Patrí medzi najhodnotnejšie a historicky najcennejšie oltáre. Stojí na čelnom mieste severnej lode. V predele má reliéf Tróniaceho Krista a po stranách dva erby: erb Levoče a poľskú orlicu. Z nich možno usúdiť, že peniaze na postavenie tohto oltára dali bratia Jagelovci, keď sa roku 1494 zišli v Levoči na tajnej porade. Podľa toho sa niekedy nazýva aj oltárom trinástich spišských miest.
Vznikol v levočskej rezbárskej dielni, ktorá tu pracovala pred príchodom Majstra Pavla a v ktorej vznikol aj oltár sv. Petra a Pavla. Mohutnú skriňu zapĺňa socha Panny Márie v mierne nadživotnej veľkosti (180 cm) s korunou na hlave a Ježiškom v náručí. Jej splývajúci plášť držia dvaja anjeli. Po stranách skrine sú štyri sošky svätíc: Barbory, Doroty, Kataríny a Margity. Niekoľko menších sôch je aj v bohatom fiálovom štíte. Je to Bolestný Kristus medzi dvoma anjelmi a sv. Jakub Apoštol.
Ucelený ikonografický program mariologického cyklu majú tabuľové obrazy na krídlach. Na otvorenej strane pozostáva zo Zvestovania, Navštívenia Alžbety, Narodenia a Klaňania sa troch kráľov. Na zatvorenej strane sú výjavy z Obrezania Krista, úteku do Egypta, vraždy Neviniatok, dvanásťročného Krista v chráme, zo zjavenia sa Krista Panne Márii po Zmŕtvychvstaní, z Nanebovstúpenia Krista, Smrti Panny Márie a z jej Korunovania. Autorom malieb bol vynikajúci maliar. Reštauroval ich v rokoch 1872-1873 František Storno v Šoprone, oltárnu architektúru vtedy opravil Ľudovít Belický. Oltár bol v medzivojnovom období na výstave slovenskej gotiky v Prahe. V rokoch 1995-1997 ho reštaurovali Anna Svetková, Ladislav Székely, Juraj Maták a Štefan Siváň v rámci Štátnych reštaurátorských ateliérov v Levoči.
Cyklus nástenných malieb moralít a legendy sv.Doroty
Chrám sv. Jakuba v Levoči je známy predovšetkým svojimi gotickými tabuľovými oltármi. Popri nich akosi zanikajú nástenné maľby. Okrem toho, že ich je tu celý rad, mnohé z nich sú aj historicky a umelecky cenné. Väčšina z nich pochádza zo 14.-15. storočia. V stredoveku pomáhali vzdelávať sa negramotným obyvateľom mesta v oblastiach viery a mravov, a tak zohrávali významnú úlohu v prehlbovaní kresťanského vedomia a života veriacich. V 17. a 18. storočí stratili svoju funkciu a prakticky všetky boli prekryté výmaľbou kostola, prípadne novými omietkami. Objavené boli začiatkom 60. rokov minulého storočia, počas generálnej opravy kostola a postupne boli zreštaurované.
Najstaršie nástenné maľby nachádzame v presbytériu za hlavným oltárom. Zachoval sa z nich však len fragment postáv dvoch žencov nachádzajúci sa pod novšími maľbami a možno ho datovať ešte pred rok 1350. Krátko potom dostalo presbytérium novú výzdobu. Maľby idú vo viacerých pásoch nad sebou. Spodný pás asi z roku 1390 prechádza celým presbytériom a tvoria ho maľby apoštolov striedané s maľbami prorokov. Apoštoli majú okolo hlavy gloriolu a držia v rukách pásy s vetami z Creda - vyznania viery. Pásy s textom majú v rukách aj proroci. Výroky na nich sú analógiami zo Starého zákona k vyznaniu viery. Nad nimi, okolo pastofória, sú maľby obsahujúce v jednom páse naj svätejšiu Trojicu, Narodenie Krista a Ukrižovanie s postavou Piláta na boku. V strednom páse sú postavy sv. Margity, Jána Evanjelistu, žehnajúceho Krista a kňaza pozdvihujúceho Eucharistiu. Z oboch strán týchto svätcov kľačí manželský pár donátorov. Najvyšší rad vypĺňajú postavy sv. Apolónie, Agnesy, Doroty a Barbory. Je pravdepodobné, že všetky tieto maľby boli komponované okolo pôvodného malého pastofória a výstavbou nového pastofória v 15. storočí stratili čiastočne svoju funkciu a sčasti boli prekryté. Na okrúhlych príporách sú postavy Trpiaceho Krista, sv. Kataríny, Doroty, Margity a Barbory, ďalej sv. Peter a Boh Otec. Po stranách prípor pokračuje kristologický cyklus zobrazujúci Zmŕtvychvstanie, Krista v predpeklí, Nanebovstúpenie, Posledný súd a Zoslanie Ducha svätého. Na južnej stene je Kristus symbolicky znázornený ako palmový strom, spod ktorého vyteká voda. Z jeho plodov sa sýtia jelene a vodou sa napájajú baránky. Tieto nástenné maľby boli objavené roku 1862 pri reštaurovaní pastofória. Reštauroval ich však až v rokoch 1889-1890 z prostriedkov Spišského dejepisného spolku reštaurátor František Storno zo Šopronu.
