Smrtící flétna ukončí život jednoho z nich.

Krysař se zodpovídá před radními a Starostou za smrt člověka. Brání se tím, že předtím několikrát varoval. Stejně však za svou práci nedostane zaplaceno a musí město ihned opustit.

Krysař ale nehodlá opustit město bez Agnes, a tak si pro ni v noci přichází potají domů. Krysařovi se však ani nepodaří s Agnes mluvit, protože z domu vyběhne rozlícený Starosta, který Krysaře urazí a vyhodí.

Krysař se setkává se Štěpánem a vede s ním tajuplný noční rozhovor. Štěpán je druhý den jako vyměněný, svolává místní obyvatelstvo a vyzývá k bouři proti Ostrovanům. Krysař vše z pozadí sleduje.

Ostrované cítí, že se něco začíná dít. Při poradě v hostinci Starosta prosadí nápad: najmout radši na Krysaře vrahy. Starosta tím však sleduje vlastní cíl: uchránit Agnes od Krysaře. Ostrované celou situaci s místními zásadně podcení.

Plánovaná vražda nevyjde, protože se vrahové Krysaře zděsí. Dav místních je tak rozvášněn, že začíná demolovat všechno, co se týká Ostrovanů. Vzápětí dochází i na lidské životy. Dav, pod vedením Štěpána, zabije mezi jinými i Starostu.


Jako poslední žijící Ostrované zbývají již jen Agnes a Jakub, nejlepší Štěpánův kamarád. Štěpán je nucen Jakuba zabít, aby ho uchránil před upálením. O to větší vztek dopadá na hlavu Agnes. Situace vyvrcholí na náměstí, kde dav linčuje Agnes, která je po těžkých úderech do hlavy v bezvědomí a je krátce před smrtí. Ve správnou chvíli se však objeví Krysař, který zkusí dav zastavit. Hněv se však otočí i proti němu. Krysař vytáhne píšťalu a mocně zahraje. Melodie pozabíjí všechny, kromě Agnes, protože je v bezvědomí.

Náměstí je pokryto mrtvolami. Uprostřed stojí Krysař. Přichází záhadný Stařec a představí se. Je to OSUD. Osud Krysaři sdělí, že on si ho vybral jako prostředek k udržení rovnováhy mezi lidmi a přírodou. Pak Krysaře vyzve, aby odešel s Agnes někam daleko a zkusil začít nový život. Osud odebere Krysaři píšťalu.

Krysař a Agnes odcházejí liduprázdným světem kamsi do daleka.

KONEC.