Po stranách sú neobarokové sochy Sv. Šebastiána a Sv. Rocha. Na ľavej strane kaplnky sa nachádza oltár sv. Jána Nepomuckého z roku 1749. V Krížovej chodbe kostola i kláštora sa zachovali staršie plastiky a epitafy. Spomeniem mramorový epitaf biskupa Štefana Fejerkövyho nachádzajúci sa priamo pod vežou. Jeho telesné pozostatky sú však z výsady biskupa uložené v krypte „hodnostne vyššieho“ Dómu sv. Martina. Zaujímavý je i pôvod názvu, od ktorého sa odvodzuje meno „Krížová chodba“. Kedysi to bola chodba, tiahnúca sa neprerušene okolo celého kláštorného átria. Pri procesiách bolo možné obísť ju v sprievode na čele s krížom dookola tak, že ten, kto niesol kríž, sa nakoniec ocitol na mieste, kde začínal. Odtiaľto názov „Krížová chodba“ – chodba, ktorou sa niesol kríž.

Loretánska kaplnka stojí pri severnom múre kostola, postaviť ju dal v roku 1708 Pavol Esterházy (jeho erb je umiestnený na fasáde). Kaplnka v zjednodušenej forme napodobňuje mariánsky sakrálny objekt v talianskom Lorete od architekta Bramanteho. Za mrežou je mramorový oltár so sochou čiernej Panny Márie. Pri oprave kostola odkryli fresky znázorňujúce morovú epidémiu. Podľa legendy bol dom Panny Márie v Nazarete zázračne prenesený najprv do Dalmácie a potom v roku 1291 do Loreta pri Ancone na talianskom pobreží Jadranu. Nad týmto skromným svätým domčekom vystavali v rokoch 1468 – 1587 renesančnú baziliku a domček obložili podľa Bramanteho projektov reliéfmi z carrarského mramoru. Chrám v Lorete sa stal v baroku vzorom pre výstavbu tzv. loretánskych kaplniek v celej Európe. V roku 1745-1746 upravil staviteľ Lucca de Schramm hlavnú fasádu kostola v barokovom slohu. Nad nový portál umiestnili kamennú sochu Immaculaty pravdepodobne dielo sochára Jozefa Sartoryho. Pred kostolom je veľký kovaný neobarokový kríž od umeleckého kováča Mahra, prenesený z Ondrejského cintorína.

Tejto sakrálnej stavbe najviac neprospievajú otrasy spôsobované do centra nešetrne vpustenou dopravou, viaceré slabšie otrasy nepatrných zemetrasení, ktoré každoročne postihujú Bratislavu, ako aj vysoká hladina spodných vôd, ktorej prirodzenému odparovaniu zabraňuje „umelecky vybetónovaný“ podklad historického centra Bratislavy. Komplex františkánskeho kostola s kláštorom predstavuje aj v súčasnosti živý objekt slúžiaci svojmu účelu.