Počas reštaurovania hlavného oltára odkryli bratia Kotrbovci pôvodnú výmaľbu kamenných článkov svätyne a klenby. Klenbu pokrývajú štvorcové kazety vyplnené štvorlístkovou kružbou s drevenou šesťcípou hviezdou uprostred. Aj víťazný oblúk je pomaľovaný motívom viniča, ktorý symbolizuje Krista. Tieto maľby boli aj zreštaurované a sú dôkazom toho, že aj v gotike sa kamenné články pokrývali maľbami.
Klasickým miestom pre nástenné maľby v kostoloch bývajú ich severné steny, ktoré nemávali okná. Aj v tomto levočskom chráme bola severná stena využitá na namaľovanie dvoch rozsiahlych cyklov mravoučného charakteru. V oboch sú obrazy zoradené do dvoch radov a navzájom sú spojené rámom. Reštauroval ich tiež František Storno. Morality roku 1872 a legendu o sv. Dorote roku 1873.
Kresťanskými mravmi sa zaoberajú cykly nad dnešnou sakristiou: "Sedem skutkov milosrdenstva" a "Sedem hlavných hriechov". Čítajú sa sprava doľava. Skutky milosrdenstva sú komponované pre ľudí vzdelaných, pre mešťanov, ktorí poznali ich symboliku. Dobrý skutok sa vždy koná postave, ktorú symbolizuje Kristus (podľa jeho výroku: Čokoľvek ste urobili jednému z týchto mojich najmenších bratov, mne ste urobili. Matúš, 25, 40). Symbolické je aj to, že Kristus je orientovaný k hlavnému oltáru. Dobré skutky konajú muž a žena v meštianskych oblekoch. V pozadí sú meštianske domy a chrámy, nad nimi sa vznášajú anjeli, ktorí sa ich skutkom tešia. Nad každým obrazom je nemecký nápis hovoriaci o príslušnom skutku. Ide o nasledovné skutky milosrdenstva: zarmútených potešovať, pocestných prijímať, hladných kŕmiť, smädných napájať, nahých zaodievať, väzňov navštevovať a mŕtvych pochovávať. Odmenou za tieto skutky je nebo symbolizované chrámom. Prezentujú vlastne kresťanský sociálny program. Spodný rad malieb predstavu je hlavné hriechy. Opäť ich páchajú dvaja ľudia. Sedia však na zvierati, ktoré je symbolom príslušného hriechu. Nad nimi sa vznášajú čertíci tešiaci sa z ich zlých skutkov a pomáhajúci im pri tom. Ide o tieto hriechy: Pýcha - postavy sa dívajú do zrkadiel, či sú dosť pekné; symbol: lev. Lakomstvo - napĺňajú si pokladničku a mešec zlatom, čertíci im pri tom pomáhajú výkalmi; symbol: ropucha. Smilstvo - aktívna je žena štekliaca muža; symbol: sviňa. Nemiernosť v jedení a pití - odutá tvár opitého muža a nenásytnosť tučnej ženy; symbol: vlk odnášajúci si hus. Závisť - muž si od závisti trhá vlasy, žena cerí zuby; symbol: pes, ktorý kosť radšej zožerie, ako by ju dal. Hnev - muž pácha samovraždu, žena vraždí svoje vlasté dieťa; symbol: medveď. Lenivosť - postavy sú také lenivé, že sa im nechce ani držať hore hlavy, podopierajú im ich vankúše; symbol: somár. Zlé skutky, orientované smerom von z kostola, končia v tlame draka, symbole pekla. Obrazy sa poväčšine datujú asi do roku 1390. Vznikli pod vplyvom českej maľby 14. storočia.
