V chrámovej lodi je po oboch stranách desať bočných oltárov zo 17., no najmä z 18.storočia.Na konzolách a v nikách sú umiestnené voľne stojace plastiky svätcov. Vo východnej časti chrámu je arkádový chór podopretý dvoma masívnymi stĺpmi. Na pravom pilieri triumfálneho oblúka je kazateľnica s bohato vypracovanou strieškou a ohradou. Súčasťou kostola je sakristia, oddelená od svätyne spojovacou chodbou. Pri severnom múre kostola stojí štvorkrídlový kláštor s ústredným dvorom a krížovou chodbou. V strede rajského dvora je architektonicky riešená vodná nádrž so sochou sv.Františka z roku 1926. Použitá literatúra:

Žufová,J.: Trnava – mestská pamiatková rezervácia. Trnava 1997.
Radváni,H.: Trnavské kostoly. Trnava 1995.
Šimončič,J. – Watzka,J. – kol.: Dejiny Trnavy. Bratislava 1988.
Žufová,J.: Pamiatky Trnavy a Trnavského kraja 2. Trnava 1988.
www.trnava.sk.