Pri zinscenovanom súdnom procese 15. januára 1951 odsúdili 63-ročného biskupa Gojdiča na doživotie a udelili mu pokutu dvestotisíc korun i stratu občianskych práv. Po procese bol prevezený do väznice vo Valdiciach, kde pobudol asi tak rok a pol. Ďalším väzením bol Leopoldov. Raz mu tu jeden dozorca prikázal, aby urobil 50 drepov. Otec biskup pre telesnú vyčerpanost' pri cvičení spadal na zem a dozorca s vel'kým krikom ho začal kopat' vojenskými čižmami. Biskup to prijal bez slova, iba svojimi smutnými očami pozeral na rozzúreného dozorcu. V roku 1955 boli premiestnení "nebezpeční väzni" do väznice v Ilave. Tu sa stretli biskupi Gojdič a Hopko s biskupom Vojtašákom. Po Ilave nasledoval opät' Leopoldov. Tam po dvoch mesiacoch pobytu bolo vidno rapídne zhoršenie zdravotného stavu otca biskupa. Preto ho preložili do vazenskej nemocnice. Tam napokon 17. júla 1960 na následky rakoviny a vyčerpania v deň svojich 72. narodenín zomiera. Jeho telesné pozostatky sú po chované v krypte Katedrály sv. Jána Krstitel'a v Prešove.

Biskup Vasiľ' Hopko mal byť pôvodne súdený s Pavlom Gojdičom, no napokon sa tak nestalo. Súd pravdepodobne oddialila kalkulácia s jeho prestupom na pravoslávie. Súdny proces sa konal samostatne pred Štátnym súdom v bratislavskom Justičnom paláci 24. októbra 1951. Bol obvinený z úsilia o rozbitie Sovietského zväzu a tiež zo špionáže pre Vatikán. V odvodnení rozsudku stálo, že sa celý život venoval čiste politike a boju proti komunizmu a že počas 2. svetovej vojny podporoval nacizmus. Tým vraj spáchal zločin velezrady a vyzvedačstva. Súd ho odsúdil na 15 rokov väzení a dostal pokutu 50 000 korún a stratil občianske práva na 20 rokov. Falošní svedkovia, ktorých najala polícia, po rokoch vypovedali, že počas procesu krivo svedčili. Po súde nasledovalo väzenie. Päťkrát bol v Leopoldove, štyrikrát vo Valdiciach a dvakrát v Ilave. Vo väzení ho neustále bili, ponižovali a týrali. On všetko prijal pokorne. S podlomeným zdravým musel žiadať o pomocna nemocničnom vazenskom oddelení. Biskupa Hopka neprepustili z vazeni a v rámci amnestie udelenej prezidentom dňa 9. mája 1962. Pochopil, že proti nemu sa začínajúuplatňovat' najprísnejšie kritéria. Nakoniec ho v roku 1964 z vazeni a prepustili, ale musel žit' vo vyhnanstve v Oseku v severozápadných Čechách. Tam žil pod stálym policajným dozorom. V apríli 1968 sa vracia na Slovensko do Prešova, ale aj tu ho sleduje ŠtB. Po 19 rokoch útlaku 13. júna 1968 česko-slovenská vláda prijala uznesenie o povolení činnosti gréckokatolíckej církvi. Postup obnovy však spomalila okupácia republiky armádami Varšavského paktu 21. augusta. V decembri 1968 sa vracia na post svatiaceho biskupa, no biskupskú rezidenciu nemohol používat', lebo tá ešte stále patrila pravoslávnym až do roku 1990. Jeho zdravotný stav sa vel'mi zhoršoval. Ešte v posledný deň svojho života ráno odslúžil svatú liturgiu. Zomrel pred 15. hodinou v piatok 23. Júla 1976 v 73. roku svojho života. Jeho telesné pozostatky sú takisto po chované v krypte Katedrály sv. Jána Krstitel'a v Prešove.