Tak ako je neustále v dejinách aktuálny sociálny program a morálny kódex, aktuálna je aj otázka slobody myslenia a vyjadrovania názoru. Túto oblasť veľmi naliehavo prízvukuje cyklus legendy o sv. Dorote, ktorý glorifikuje stálosť vo viere a v názore napriek najukrutnejšiemu prenasledovaniu. Dorote, dcére vysokého rímskeho hodnostára vyhnaného pre kresťanský svetonázor do Kapadócie, sa núka manželstvo a šťastie za cenu, že sa zriekne kresťanstva. Napriek mučeniu si svoju vieru zachová. Obrazy, ktoré tvoria najrozsiahlejší cyklus tejto legendy v strednej Európe, sú zoradené v dvoch radoch nad sebou. Vrchný rad sa číta sprava doľava, spodný opačne. Význam obrazov: 1. Dorotin otec Dorus odmieta prijať pohanstvo, za čo ho cisár posiela ako vyhnanca do Kapadócie. 2. Dorus s manželkou Theou a dcérami Kristínou a Kalixtou opúšťajú Rím. 3. Narodenie Doroty. 4. Krst Doroty. 5. Miestodržiteľ Kapadócie Fabrícius sa uchádza o ruku Doroty s podmienkou, že sa stane pohankou. Ona odmieta. 6. Dorotu mučia v kotle s vriacim olejom. 7. Na deväť dní je uväznená. 8. Fabrícius ju opäť prehovára. 9. Mučenie Doroty bičovaním a pálením. 10. Dorota prosí Krista o znamenie. 11. Pri prehováraní Doroty Fabríciom, aby sa klaňala modle na stĺpe, modlu zhadzujú anjeli. 12. Fabrícius prehovára obe Dorotine sestry. 13. Dorota obracia svoje sestry vo väzení späť na kresťanskú vieru. 14. Bičovanie Doroty. 15. Upálenie Dorotiných sestier. 16. Kat vyvádza Dorotu z väzenia. 17. Posledné prehováranie Doroty Fabríciom. 18. Sťatie sv. Doroty. Kristus v podobe dieťaťa jej prináša v košíčku ruže a jablká z rajskej záhrady. 19. Dieťa prináša ruže a jablká pisárovi miestodržiteľa Teofilovi, ktorý sa Dorote pred smrťou vysmieval a žiadal ju, aby mu poslala plody z rajskej záhrady. 20. Anjeli ukladajú mŕtve telo Doroty do hrobu. Legenda bola v stredoveku veľmi rozšírená. Maliar nástenných malieb pochádzal pravdepodobne zo západnej časti Nemecka a namaľoval ich okolo roku 1420.
Roku 1956 objavili bratia Kotrbovci na klenbe pod organovou emporou za severným vchodom zaujímavé neskororenesančné nástenné maľby. Mohli vzniknúť po stavbe tejto empory okolo roku 1625 a obsahujú vyslovene svetské motívy: alegorické postavy Viery, Nádeje, Lásky a Spravodlivosti, erby rodiny Bobestovcov, uhorský a rakúsky znak, figúry faunov, morských panien, Neptúna, nájdeme tu zajačika, arabesky, grotesky, motívy ovocia a pod. Bohato zastúpený je motív ruže. Takéto maľby sú v sakrálnom interiéri zvláštnosťou. Kotrbovci ich roku 1956 zreštaurovali.
Pomerne bohatá na nástenné maľby je aj severná predsieň. Žiaľ, poveternostné podmienky i vlhkosť stien na ne veľmi nepriaznivo pôsobia. Roku 1955 objavili Kotrbovci v pravom hornom rohu dve postavy svätcov, ktoré čiastočne zakrýva klenba. Ide o sv. Erazma biskupa a o sväticu s rakom v ruke. Pochádzajú z obdobia okolo roku 1410 a považujú sa za jednu z najkrajších ukážok krásneho slohu v nástennej maľbe na Slovensku. Na tej istej stene, pri vchode do kaplnky sv. Juraja, je nástenná maľba asi z rokov 1370-1380, zobrazujúca Madonu s dieťaťom, sv. Antona Pustovníka a postavu neznámej svätice. Tympanón nad vchodom do kaplnky sv. Juraja obsahuje maľbu Kristus v hrobe, ktorá je datovaná rokom 1515. Priamo v kaplnke sv. Juraja je jazdecká socha sv. Juraja. Jej pozadie tvorí nástenná maľba asi z toho istého obdobia.
Za drobný skvost nástenného maliarstva sa považuje malá skupina Ukrižovania za oltárom Mateja Korvína, pochádzajúca asi z roku 1380. Po vážnom poškodení ju roku 1962 zreštaurovali bratia Kotrbovci. Reprezentuje neskorú fázu tzv. mäkkého slohu a farebnou kompozíciou i kresbou dosahuje vysoký stupeň odhmotnenia.
