Archanjel a po stranách štítu stoja postavy sv. Juraja a asi sv. Štefana - uhorského kráľa. Zaujímavá, na svoj čas vyspelá, je ornamentika oltára. Vytvárajú ju akanty, kvety, delfíny, ktorých chvosty sa končia kvetmi, a detské tváričky, ktoré však už nepredstavujú anjelikov, ale putti.
Oltár bol opravovaný v rokoch 1873-1875. V rokoch 1953-1954 ho zreštaurovali bratia Kotrbovci a roku 1983 hlavné sochy ošetrila M.Spoločníková.

Oltár sv. Anny
Je to renesančný oltár, podobný oltáru sv. Jánov, lenže komponovaný o niečo jednoduchšie. Pochádza tiež z dielne Majstra Pavla a musel vzniknúť pred rokom 1516, pretože vtedy sa už spomína. Jeho základným motívom je sv. Anna, sediaca so svojou dcérou Pannou Máriou a s vnukom Ježiškom pred závesom, ktorý drží zozadu anjel. Sochy sú rezané do istej miery plošne, ale pôsobenie svetla a tieňov vyvoláva dojem plnej plastickosti. Všetky postavy sú zobrazené veľmi realisticky. Sedia pod baldachýnom, na ktorom šantia dvaja anjelici. Sošky z predely - pravdepodobne Zvestovanie - chýbajú. V nadstavci je motív Kristovho krstu v Jordáne.

Značnú umeleckú úroveň majú maľby na krídlach oltára. Znázorňujú sv. Príbuzenstvo s veľmi dobre živenými postavami detí: Eliud, Emerius a Memeria, Zachariáš a Alžbeta. V dolnom rade sa nachádzajú: Ismeria a Alžbeta, Mária Kleofášova s deťmi a Mária Salome s deťmi. Jedno zadné krídlo oltára chýba. Ornamentika je o niečo skromnejšia ako pri oltári sv. Jánov, ale pozostáva tiež z rastlinných motívov, akantov a delfínov. Oltár reštauroval Herman Kotrba roku 1965 a jeho tabuľové obrazy M. Spoločníková roku 1970-1973.

Oltár sv. Petra a Pavla
Pochádza z rezbárskej dielne, ktorá pracovala v Levoči pred príchodom Majstra Pavla. Vznikol asi v rokoch 1495-1500. V predele má v stredoveku obľúbený motív "Corpus Domini" Kristus vstávajúci z hrobu, sprevádzaný po stranách reliéfmi Panny Márie a sv. Jána Evanjelistu. V oltárnej skrini stoja sochy sv. Petra s kľúčmi v ruke a sv. Pavla s mečom.

Maľby na oltárnych krídlach obsahujú výjavy z ich života. Na otvorenej strane sa nachádza sv. Pavol na ceste do Damašku, návšteva sv. Barnabáša u sv. Pavla, obrátenie sv. Pavla a sv. Pavol káže v chráme. Zatvorené krídla v hornom rade znázorňujú: stretnutie sv. Pavla so sv. Petrom, kázeň sv. Petra, obaja svätci pred cisárom Nerónom a povolanie sv. Petra za apoštola. Spodný rad vypĺňajú maľby: Sv. Pavol pri starcovej posteli, sv. Peter a Pavol pred vežou, sťatie sv. Pavla a ukrižovanie sv. Petra. Obrazy ani oltár ešte nie sú reštaurované. Predpokladá sa, že na ich výmaľbe sa podieľal Majster Mikuláš z Levoče a jeden maliar z Pavlovej dielne.

Štíhly fiálový nadstavec má bohatú figurálnu výzdobu umiestnenú v troch rovinách nad sebou. Nachádzajú sa tu sošky: sv. Šebastián, Panna Mária, dvaja apoštoli bez atribútu a sv. Ondrej. Jedna soška chýba. Oltár bol opravovaný roku 1873 a reštaurovaný v roku 1993 odborníkmi Štátnych reštaurátorských ateliérov v Levoči.

