Prestavba kostola určila dnešnú dĺžku, prestavala sa veža. Barokizácia objektu nebola výraznejšie porušená a stala sa určujúcou pre výraz stavebnej obnovy v rokoch 1959-1976 s využitím pre Západoslovenské múzeum. Z kultových stavieb novopostavených v baroku treba spomenúť trinitársky komplex a uršulínsky komplex. Trinitársky kostol sv. Trojice – „zlatý kostolík“, s kláštorom na Štefánikovej ulici s uličným krídlom a dvoma nerovnakými dvorovými krídlami, bol postavený v rokoch 1710-1729. Je to jednoloďová stavby s postrannými plytkými kaplnkami, vytvorenými princípom masívneho predloženia pilierov do stien lode. Kubická hmota lode nadväzuje na krídlo budovy kláštora. K objektu kostola tesne prilieha budova kláštora trinitárov. Hmota stavby je trojkrídlová. Tento objekt počas zmien majiteľov neprešiel výraznými stavebnými úpravami. V objekte je štátny archív. Kostol a kláštor uršulínok na Hviezdoslavovej ulici, ktoré sa venovali vyučovaniu ženskej mládeže, boli postavené v rokoch 1730-1776. Jednoloďový kostol sv. Anny má eliptický pôdorys a štvorcové presbytérium. Je situovaný v radovej zástavbe ulice, s ktorou lícuje jeho jednovežové priečelie. Dispozícia kostola je jednoloďová, sieňová, na spôsob centrály. Kostol má podzemné podlažie s kryptou, zaklenutou sledom pruských klenieb. V interiéri sú etážové murované hrobky s polkruhovými otvormi pre uloženie pozostatkov. Objekt je vystavaný intaktne, v neskorobarokovom klasickom štýle. Krídla kláštornej budovy sa nachádzali po obidvoch stranách kostola. Západné krídlo v roku 1942 zbúrali a na jeho mieste postavili novú budovu dievčenského gymnázia. Hmota jednotlivých krídel je dvojpodlažná, výnimočne trojpodlažná. Na Paulínskej ulici je kostol sv. Jozefa, ktorý bol vystavený ako protestantský pre kalvínov v rokoch 1636-1646. V roku 1671 bol pridelený paulínom, ktorí ho upravili, najmä časti výzdoby a v roku 1701 rozšírili o bočnú severnú kaplnku. Kostol sa radí medzi protestantské sieňové chrámy bez veže. Jeho ranobaroková forma nesie znaky sliezskej renesancie, prejavujúcej sa najmä v utváraní štítového priečelia. Hlavný kamenný portál je barokový. Drevená strecha zvonice bola postavená v 18.storočí. Dispozícia kostola je sieňová, sieň je zaklenutá valenou lunetovou klenbou. Do cirkevnej architektúry baroka treba zarátať aj farskú budovu pri kostole sv. Mikuláša. Tento menší poschodový palác vystavali na cintoríne pri kostole roku 1768. Je situovaný na nároží ulice M.Sch.Trnavského a Námestím sv. Mikuláša.