Víťazný postup zwinglinizmu vo švajčiarskych kantónoch nezastavila ani náboženská rozprava v Badene roku 1526. Z katolíkov sa na nej zúčastnili Ján Eck, Ján Fábri, kostnický generálny vikár a Tomáš Murner. Z protestantov Haller z Bernu a Őkolampadius z Bazilej. Aj keď sa dišputa skončila v prospech katolíkov, predsa si protestanti podržali svoje pozície v kantónoch a napätie medzi katolíkmi a zwingliánskymi kantónmi ešte viac rástlo. V rokoch 1527-1529 sa obidva tábory začali organizovať a zbrojiť. Protestanské kantóny (Zűrich, Bern, Wallen, Kostnica) uzavreli Kresťanský mestský zväzok, kým katolícke kantóny – v dohode s Rakúskom, Kresťanský zväz na obranu „starovekej a jedinej pravdivej viery“. Situácia bola už veľmi vážna, ale prvým kappelským mierom v roku 1529 sa podarilo zabrániť už-už hroziacej vojne. Mier stanovil rovnoprávnosť katolíckych a zwingliánskych kantónov. Lenže pokoj netrval dlho. Plány Zwingliho boli ďalekosiahle a spájali sa s politickým programom. Predpokladali úplné zničenie katolicizmu vo Švajčiarsku so zabezpečením plnej hegemónie v krajine pre Zűrich, ako aj zorganizovanie koalície proti rakúskym Habsburgovcom. Katolíckym kantónom uzavrel dovoz potravín a chcel ich vyhladovať. Katolíci tak boli prinútení chopiť sa zbrane a bojovať. Dňa 11. októbra 1531 katolické vojská v počte okolo 9 tisíc porazili v bitke pri Kappele vojská protestantov, rátajúc okolo 30 tisíc vojakov. Sám Zwingli padol na bojisku a jeho mŕtvolu rozsekali a spálili. V roku 1531 uzavreli druhý kappelský mier, v dôsledku ktorého:
1.Obidva vyznania, katolícke aj protestantské, dostali plnú náboženskú slobodu.

2.Politické postihy používané doteraz v rade zväzku voči katolíckym kantónom boli zrušené.
3.Farnosti túžiace vrátiť sa ku katolicizmu dostali záruku možnosti takého návratu. Vďaka tomu bolo katolicizmu prinavrátené opátstvo v St. Gallen, kým mesto ostalo pri protestantizme. Zwinglinizmus sa aj tak v niektorých kantónoch ešte ďalej šíril najmä pričinením Henricha Bullingera, Zwingliho nástupcu. Bullinger zložil v roku 1535 vierovyznanie, ktoré spojilo protestantské kantóny. Ešte viac ich spojilo jeho druhé vierovyznanie z roku 1562.
Reštaurácia katolíckej viery vo švajčiarsku nastala vo väčšej mire len po Tridentskom sneme, najmä zásluhou Sv. Karola Boromejského, Petra Kanízia a bazilejského biskupa Krištofa Blarera.