Oltár sv. Mikuláša
Patrí medzi tie oltáre, ktoré sú priamo datované a zároveň je jedným z oltárov, ktoré sa nezachovali kompletne a ich dnešný výzor nezodpovedá celkom pôvodnému stavu.  Oltár vznikol roku 1507 v dielni Majstra Pavla. Z Pavlových rúk pochádzajú bravúrne rezané sochy sv. Jána Almužníka s palicou a mešcom a sv. Leonarda. Stredná socha sv. Mikuláša je však podstatne staršia a pochádza pravdepodobne z roku 1360-1370. Nie je isté, či bola pôvodne vo farskom kostole. Levoča totiž mala aj kostol sv. Mikuláša, južne od dnešného mesta, ktorý v stredoveku zanikol. Je preto možné, že sa socha v 15. storočí dostala do tzv. špitálskeho kostola a roku 1507, možno aj neskôr, bola postavená do dnešného oltára. Vieme totiž, že oltár sv. Mikuláša bol počas rekatolizácie rozobraný a okolo roku 1702 slúžil v Závade.

Dnešný oltár bol zostavený a konsekrovaný roku 1731. Pri jeho sťahovaní sa fiálový nadstavec zrejme poškodil, a preto dostal oltár miesto neho barokový štít. Taktiež predela mohla byť pôvodne súčasťou iného oltára. Zobrazuje 14 pomocníkov v núdzi: sv. Juraj, Krištof, Blažej, Egid, Pantaleon, Erazmus, Vít, Dionýz, Cyriak, Achát, Eustach, Katarína, Barbora a Margita. Na predných stranách krídel sú výjavy z legendy o sv. Jánovi Almužníkovi: sediac na tróne dáva chudobným almužnu, po smrti pomáha vdove vracajúc jej dlžobný úpis, ktorý jej manžel uhradil; na druhej strane krídel sv. Leonard oslobodzuje väzňov.

Zaujímavý je obsah spodného obrazu na pravom krídle. Zobrazuje legendu o založení Klosterneuburgu pri Viedni. Sv. Leopold s manželkou sa dívajú z okna hradu. Prievan odnesie manželke závoj. Po istom čase ide sv. Leopold na poľovačku do podunajských lužných lesov a tam nachádza stratený závoj. Považuje to za znamenie, že na tomto mieste má založiť kláštor. Obraz sa dostal na tento oltár asi tak, že objednávateľom oltára mohol byť bohatý kupec pochádzajúci z okolia Viedne. V Levoči vtedy takí žili. Ide o jedno z mála vyobrazení tejto legendy v stredoveku. Oltár reštaurovali bratia Kotrbovci roku 1955 a v roku 1991 Štátne

Oltár sv. Kataríny
Je jedným z najstarších zachovaných oltárov kostola. Predelu tvorí triptych patriaci medzi najstaršie tabuľové maľby na Slovensku. Pochádza asi z roku 1400 a zobrazuje uprostred tróniaceho Krista medzi anjelmi, vpravo Jakubov sen a na ľavej strane novší výjav sv. Žofie s dcérami: Viera, Nádej a Láska (pôvodný výjav bol odstránený). Obrazy akoby pripomínali vplyv ikonového maliarstva z východu. V oltárnej skrini je najcennejšou socha sv. Kataríny, asi z roku 1460. Ostatné postavy sú maľované: sv. Margita a sv. Barbora. Oltárne krídla sú opatrené maľovanými trojuholníkovými štítmi. Výjavy na krídlach spredu zobrazujú dišputu sv. Kataríny, sťatie sv. Kataríny, mučenie sv. Kataríny a jej lámanie v kolese. V štítoch sú portréty prorokov Samuela a Izaiáša a na zadnej strane krídel je Bolestná Panna Mária a Bolestný Kristus. Maľby reštaurovala A. Darolová, sochu H. Kotrba roku 1961.

