Na tomto sobore bol vypracovaný manifest, ktorý bol prakticky nezmyselný. Stálo v ňom, že sa zrušuje Únia gréckokatolíckej cirkvi s Rímom a že pravoslávny veriaci ľud sa vracia k svojej pôvodnej viere. Po ukončení kongresu sa delegácia pobrala ku katedrále a potom do sídla biskupa Gojdiča a jeho pomocného biskupa Hopka. Žiadali, aby im Gojdič odovzdal kľúče od katedrály. Gojdič odmietol. Delegácia nato odišla k pravoslávnemu biskupovi Alexejovi a vyzvala ho, aby prevzal hned' do svojej správy katedrálu, ktorú medzitým násilne otvorili. Pražský metropolita, ktorý sa " náhodou" v ten deň nachádzal v Prešove, prišiel tiež a na znak svojho vít'azstva odslúžili v katedrále d'akovný moleben. Biskupa Pavla Gojdiča zatkli ešte v ten istý deň. Ked' vychádzal vonku zadným vchodom zo svojej biskupskej rezidencie, práve vtedy vstupoval pravoslávny biskup Alexej predným vchodom do biskupského paláca. Pred nástupom do auta dal biskup Pavol Gojdič ešte požehnanie svojmu bratovi Dr. Štefanovi Gojdičovi, kanonikovi Kollymu a Michaličovi. Biskupi Gojdič a Hopko boli izolovaní tým sposobom, že boli ihned' po prevzatí rezidencie odvezení na izolované miesto do Vysokých Tatier, kde budú prechodne ubytovaní až do d'alšieho rozhodnutia.

Na základe oficiálneho dekrétu zo dňa 27. mája 1950 Gréckokatolícka cirkev v Československu bola úradne zlikvidovaná a všetky jej majetky a práva automaticky prešli do rúk pravoslávnej cirkvi. Začali sa masívne a násilné prevádzania veriacich a duchovenstva na pravoslávie, ktoré boli realizované za pomoci polície a komunistických agentovo Kňazov postavili pred a1ternatívu- bud' pravoslávie alebo strata všetkého. Iba 30 kňazov z 320 podpísalo pravoslávie. Asi 120 kňazov uväznili, ostatných sústredili do pracovného tábora v Hlohovci a neskôr poslali do vyhnanstva na české pohraničie.

2. Uväznenie a odsúdenie otcov biskupov Gojdiča a Hopka
Biskup Gojdič pobudol v Tatrách približne dva mesiace. 8. júna 1950 sa poslednýkrát zúčastnil na verejnej bohoslužbe. Nasledujúceho dňa definitívne otca biskupa uväznili a previezli do vazenia v Prahe-Ruzyni. To patrilo k najt'ažším v celej republike. Tu prežil vel'mi t'ažké chvíle uväznený na samotke. Strava bola minimalizovaná, spočívala v 20 gramoch chleba a k tomu trochu vody. Ráno musel vstávat' už o piatej hodine. Otca biskupa neustále vypočúvali, kládli mu nové a nové otázky, nútiac ho k prechodu na pravoslávie. Časom k vypočúvaniu pribudlo i mučenie, kedy mu lámali prsty medzi železnými prútmi. Vyšetrovatelia chceli získat' od otca biskupa nepravdivé priznanie. Napriek jeho nevine bol vypracovaný 120-stránkový spis o jeho vine, ktorý musel pod tlakom podpísat'. V takýchto podmienkach otec biskup bol vel'mi telesne (stratil okolo 50 kg váhy) a duševne vyčerpaný. Takto koncom roka 1950 vyvrcholila príprava na súdny proces s tromi slovenskými biskupmi: Jánom Vojtašákom, ThDr. Michalom Buzalkom a Pavlom Petrom Gojdičom.