Pri oprave kostola v tridsiatych rokoch bola objavená rozsiahla nástenná maľba v južnej predsieni, predstavujúca Posledný súd. Reštauroval ju roku 1935 P. Kern, ale poveternostné vplyvy ju odvtedy takmer úplne zničili. Nepomohlo ani reštaurovanie v rokoch 1969-1971. V súčasnosti sú opäť pokusy o jej záchranu. Ide o monumentálny obraz, obsahujúci okrem iného bohaté ukážky z denného života stredovekého človeka, orbu, hostinu a pod. Vznikla pravdepodobne okolo roku 1520.
Oproti Poslednému súdu je namaľovaný nápis z konca 15. storočia. Obsahuje údaje o pobyte bratríkov na Zelenej hore i o pobyte Jagelovcov v Levoči roku 1494. Vznikol asi v tom čase. Roku 1962 ho reštaurovali M. Spoločníková a F. Sysel.
Treba sa ešte zmieniť o dvoch nápisoch zo stredoveku, nachádzajúcich sa v miestnosti bývalej knižnice. Jeden obsahuje kronikárske záznamy z dejín Levoče, druhý je zoznamom levočských farárov. Nie sú úplne zachované. V týchto priestoroch sa nachádza ešte kresba ideálnej genealógie.
Oltár Narodenia a kaplnka Narodenia
Dňa 14. novembra 1698 sa našla v levočskej radnici zamurovaná skupina sôch pozostávajúca z kľačiacej Madony, sv. Jozefa, troch anjelov a dvoch pastierov. Sochy doniesli do kostola a postavili ich vedľa hlavného oltára. Šlo o sochy vynikajúcej umeleckej úrovne. Neskôr sa zistilo, že sú dielom Majstra Pavla. Pre sochy, predstavujúce scénu Narodenia Krista, dal roku 1752 zhotoviť ostrihomský arcibiskup Mikuláš Csáky barokový oltár, na ktorý sa ako na javisko umiestnili sochy. Oltár stál dlho na čele južnej lode. Madona veľmi pripomína Madonu zo slávneho oltára Víta Stwosza z Krakova a aj ostatné sochy majú nadpriemernú umeleckú úroveň. Reštauroval ich roku 1935 akad. maliar Jordán z Prešova a roku 1955 bratia Kotrbovci, ktorí vtedy preniesli celý oltár na dnešné miesto v zadnej kaplnke.
Oltár sv. Alžbety
Je umiestnený v zadnej krstnej kaplnke južnej lode. Pôvodné z neho sú len tabuľové maľby z roku 1493. Pravdepodobne boli určené na hlavný oltár kostola sv. Alžbety, ktorý stál pred levočskými hradbami, ale zo strategických dôvodov bol v prvej polovici 16. storočia zbúraný. Vtedy sa obrazy dostali do farského kostola sv. Jakuba a určitý čas tvorili oltár. Neskôr sa už nepoužívali. Roku 1857 ich objavil profesor Václav Merklas a podľa jeho návrhu zhotovil pre ne levočský stolár Širokovský novogotický oltár. Konsekrovaný bol roku 1875. Na dnešnom mieste stál už od čias dokončenia tejto kaplnky roku 1861. Peniaze na zhotovenie oltára dal spišský biskup Záboyský, preto je na ňom umiestnený jeho erb. Autorom malieb oltárnych krídel spredu je pravdepodobne Mikuláš z Levoče. Na jednej z predných strán sú znázornené udalosti zo života sv. Štefana: jeho zajatie a ukameňovanie, na druhej strane udalosti zo života sv. Alžbety: zázrak s krížom a ošetrovanie chorého. Na zadnej strane krídel sú maľby postáv sv. Bernarda, Alexia, Hedvigy a Heleny. Uprostred oltárnej skrine je postava sv. Alžbety, po jej stranách stoja sv. Štefan Prvomučeník a sv. Florián. Oltárny obraz reštauroval roku 1937 B. Slánsky. Celý oltár je pred reštaurovaním.
