Meditácia v zene nie je zameraná na žiadny objekt, nemá za úlohu obohacovať ducha o myšlienky, ale ho vyprázdňovať. Zen učí, že meditácia patrila od začiatku k pravému posolstvu Buddhu, a že zen bol prapôvodinou buddhizmu. V Buddhovej 8-dielnej ceste sa meditácia nachádza trikrát. Zenová meditácia je stav sústredenia, pokojnej bdelosti, pohrúženia ducha, čo sa deje v stredisku sily človeka, čiže v hlbokých vrstvách duše. Vedomiu meditujúceho je stále všetko nové. Byť v meditatívnom stave znamená, že človek je sám svojím prirodzeným ja, sám svojím buddhom, je si plne vedomý toho, čo ho obklopuje a čo robí. „Meditujúci nehľadá veci, ale sa im ani nevyhýba. K čomu dôjde, to reflektuje, ale nedrží u seba. To mu dáva schopnosť nad všetkým zvíťaziť a sám nebyť zranený, koná bez namáhania.“

1.1.2 Základné prvky zenovej meditácie

Techniky meditácie sú popísané napríklad v (3). V meditácii sa rozlišujú tri základné formy: uvedomenie, koncentrácia a pozorovanie. Žiak povinne medituje (medituje sa so skríženými nohami, tzv. lotosový sed, s vystretým chrbtom a v odlúčenosti spôsobom zazenu), žije jednoducho a striedmo a pokúša sa vylúštiť kóany, paradoxy, ktoré mu majster uložil. Od žiaka sa vyžaduje aj fyzická práca. Máva pravidelné rozhovory s majstrom, ktoré sú buď o podstate zenu, o základných pravdách, zmysle života, alebo mu prednesie výklad kóanu, o ktorom si myslí, že je správny. Podľa štýlu majstra dostáva odpovede paradoxné, nezmyselné, triviálne, alebo dostáva namiesto odpovede zaucho, buchnát, úder palicou, skríknutie, bez zrejmej závislosti na otázke, alebo probléme. To žiaka privádza do neistoty, strachu a narúšajú sa mu jeho ustálené predstavy, vrátane predstavy o jeho vlastnej autorite. V jeho mysli rastie zmätok a je dohnaný k tomu, aby sa vzoprel najvyššej autorite, na ktorú spoliehal – svojmu učiteľovi. Pritom zistí, že je možné byť sám sebou, že môže prevziať plnú zodpovednosť za seba, pravda, ak sa pred tým psychicky nezrúti.
Spomenuli sme, že žiakovi sa predkladá kóan. Kóan je racionálne neriešiteľná, paradoxne protichodná úloha, ktorá aktivuje rozum, uvádza ho v zmätok, vyčerpáva a nakoniec paralyzuje. Často sú obsahom kóanu anekdotické, legendárne, biografické udalosti, dišputy a výroky veľkých majstrov zenu. Najdôležitejšie príklady kóanov sa zachovali v dvoch zbierkach: Hekigaroku a Mumonkamu. Kánom môže byť napríklad otázka: „Ako znie tlesknutie jednej ruky?“, alebo: „Ak máš palicu, dám ti ju. Ak nemáš palicu, zoberiem ti ju“.