Oltár Michala Archanjela
Pôvodný oltár, pred ktorým skladal po zvolení prísahu levočský richtár, bol počas protireformačných bojov zničený. Ostala z neho len socha, ktorá bola upravená na sochu sv. Floriána a v tejto podobe slúžila najskôr na samostatnom oltári a potom v štíte Korvinského oltára. Počas jeho reštaurovania reštaurátori zistili, že nejde o sochu Floriána, ale Michala Archanjela. Zreštaurovali ju a postavili na novší oltár sv. Michala Archanjela, ktorý dal vyhotoviť v rokoch 1719-1731 levočský farár M. Frivaisz. Autora oltárneho obrazu nepoznáme.

Oltár 14 pomocníkov v núdzi
Pozostáva z veľkého obrazu v umelecky vyrezávanom ráme, stojacom na menze, z ktorej bol pôvodný oltár odstránený počas Tökölyho povstania roku 1683. Dal ho vyhotoviť levočský farár Štefan Györfy roku 1696 a konsekrovaný bol roku 1715. Roku 1875 bol renovovaný. Obraz obsahuje tých istých svätých, ktorí sú vyobrazení na predele oltára sv. Mikuláša.

Oltár Dobrého pastiera
Oltár zaujíma miesto oltára odstráneného roku 1683. Oltár dal vyhotoviť farár Štefan Györfy roku 1696 a konsekrovaný bol roku 1715. Oltárny obraz zobrazuje Krista ako Pastiera. Jeho krásny hodnotný rám má na vrchu anjela, pôvodne tam boli umiestnené aj dve koruny s českými granátmi. Na bočnej scéne lezie zlodej do okna pastierne. Renovovaný bol roku 1875.

Intarzovaná lavica Krupekovcov
Lavice boli v stredoveku dôležitou súčasťou chrámov. Najmä v období reformácie mali významnejšie rodiny rezervované svoje miesta alebo si dali vyhotoviť vlastné lavice. V Levoči sa zachovala časť stredovekých lavíc, z ktorých mnohé majú historickú a umeleckú hodnotu. Z 15. storočia sa zachovali dve lavice. Prvá je tzv. senátorská lavica umiestnená celkom vzadu kostola a tzv. lavica Levočskej bielej panej, ktorá je síce podstatne menšia, ale je krajšia a bohatšie zdobená. Senátorská lavica je datovaná na stuhe rokom 1494 a bola pravdepodobne zhotovená pre štyroch bratov Jagelovcov, ktorí sa v tomto roku v Levoči stretli na tajnej porade. Lavica má skutočne štyri oddiely. Nad každým sedadlom - okrem stredného - je ornament iného kvetu. Výzdoba sa nezachovala celá. Od roku 1538 slúžila pre levočskú mestskú radu. Predná, kľakadlová časť, je z roku 1615. Obe lavice boli v 60. rokoch reštaurované. Zo 16. storočia sa zachovalo viac pozoruhodných lavíc. Jedna je pri stĺpe vedľa severného vchodu v strednej lodi. Je bohato zdobená intarziou. Výjavy na obrazoch predstavujú mestá a chrámy a majú vyspelý renesančný charakter. Podľa pôvodného nápisu ju zhotovil kežmarský majster Gregor, asi začiatkom 16. storočia. Vedľa je lavica patriaca podľa erbu najbohatšej levočskej kupeckej rodine pôvodom z Krakova, Krupekovcom. Je datovaná rokom 1542 a má tiež bohatú intarziu z rôznych druhov dreva. Jej krása vynikla najmä po roku 1968, keď ju zreštauroval Herman Kotrba.
Po kostole sú roztratené viaceré lavice alebo ich časti zo 17. storočia. Väčšina lavíc však pochádza z minulého storočia. Lavice v zadnej časti strednej lode boli vyhotovené roku 1845, menšie lavice v prednej časti lode roku 1862.

