Komunistický režim v Československu pod vedením Moskvy pristúpil k likvidácii grécko-katolíckej cirkvi. Podobne predtým hola likvidovaná grécko-katolícka cirkev v Haliči, na Ukrajine a v Rumunsku. Prvé prejavy tejto likvidácie sa udiali 22. februára 1949 v Prešove. Tú noc oddiel polície obkľúčil kláštor baziliánov a uskutočnil domovú prehliadku, ktorá trvala do rána. Jedenást' rehoľníkov vyviezli preč z kláštora. Biskupovi Gojdičovi oznámili, že kláštor je konfiškovaný, lebo v ňom bola nájdené veľa protištátnej literatúry. Vo februári 1950 zasadla tzv. "šestka" ÚV KSČ. Rokovala o gréckokatolíckej otázke. Bolo rozhodnuté začat' akciu, která by získavala prestup veriacich z gréckokatolíckej cirkvi na pravoslávnu. Súbežne s týmito udalost'ami bola dokončená organizácia pravoslávnej cirkvi v Československu. V Prešove už 30. decembra prebehla voľba pravoslávneho biskupa, eparchiálnej rady a jej členov Novým biskupem sa stal Alexej Dechterev. Biskup Alexej za pomoci štátnych orgánov v marci zorganizoval Centrálny výbor návratu na pravoslávie. Podarilo sa mu v priebehu mesiaca získat' až 32 morálne poznačených kňazov a niekoľko tisíc veriacich. Komunistická vláda nad'alej pokračovala vo svojom boji proti cirkvi. Dekrétom č. 112 zo 16. marca 1950 vláda zrušila 13 diecéznych seminárov a ponechala iba 2, jedenv Prahe a druhý v Bratislave. Povodne mala každá diecéza vzorne vybavený seminár. Po dekréte zanikal trnavský, nitriansky, banskobystrický, rožňavský, spišský, košický a prešovský gréckokatolícky seminár. Ich profesori holi zatknutí a prepustení. V takomto ovzduší opustil 20. marca 1950 nuncius Ottavie de Liva územie Československa. V tomto čase bola na Slovensku internovaných viac ako 1000 kňazov a rehoľníkov. V noci z 13. apríla na 14. apríla sa v dejinách cirkvi stala doteraz nevídaná a neslýchaná vec. Bezpečnostné orgány vyprázdnili kláštory skoro všetkých mužských reholí.

Ďalšie plánované zásahy proti cirkvi nenechali na seba dlho čakat'. Centrálny výbor návratu na pravoslávie zorganizoval na 28. apríl 1950 do Prešova " Mierový kongres", na ktorý mali jednotlivé dediny vyslat' delegácie pod vedením miestneho kňaza. Kňazi, ktorí neprišli bolo neskôr uväznení. Kongres sa konal v sále Čierneho orla. Na čelnej strane bol zavesený veľký ortodoxný kríž, obraz moskovského patriarchu Alexeja, pražského metropolitu Jelevferija, ako i Stalina a Gottwlda. Na bočných stenách boli komunistické a protipápežské heslá a na zadnej stene nepravdivý výrok sv. Metoda: " Slovania, bojte sa Ríma." Mnohí delegáti, ktorí zbadali heslá, chceli opustit' sálu, ale polícia im to nedovolila. Tento kongres dostal oficiálny názov "Sobor gréckokatolíckeho duchovenstva".