Františkánsky kostol Zvestovania Pána v Bratislave predstavuje významnú umeleckú pamiatku a to nielen na území Slovenska. Kostol bol posvätený na sviatok Zvestovania Pána 25. marca 1297, za prítomnosti kráľa Ondreja III., ostrihomského arcibiskupa Lodomera, svätiaceho biskupa Jakuba a ďalších osobností cirkevného a spoločenského života ako i veľkého počtu veriaceho ľudu. Patril medzi významné miesta bratislavských korunovačných slávností. Novokorunovaný kráľ peši prešiel z korunovačného kostola Sv. Martina do Františkánskeho kostola, kde pasoval nových rytierov Zlatej ostrohy. Išlo o starobylý obrad, ktorý do Bratislavy preniesli zo Stoličného Belehradu. Pasovanie rytierov po korunovácii zaviedol Karol Róbert z Anjou (I. polovica 14.stor.).
Z histórie kostola a kláštora je potrebné spomenúť, že veľké siene kláštora sa využívali pre väčšie zhromaždenia. V stredoveku až do roku 1530 tu volili richtára. V roku 1578 sa tu na poradu zhromaždili mešťania, ktorí sa vzbúrili proti mestskej rade pre utrpené krivdy, chceli tak využiť právo azylu, ktoré si kláštor udržal až do 18.stor. 29.augusta 1526 v bitke pri Moháči utrpelo uhorské vojsko katastrofálnu porážku od Turkov. V bitke zahynul aj kráľ Ľudovít II., posledný Jagelovec na uhorskom tróne. S týmto dátumom sa spája koniec stredoveku v slovenských dejinách a začiatok novoveku.
17.decembra 1526, zvolili v tomto kostole uhorské stavy za kráľa Ferdinanda Habsburského. Jednou z mála gotických častí kláštora, ktoré nepoškodili viaceré prestavby bola šesťboká gotická veža z 15.stor. Zemetrasenia však neskôr narušili jej statiku do takej miery, že hrozilo jej zrútenie. V roku 1897 ju opatrne zložili a preniesli do dnešného Sadu Janka Kráľa v Petržalke. Aby kláštor nezostal ochudobnený o svoju dominantu, na mieste pôvodnej gotickej veže postavili jej neogotickú kópiu. Veža slúžila v 16. a 17. stor. na oznamovanie mnohých povinností. Ranné zvonenie oznamovalo čas otvárania a večerné zvonenie, čas zatvárania výčapov - „Pivný zvon“. Pri požiaroch vyvesili na vežu zástavu alebo zvonili na zvone. Do polovice 17. stor. zvykli nedele a sviatočné dni označovať vztyčovaním zástavy na kláštore.
Zemetrasenia v rokoch 1580 a 1586 veľmi poškodili kostol aj kláštor a spôsobili, že spadla pôvodná gotická klenba lode. V rokoch 1613 – 1616 postavili dnešnú renesančnú klenbu na masívne vtiahnuté piliere. Opravné práce pokračovali aj v roku 1619. Kostol definitívne zastrešil staviteľ Ján Alberthal okolo roku 1637.