Epitaf Alexia II. Turzu
Chrám sv. Jakuba v Levoči je známy predovšetkým svojím hlavným oltárom od Majstra Pavla. Menej už prenikol do všeobecného povedomia skutočne jedinečný súbor gotických oltárov. K menej známym pamiatkam patrí tiež rozsiahly súbor epitafov a mortuárií pochádzajúcich z obdobia od 14. do 18. storočia, azda najväčší súbor v našej vlasti. Obsahuje vyše štyridsať náhrobných kameňov, tabúľ a štítov, majúcich síce rôznu umeleckú úroveň, pritom však obrovskú kultúrnu a historickú hodnotu. Pozornosť človeka sa v období renesancie a reformácie odvrátila od Boha a transcedentna na človeka. Človek začal prenikať so svojimi pomníkmi aj do chrámových priestorov. Oltáre sa už nezhotovovali, ale pritom neustále pribúdali náhrobné pomníky, štíty a kamene patriace zomrelým, ktorí boli v kostole pochovaní, či už do samostatnej krypty, alebo len pod podlahu. Takéto pochovávanie bolo bežné až do doby panovania Jozefa II., ktorý to zakázal. Neskôr sa však všeobecne ľudia k tomuto spôsobu pochovávania vrátili a krypty sa ojedinele na cintorínoch používajú aj dnes. Počas rekatolizácie či protireformácie sa však mnohé epitafy z kostolov odstraňovali ako veci profánne, nepatriace do sakrálnych priestorov. O kultúrnosti Levočanov svedčí i to, že tak ako si po reformácii zachovali staré oltáre, aj po rekatolizácii ponechali v kostole mnohé epitafy a náhrobky. Odstránené boli len zástavy, brnenia a zbrane, ktoré ich sprevádzali. Pravda, mnohé náhrobné kamene sa tým, že boli osadené do podlahy kostola, chodením vyhladili a tým zničili. Mnohé však zachránili tak, že boli v minulom storočí osadené k múrom kostola. Niektoré epitafy sú dodnes na tom mieste, kde pôvodne stáli. Ide najmä o epitafy kamenné, ktoré boli hneď pri inštalovaní dobre upevnené či už k múrom, alebo k stĺpom. Mnohé epitafy sa však počas maľovania chrámu, alebo v dôsledku opravy či reštaurovania preniesli na iné miesto. Premiestňovali sa predovšetkým do zadných kaplniek, ktoré mali dostať charakter akýchsi galérií. Treba poznamenať, že mnoho epitafov dal na vlastné náklady reštaurovať farský úrad. Iba v poslednom období prispieval na reštaurátorské práce aj štát.

Epitafy a mortuáriá majú predovšetkým vysokú umeleckú hodnotu. Na mnohých z nich vyniká maľovaný obraz, sochárska výzdoba alebo sú umeleckým dielom zásluhou architektúry i umeleckého riešenia. Väčšina z nich má erby príslušných rodín. Sú teda nenahraditeľným prameňom šľachtickej a meštianskej heraldiky. Prakticky všetky majú nápisy obsahujúce meno zosnulého, vek pri jeho úmrtí, dátum smrti, ale aj tituly, z ktorých sa dá vydedukovať jeho spoločenské postavenie. Epitafy nepatria len mešťanom, ale aj vysokej šľachte, najmä Turzovcom, ktorí zohrávali v našich dejinách významnú úlohu aj ako hodnostári štátu. Nejeden epitaf informuje, odkiaľ príslušná rodina do Levoče prišla alebo čím sa zaoberala. Časté sú aj citáty z Biblie, ale aj z básní, čo svedčí o kultúrnej úrovni, ale aj o kultúrnych vplyvoch. Nápisy sú väčšinou latinské, vyskytujú sa však aj nemecké, a to treba považovať za nemeckú jazykovú pamiatku. Väčšinu epitafov zhotovili domáci rezbári a kamenári. Niektoré sú však aj importom, zhotovené na objednávku a sem dovezené. Preto za pozornosť stoja aspoň najvýznamnejšie z nich.

Najstarší náhrobný kameň sa nachádza v kaplnke sv. Juraja, pravdepodobne na svojom pôvodnom mieste. Je z červeného mramoru a patrí staviteľovi tejto kaplnky, košickému mešťanovi Jurajovi Ulenbachovi, ktorý zomrel roku 1392. Okrem kruhopisu obsahuje kameň aj jeho erb, štít s obráteným dvojkrížom preťatým vlnovkou. Klenot na prilbe tvorí sova, nemecky Eule (Eulenbach, Ulenbach).

