13. mája 1981 - Turecký atentátnik Ali Agca postrelil na Námestí sv. Petra v Ríme pápeža vážne do brucha a do ruky a Ján Pavol II. sa musel podrobiť dlhej a náročnej operácii a dlhodobejšej hospitalizácii. Po zlepšení stavu a prepustení z nemocnice pápeža opätovne hospitalizovali 20. júna.

5. augusta 1981 - V dôsledku týchto zranení mu museli urobiť kolostómiu (umelé vyústenie hrubého čreva navonok).

15. júla 1992- Odstránenie nezhubného nádoru z hrubého čreva.

11. novembra 1993 - Pápežovi operovali pravé plece po tom, ako si ho vykĺbil (a zlomil ramennú jamku), keď schádzal v Ríme zo schodíkov pápežskej stolice a potkol sa.

29. apríla 1994 - Operácia v dôsledku novej zlomeniny, tentoraz hlavy a krčku stehennej kosti, keď sa pápež pošmykol v kúpeľni.

6. októbra 1996 - Pápeža hospitalizovali na klinike Agostina Gemelliho v Ríme, kde sa 8. októbra podrobil operácii slepého čreva.

12. júna 1999 - Ján Pavol II. utrpel vo Varšave pri páde ľahký úraz hlavy a musel sa podrobiť jednoduchej operácii. Podľa lekárov pápežova rozvíjajúca sa Parkinsonova choroba okrem čoraz väčších problémov pri chôdzi zvyšovala aj riziko náhodných pádov. Pontifex Maximus začal byť na svojich cestách pod neustálym dohľadom lekárov.

2000 - Príznaky Parkinsonovej choroby sa začali naplno prejavovať.

23. septembra 2003 - Kvôli vážnym problémom s črevným traktom pápež takmer podstúpil operáciu. Lekári Svätého Otca zalarmovali rímsku nemocnicu, kde bolo všetko pripravené na stav núdzovej operácie. Nakoniec sa jeho zdravotný stav stabilizoval a operácia a dlhodobejšia hospitalizácia nebola nutná.

1. - 2. februára 2004 - Pápeža Jána Pavla II. hospitalizovali s dýchacími problémami na rímskej klinike Gemelli. Pápež naliehavo potreboval nemocničnú starostlivosť po tom, ako sa jeho zdravotný stav v dôsledku chrípky zhoršil. Chrípku skomplikoval akútny spazmus larynxu (kŕč hrtanu).