No pre novú dobu už nepostačovali.
V Taliansku sa zachoval aj počas sťahovania národov katedrálny tip škôl, ktorý sa neskoršie začal šíriť aj v iných častiach Európy. Najväčšej vážnosti sa tešila katedrálna škola pri Lateráne v Ríme, ktorá síce vznikla ešte v antike, ale k najväčšej sláve ju priviedol pápež Gregor Veľký. Cisár Karol Veľký počas svojho pobytu v Ríme spoznal túto pápežskú školu a rozhodol sa obnoviť antickú vzdelanosť.

Vznik univerzít
Z významných katedrálnych škôl začínajú vznikať prvé univerzity. Aj keď prvá univerzita vznikla v Konštantínopole v roku 425 a inštitúcie vyššieho vzdelania existovali už v starej Číne, „západná univerzita“ bola vynálezom 11. a 12. stor. Univerzity sa stali medzinárodnými inštitúciami, ktoré často priťahovali študentov z veľkej diaľky. Mali vlastné organizačné modely, ktoré sa stali vzorom pre mnoho iných univerzít, založených na konci stredoveku. Komunikačným jazykom bola latinčina. Medzi najstaršie a najvychýrenejšie patrili univerzity v Bologni (1119), Oxforde (1168), Paríži (1206), Cambridgei (1209) a v španielskych mestách Valencii a Salamanke (1230). Univerzity mali zvyčajne štyri fakulty: filozofickú, teologickú, právnickú a lekársku. Parížska univerzita, ktorú nazývali aj „matkou vzdelanosti“, bola špecializovaná hlavne na filozofiu, v Bologni prevládalo hlavne právo. Výučba mala zväčša ústnu formu, prednášky pozostávali z čítania kníh, napríklad Aristotelových diel, ktoré prednášajúci komentoval. Študenti museli potvrdiť svoje vedomosti účasťou na diskusiách (dišputách), v ktorých museli argumentovať za alebo proti určitému tvrdeniu (téze). Akademické záverečné skúšky boli uznané v celej Európe. Študenti, okrem medikov, boli väčšinou príslušníkmi duchovného stavu, laici začali študovať na univerzitách až po roku 1500. Veľký význam malo aj to, že sa dominikáni a františkáni rozhodli dať vyučovať svoj dorast v Paríži resp. Oxforde. Nielenže z ich radov vyrástli veľkí učenci, ale čoskoro oni sami dobyli katedry.

Prvé kolégiá
Zriaďovateľom univerzity bol buď panovník, alebo pápež a každá univerzita mala pápežské schválenie. Na univerzitách vyučovali najlepší teológovia, filozofi a právnici vtedajšej doby a preto na nich študovalo niekoľko tisíc študentov z celej Európy. V 13. stor. napríklad na parížskej univerzite študovalo okolo 15 000 študentov. Množstvo študentov nachádzajúcich sa mimo vlasti spôsobilo, že univerzitné prostredie nebolo vždy najvhodnejšie na formáciu. Aby sa zabránilo zlým vplyvom, začali bohatí dobrodinci zakladať tzv. kolégiá. Tieto slúžili na ubytovanie a stravovanie študentov, ale aj k ich duchovnej formácii.