Michelangela si dala zavolať Piccolominiho neter a požiadala ho, aby vytesal zvyšných jedenásť sôch pre oltár Piccolominiovcov. Jedného dňa Michelangela zastihla nečakaná správa – brat Lionardo umrel v kláštore v Pise. Michelangelo sa prestal stýkať s ľudmi, chodiť na návštevy a venoval sa iba práci na freskách. V júni 1510, približne rok a dva mesiace po započatí dokončil prvú polovicu klenby. Pápež sa prišiel pozrieť do kaplnky a pohádal sa s Michelangelom, pretože odmietol dať dole lešenie a ukázať hotovú polovicu klenby ľuďom. Nazlostený pápež udrel Michelangela palicou po pleci a urazený Michelangelo odišiel. Bol rozhodnutý znova utiecť z Ríma, ale navštívil ho pápežov komorník, ktorý mu priniesol päťsto dukátov a pápežovo ospravedlnenie. Lešenie bolo sňaté a kaplnka na pár dní sprístupnená verejnosti, ale jediný, kto sa prišiel Michelangelovi pokloniť bol vtedy dvadsaťsedemročný Raffael Sanzio.
Dva dni po odhalení fresiek odišiel pápež na čele svojho vojska vyhnať Francúzov zo severného Talianska a dobiť Ferraru. Pápež Michelangelovi nenechal výslovné povolenie postaviť naspäť lešenie a začať prácu na druhej polovici klenby, a preto jedného dňa odišiel za pápežom do Bologne, kde však zistil, že pápež je veľmi zaneprázdnený vojnou a nemôže ho prijať. Cestou späť sa Michelangelo zastavil vo Florencii a navštívil chorého brata Buonarrota. Po jeho návrate do Ríma ho navštívil pápežov kronikár, ktorý mu odovzdal peniaze na stavbu nového lešenia a povolenie pokračovať v práci. Pápežské vojsko bolo porazené a Július II. sa ako najnenávidenejší človek v celom Taliansku vrátil do Ríma. Michelangelo sa v Sixtíne snažil napredovať ešte rýchlejšie, pretože tušil, že sa blíži pápežov koniec. Pápež po svojom príchode zašiel do kaplnky a vyjadril spokojnosť s Michelangelovou prácou. V zime 1512 pápež opäť navštívil Sixtínu a oznámil Michelangelovi, že chce, aby bola klenba čo najskôr hotová, pretože na Sviatok všetkých svätých chce v kaplnke odslúžiť omšu. Michelangelo fresky urýchlene dokončil, dal sňať lešenie a v danom termíne bola klenba odhalená.
Niekoľko mesiacov po odhalení fresiek pápež umrel. Novým pápežom sa stal Giovanni de ´ Medici, ktorý prijal meno Lev X. Michelangelo si za peniaze, ktoré mu Július II.