Juraj Jakubisko debutoval ako režisér v roku 1967 dlhometrážnym hraným filmom Kristove roky. Filmy Zbehovia a pútnici (1968), Vtáčikovia, siroty a blázni (1969) a tragikomédia Dovidenia v pekle, priatelia (1970, dokončená 1990) boli v 70. rokoch normalizačnou cenzúrou zakázané a režisér sa mohol venovať len dokumentárnej tvorbe. Až v roku 1979 nakrútil hraný film Postav dom, zasaď strom a v roku 1980 trojdielny televízny film Nevera po slovensky. Vrcholom jeho tvorby 80. rokov je historická sága Tisícročná včela (1983), ktorá získala množstvo ocenení podobne ako filmová rozprávka Perinbaba (1985). Vo filmoch Sedím na konári a je mi dobre (1989) a Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý (1992) sa témou ľúbostného trojuholníka vrátil k svojej tvorbe 60. rokov. Od roku 1993 žije v Prahe, kde nakrútil filmy Nejasná správa o konci světa (1997) a Post coitum (2004). Je členom Európskej filmovej akadémie, od roku 2001 docentom na FAMU.
Dokumentárne filmy a spravodajské šoty o Jurajovi Jakubiskovi:
1968 Film o filme č. 2/1968
1986 Film o filme č. 1/1986 – Tri stretnutia
1989 Portrét režiséra
1997 Nejasná plavba na koniec světa
2001 Monológ Juraja J.
2001 Nenakrútené filmy Juraja J.
2003 Stretnutie s Jurajom Jakubiskom
Významné ocenenia:
1988 titul zaslúžilý umelec
1989 Čestné uznanie a plaketa RAI II za doterajšiu filmovú tvorbu (46. MMF Benátky)
1998 Cena Maverick za celoživotné dielo (Taos Talking Picture Festival Santa Fé)
Uznanie za vynikajúci výkon vo filmovom umení (21. medzinárodný filmový festival, Denver)
Cena Mateja Hrebendu za prínos k rozvoju česko-slovenských vzťahov
2000 Zlatá pečať za významný prínos v rozvoji umenia a filmu (udelená Juhoslovanskou filmotékou na Prehliadke filmov Juraja Jakubiska v Belehrade)
Prvé miesto v kategórii Najlepší slovenský režisér (Anketa 2000 – anketa slovenských filmových novinárov a kritikov)
2001 Cena za celoživotnú umeleckú činnosť (Masarykova akadémia umenia, Praha)
Cena Českej filmovej a televíznej akadémie za najlepší filmový plagát k filmu Kytice – J. Jakubisko (udelená pri vyhlásení nominácií cien Český lev 2000)
2002 Zlatá kamera za celoživotný prínos slovenskej kinematografii (cena udelená počas otváracieho ceremoniálu 10. MFF Art Film Trenčianske Teplice 2002)
2003 Český lev 2002 za dlhoročný umelecký prínos českému filmu (udelený Českou filmovou a televíznou akadémiou)
Pribinov kríž II. Triedy
2007 Kryštáľový glóbus za mimoriadny umelecký prínos svetovej kinematografii (udelený na medzinárodnom filmovom festivale Karlovy Vary)
tvorba
Réžia:
1957 Šupka a šupáci
1960 Čistič okien
1961 Každý deň má svoje meno
1961 Strieborný vietor
1963 Mikulaschski týdeník
1962 Občasník II. („To chce klid“)
1963 I. třída
1963 Mlčení
1963 Tri rozprávky
1963 Vrtuľka
1964 Chlapcovo dlhé čakanie
1965 Déšť
1966 Čekají na Godota
1966 Korytári
1966 Vysťahovalec
1967 Kristove roky
1967 Zbehovia
1968 Zbehovia a pútnici (Zbehovia, Dominika, Pútnici)
1969 Vtáčikovia, siroty a blázni
1972 Stavba storočia
1973 Ondrej Nepela
1973 Výstavba tranzitného plynovodu ZSSR, NDR, Západná Európa
1974 Ozvena
1975 Omnia
1975 Slovensko – krajina pod Tatrami
1976 Ďaleko v lese spieva vták
1976 Tri vrecia cementu a živý kohút
1977 Bubeník Červeného kríža
1978 Dožinky ´77
1979 Maľované na dreve
1979 Postav dom, zasaď strom
1980 Eva, Eva
1980 Nevera po slovensky 1-3
1981 Československo – tradičný obchodný partner ZSSR
1983 Tisícročná včela 1-4
1985 Perinbaba
1987 Pehavý Max a strašidlá
1987 Teta 1-7
1989 Sedím na konári a je mi dobre
1989 Srdečný pozdrav
1990 Dovidenia v pekle, priatelia
1990 Takmer ružový príbeh
1992 Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý
1993 PEZ, Krajina medu, Návšteva z kosmu – reklamy
1993 Václav Klaus pohledem J. Jakubiska
1994 Casanova
1994 Jozef Svoboda pohledem J. Jakubiska
1994 Smím dál? – hudobný videoklip Ivety Bartošovej
1997 Nejasná zpráva o konci světa 1-6
1999 Nad Prahou sa blýska
1999 Otevřené oči Ivana Havla
2000 Hosť do domu (TV cyklus zábavných relácií Radošinského naivného divadla)
2001 Baruch Myers (z cyklu Tucet 2000)
2001 Vratislav Kulhánek pohledem J. Jakubiska
2001 Zdeněk Tuma pohledem J. Jakubiska
2002 Farebné kamienky
2004 Post coitum
2007 Krútňava (opera, SND)
2008 Bathory
Spolupráca s inými režisérmi:
1960 Sál ztracených kroku
1961 Strop
1961 Turista
1965 Kto kráča po ceste
1988 Sagarmatha
2000 Kytice
2001 Video o filmu Kytice
2004 Rodinná pouta (hrá sám seba)
