V roku 1670 postavili organový chór podoprený toskánskymi stĺpmi. Pôvodné vnútorné zariadenie kostola postupne nahradili barokovým v prvej polovici 18.stor. Hlavný oltár Zvestovania Panny Márie, je murovaná stĺpová architektúra z rokov 1720 – 1730. V strede je obraz Zvestovania – sklomaľba z konca 19. stor. Po bokoch sú sochy Sv. Štefana a Sv. Imricha. (V knihe od Ladislava Šáškyho je uvedené, že sú to sochy Sv. Imricha a Sv. Ladislava.)
Oltáre Sv. Františka z Assisi a Sv. Antona Paduánskeho s rovnakými stĺpovými architektúrami stoja po stranách triumfálneho oblúka, pochádzajú z rokov 1720 – 1730. Bočné oltáre Narodenia a Piety tvoria dominanty bočných strán chrámovej lode. Vzácna gotická pieskovcová plastika Piety je z obdobia tzv. krásneho slohu (z I. polovice 15.stor.). Patrí medzi najkrajšie zachované gotické plastiky z tohoto obdobia. Rokoková kazateľnica je z roku 1756 – na dverách je reliéf stigmatizácie Sv. Františka, zobrazená je i kázeň Sv. Františka vtákom a Mojžišova kázeň židom.

Pri severnom múre kostola stojí kaplnka Sv. Jána evanjelistu. Vybudovali ju v druhej polovici 14.stor. na mieste staršieho sakrálneho objektu. Ide o dvojpodlažnú pohrebnú kaplnku (s kryptou v suteréne), ktorú začal stavať bratislavský mešťan Ján, syn Jakubov a v roku 1361 ju ešte nedostavanú prepustil svojmu synovcovi richtárovi Jakubovi II. Tento ju v nasledujúcich rokoch dostaval. Kaplnka bola pohrebnou kaplnkou richtárskej rodiny Jakubovcov. V suterénnej časti je krypta s erbom rodiny Jakubovcov. Architektúra kaplnky dosiahla vrchol gotického skeletového systému maximálnym prevýšením a odhmotnením stavby a to vo forme závesných svorníkov a presekávaných profilov. Ide tu o takzvanú „bielu gotiku“, ktorá je veľmi pôsobivá. Kaplnku zreštaurovali v roku 1831. Vtedy do nej umiestnili klasicistický stĺpový oltár Sv. Jána evanjelistu s obrazom, ktorý namaľoval miestny maliar Ferdinand Lüttendorf podľa Domenicchinovej predlohy. Oltár je dnes v predsieni kaplnky. Kaplnku dostavali v zmenšenej podobe podľa vzoru Sainte Chapelle, pohrebnej kaplnky francúzkych kráľov. Kaplnka patrí medzi najvýznamnejšie diela gotickej architektúry na Slovensku a predstavuje sakrálny objekt, ktorý možno považovať za vrchol vývinu gotickej architektúry na Slovensku.

Kaplnka Sv. Rozálie (pôvodne zasvätená sv. Šebastiánovi), je malý priestor s polygonálnym (klenbovým) presbytériom, má gotické obvodové múry a renesančné klenby z polovice 17.stor. V 16.stor. bol v kaplnke oltár Sv. Šebastiána, ktorý bol v r.1872 nahradený oltárom Sv. Rozálie.