V severnej predsieni sú umiestnené dva okrúhle pohrebné štíty - mortuáriá. Jeden patrí kapitánovi nemeckých landsknechtov Wilhelmovi von Reichenburgovi a je z roku 1538, druhý patrí kapitánovi Spišského hradu Krištofovi Pernerovi, ktorý zomrel roku 1528. Zhotovil ho levočský rezbár a maliar Valentín.

Najvýznamnejším rodom, ktorý má súčasne v kostole najviac epitafov a mortuárií, sú Turzovci. Pochádzali z Betlanoviec a v 15.-16. storočí bývali v Levoči. Mnohí z nich sa, aj keď vykonávali rôzne funkcie mimo Levoče, dávali pochovávať v Chráme sv. Jakuba, kde mali v strednej lodi pred hlavným oltárom krypty a sarkofágy. Tieto boli na príkaz mesta roku 1753 zlikvidované, pričom sa z hrobov vybralo množstvo krásnych šperkov. Predané boli aj rakvy zhotovené z cínu, medi alebo striebra. Náhrobné kamene sa dostali približne na to miesto, kde sú dnes, do zadnej krstnej kaplnky. Niektoré sú umiestnené inde. Na vonkajšej strane južnej lode sa nachádza najstarší turzovský epitaf z červeného mramoru, datovaný asi do druhej polovice 15. storočia. V krstnej kaplnke je viac turzovských epitafov s erbom, ale aj s postavou zomrelého. Najstarším je epitaf Jána l. Turzu, banského odborníka a krakovského mešťana, ktorý zomrel roku 1508. Ďalším je epitaf Jána II. Turzu, hlavného župana Spiša, zomrelého roku 1558. Umelecky najhodnotnejší je epitaf Alexia l. Turzu nachádzajúci sa v krstnej kaplnke. Alexius bol majiteľom baní a finančníkom, napokon zastával vysoký úrad kráľovského taverníka a tiež kráľovského sudcu. Epitaf je nádhernou ukážkou nemeckej renesancie a pravdepodobne vznikol v Augsburgu. Je z bieleho mramoru a zobrazuje kríž, pod ktorým kľačí on s manželkou a troma dcérami. Zomrel roku 1543. Veľmi hodnotný je aj epitaf Alexia II. Turzu z roku 1594. Je umiestnený v hlavnej lodi kostola pri štvrtom pilieri. Predstavuje kľačiacu postavu nebohého, ktorá dostáva dušu - dieťa - od Boha. V dolnej časti epitafu je mŕtve telo Turzu, z ktorého duša v podobe dieťaťa vychádza. V štíte nad epitafom sú dva delfíny, typické pre Levoču. Mramorový epitaf i drevené mortuárium má v krstnej kaplnke hlavný župan Spiša a Šariša Krištof III. Turzo, ktorý zomrel roku 1614. Taký istý epitaf, ale na vyššej umeleckej úrovni, má hlavný župan Spiša a palatín Stanislav Turzo. Epitaf zhotovil sochár zo Spišských Vlách Hans Weinhardt roku 1626. Je to zároveň posledný turzovský epitaf v levočskom kostole, pretože rod Turzovcov krátko nato vymrel.

Z historického hľadiska je naj hodnotnejší v kostole epitaf, ktorý vyhotovil kamenár a murár Martin Urbanovitz svojej manželke Margite, vnučke Majstra Pavla z Levoče roku 1621. Práve z jeho nápisu sa dozvedáme, že autorom hlavného oltára v Levoči bol Majster Pavol. Epitaf bol pôvodne umiestnený na vonkajšej stene južnej predsiene kostola, ale pretože sa vplyvom poveternostných podmienok veľmi poškodil, bol v rokoch 1989-1990 zreštaurovaný a čiastočne umiestnený do vnútra kostola. Kópia je v miestnosti na prízemí zvonice.