Oltár Vianočnej predely
Pred zamurovaným vchodom južnej steny stojí oltár, poskladaný z častí viacerých oltárov. Pozoruhodná je najmä predela, predstavujúca vynikajúcu maľbu Klaňania sa troch kráľov, ovplyvnená maľbou podunajskej školy. Väčšinu plochy maľby zaberajú pohľady do nádhernej dunajskej krajiny. Pochádza z neznámeho oltára. Roku 1957 ju zreštauroval František Kotrba. Na nej stojí oltárna skrinka asi zo začiatku 16. storočia, so štyrmi sochami z obdobia okolo roku 1420, predstavujúcimi sv. Jakuba st., Jána Evanjelistu, Jána Krstiteľa a sv. Juraja. Ukrižovaný nad nimi je tiež z tohto obdobia. Maľby oltárnych krídel sú z mladšieho obdobia. Na prednej strane zobrazujú sv. Hieronyma a Bartolomeja a na zadnej Bolestného Krista a Bolestnú Pannu Máriu. Oltárik, ktorého sochy zreštaurovali roku 1961 H. Kotrba a maľby A. Darolová, bol vtedy zostavený do jedného celku.
Oltárna skriňa dvoch Márií z Kuriman
Ide o skriňu oltára dvoch Márií, ktorá sa pôvodne nachádzala v Kurimanoch. Predstavuje Márie idúce ku Kristovmu hrobu s voňavkami. Pochádza z dvadsiatych rokov 16. storočia a zdá sa, že autorom plastík je tovariš z Pavlovej dielne, ktorý uňho pracoval na rúchach. Tie sú totiž perfektne prepracované, kým tváre a ruky sú zvládnuté pomerne primitívne.
Oltár Vir dolorum Mateja Korvína
Stojí pri čelnej stene južnej lode a patrí k najväčším oltárom chrámu. Svoj názov - oltár Mateja Korvína - dostal podľa toho, že v predele má erb tohto panovníka a jeho druhej manželky Beatrice z Neapolu. Znamená to, že ide o dar uvedeného panovníckeho manželského páru mestu Levoča. Matej Korvín navštívil Levoču roku 1474, pričom s Beatricou sa oženil len roku 1476. Podľa toho, že v štíte oltára je socha sv. Ondreja, je možné, že ide o votívny oltár, ktorým si chcel panovník vyprosiť mužského potomka. Oltár sa svojím chápaním vymyká ostatným levočským oltárom. Má skôr dvorský ako meštiansky charakter. Nevieme, či vznikol v Levoči, alebo či bol dovezený.
Keďže okolo roku 1480, keď oltár vznikol, žil v Levoči rezbár menom Ján, dá sa predpokladať, že on je autorom oltára. Nevieme tiež, či jeho dnešné krídla boli jeho pôvodnou súčasťou alebo pochádzajú z iného oltára, pretože sú o niečo menšie ako oltárna skriňa. Aj poloha tohto oltára v kostole sa často menila. Roku 1700 mal stáť v hlavnej lodi. Zdá sa, že bol tiež roku 1683 z chrámu odstránený a potom dodatočne poskladaný, lebo ho roku 1731 konsekrovali. Po jeho stranách boli figúry s pašiovým motívom, ktoré však boli roku 1784 odstránené.
Oltár dlho stál pri južnej stene južnej lode, oproti zamurovanému malému portálu. Až po zreštaurovaní bratmi Kotrbovcami v rokoch 1955-1956 bol umiestnený na dnešné miesto. V skrini stojí plastika Muža bolestí ukazujúceho svoje rany a po stranách sú o niečo menšie sochy Panny Márie a sv. Jána Evanjelistu. Vyskytla sa domnienka, či tváre týchto dvoch postáv nie sú portrétmi kráľovského páru. Zdá sa, že je tomu skutočne tak. Najmä na tvári sv. Jána sa objavujú mnohé črty Mateja Korvína.
V jemne vypracovanom nadstavci dominuje monštrancia, ktorú adorujú dvaja anjeli a vrch uzatvára socha sv. Ondreja. Na ľavej strane oltára je menšia soška, pôvodne považovaná za kráľovho dvorného blázna. Pri reštaurovaní sa však našiel nápis identifikujúci plastiku ako proroka Izaiáša.
Mimoriadne umelecky hodnotné sú maľby na oltárnych krídlach. Autorom predných malieb je pravdepodobne maliar Mikuláš z Levoče. Zadné maľby majú mnoho spoločného s autorom podobných výjavov na oltári v Zápoľského kaplnke v Spišskej Kapitule a zdá sa, že boli ovplyvnené Schongauerom. Predná strana krídel zobrazuje dvojice svätých a svätíc: sv. Šebastiána a sv. Krištofa, sv. Jána Krstiteľa a sv. Jakuba Apoštola, sv. Barboru a sv. Katarínu a sv. Dorotu a sv. Margitu. Na zatvorených krídlach sú výjavy zo života Panny Márie: Zvestovanie, Navštívenie, Narodenie Krista a Klaňanie sa troch kráľov.