Vedľa oltára Panny Márie Snežnej, pri vchode do sakristie, stoja dva mramorové epitafy. Ten jednoduchší z roku 1593 ratrí obchodníkovi medzinárodného významu Gregorovi Tribelovi "de Jarisch in Ivanovics". Druhý, honosnejší, z roku 1612 má viacero plastík z alabastru. Patrí významnému banskému odborníkovi Antonovi Rhaelovi z bavorského mesta Schrobenhausen, predkovi Rollovcov, podľa ktorých je pomenovaná Rolová Huta.

Na druhom stĺpe lode je upevnený kamenný epitaf Juraja Engelharta s erbom z roku 1598. Nad severným vchodom do kostola zvnútra vidíme krásne zdobené mortuárium z roku 1649 s erbom známeho mecéna kostola Fridricha Pobsta, ktorý dal postaviť organ i kazateľnicu. Podobné mortuárium s erbom, ale celé pozlátené, je aj na organovej empore oproti kazateľnici. Patrí známemu obchodníkovi Jeremiasovi Ammanovi.

V zadnej časti severnej lode nachádzame jednoduchý epitaf Matúša Rompauera z roku 1640. Priestor zadnej kaplnky severnej lode sa využil na zavesenie viacerých drevených epitafov, ktoré predtým viseli na rôznych miestach kostola. Na dvoch sú reliéfy - Nanebovstúpenie na epitafe obchodníka Jána Schwaba z roku 1670 a Posledný súd na epitafe Mateja Gosnovicera z roku 1669; Na dvoch sú hodnotné obrazy - Vzkriesenie Lazara a Narodenie (Narodenie na epitafe senátora mesta Juraja Girschnera z roku 1672).

Krstná kaplnka v južnej bočnej lodi je preplnená epitafmi a pohrebnými štítmi. Dominujú pamiatky na rod Turzovcov. Okrem toho sú tu však aj epitafy s hodnotnými obrazmi, napr. Jakubov sen na epitafe Juraja Buchwalda z roku 1602, Posledný súd na epitafe senátora Vavrinca Greffa z roku 1609, ďalšie dva na protiľahlej stene sú s motívmi Getsemanskej záhrady a Judášovej zrady.

Viac významných epitafov sa nachádza aj v južnej lodi. Najväčší epitaf kostola vôbec je pri krstnej kaplnke a patrí Jánovi Wolfovi, ktorého prepadli zbojníci na ceste do Prešova, keď ta niesol mestské peniaze a po návrate domov zraneniu podľahol. Epitaf je z roku 1625 a obsahuje motív Kristus v hrobe. Vedľa vchodu je kamenný epitaf Daniela Putischera z roku 1652 s erbom, na druhej strane vchodu pekný epitaf s reliéfom Vzkriesenia Lazara patriaci Mikulášovi Hainovi, otcovi známeho levočského kronikára, z roku 1659. Nasleduje epitaf levočského evanjelického farára Hioba Zablera s reliéfom zobrazujúcim Vzkriesenie dievčaťa z roku 1663, zhotovený pre jeho manželku.

K najbohatším levočským rodinám patrili Langovci, ktorí sa priženili aj do zámožných levočských kupeckých rodín. O ich zámožnosti svedčia aj dva honosné epitafy z čierneho mramoru doplnené alabastrovými sochami, nachádzajúce sa úplne vpredu južnej lode, pri oltári sv. Anny a sv. Jánov. Na epitafe Krištofa Langa z Krakova je ústredným motívom kríž, kým hlavnú plochu epitafu Jána Langa vypÍňa nápis. Druhý epitaf je z roku 1639. Pri jeho osádzaní sa muselo demontovať zadné pevné krídlo oltára sv. Anny, ktoré sa aj kvôli tomu medzičasom stratilo.

Viaceré epitafy sú umiestnené aj z vonkajšej strany kostola, mnohé z nich sú však v dôsledku poveternostných vplyvov už nečitateľné. Roku 1988 bol reštaurovaný epitaf Michala Eicklera z roku 1629 a na jeho mieste, západnej stene južnej predsiene, je jeho kópia.