לשיאו ב-1866, כאשר המודרניסטים בנו שני צריחים בסגנון כנסייתי בבית הכנסת החדש של הקהילה היהודית בקושיצה. היהודים האורתודכסים התאחדו בקבוצה שכינתה עצמה "שומרי הדת". גוף זה שלח 48 נציגים לקונגרס היהודי-הונגרי שמושבו התכנס בין 14 בדצמבר 1868 ל-23 בפברואר 1869.
החוקים שקיבל הקונגרס אושרו מיידית ע"י הקיסר פרנץ יוזף הראשון בתוארו כמלך הונגריה, והיו מחייבים עבור כל הקהילות בהונגריה וסלובקיה.
ב-1871 היהודים האורתודכסים הצליחו להשיג מממשלת הונגריה אישור להקים ארגון דתי משלהם, שיהיה בעל הכרה רשמית.
הדבר פיצל את יהודי סלובקיה לשתי קבוצות יריבות, לכל אחת ארגונים בעלי הכרה רשמית משל עצמה: מחד קהילות הקונגרס , או ה"נאולוג", שייצגו יסודות ליברליים, ומאידך קהילות אורתודוכסיות עצמאיות.

בית-הכנסת
הקהילות היהודיות בארצות ההיסטוריות החזיקו בנוסח האשכנזי של המסורת. סידור התפילה שלהם, מנהגיהם וטקסיהם, חפצי הפולחן שלהם, החוקים שהסדירו את התנהגותם ואת מועדיהם, והפסיקות ההלכתיות שלהם – כולם היו חלק ממסורת שנמשכה מאז הקמתן של הקהילות היהודיות הראשונות במערב אירופה ובמרכזה.
זאת למרות העובדה שעד שלהי המאה ה-19, רוב המאמינים כבר לא הבינו את משמעות התפילות, ואף לא יכלו להבין את התכנים העבריים.
ביהכ"נ היה הביטוי העיקרי, ובמקרים רבים אף הביטוי המוחצן היחיד של הדת היהודית בקהילות. עבור מרבית המאמינים, הדרשה, יחד עם התרגום והביאור של פרשת השבוע בצ'כית או בגרמנית, היו המקור היחיד לחינוך דתי בקרב מבוגרים.


סלובקיה 1918-1939

שלא כמו בנסיבות ההיסטוריות בבוהמיה ומורביה, שיחרורה של סלובקיה לא יכולה להיות מוגדרת בכמות זמן כה קטנה כימים ספורים. ה28 לאוקטובר, 1918 היווה תחילתו של עידן חדש לארצות ההיסטוריות;אך בסלובקיה תקופת המעבר הייתה גדושה באי-שקט , התערבות צבאית ומהפכים פוליטיים. אלה נמשכו, אמנם באופן לא סדיר, מסוף אוקטובר 1918 ועד חתימת אמנת המיעוטים .

יש אשר יאמרו כי הצעד הממשי הראשון לקראת הגדרה עצמית סלובקית לאחר מלחמת העולם הראשונה התקיים ב30 לאוקטובר 1918, כאשר מנהיגים סלובקיים התאספו טורצ'יאנסקי סבטי מרטין בכדי להכריז כי הם מתנתקים מהונגריה, וכי סלובקיה תהיה חלק מהרפובליקה הצ'כוסלובקית החדשה. במעמד זה, הקימו גם את הועד הלאומי הסלובקי, כגוף ממשל אדורי זמני.

הממשל הרפובליקני ההונגרי החדש ניסה לשווא לשמר את סלובקיה כחלק אינטגרלי מהמדינה. בסוף מאי הכוחות הבולשביקים של בלה הון חצו את הגבול מהונגריה וכבשו חלק מסלובקיה. לאחר פקודת בעלי הברית נסוגו ההונגרים (30 ליוני), ועד ה24 ליולי 1919 כל איזור סלובקיה היה בידי הצ'כוסלובקים.

מכיוון וחשו סנטימנטים אנטישמיים עשרות שנים, מתפרעים סלובקיים נתנו פורקן לרגשות אלו על ידי ביזה של רכוש יהודי וסיכון חיי יהודים . בקושי הייתה קהילה יהודית בסלובקיה אשר לא נפגעה ממה שלימים יקרא "ביזות נובמבר" .

לאחר תקופה של שלום ושקט יחסיים, יהודים, ביחד עם שאר האזרחים שומרי החוק שאפו לתרום את חלקם לפיתוח המדינה הצעירה. פעילותם של יהודי סלובקיה בעשרים שנות הגיבוש הייתה מרחיקת לכת וניכרה בתחומים רבים. כלומר הורגשה השפעה של תרומת היהודים בכל תחומי החיים.

הם ארגוני כנס יהודי "אד הוק" בפיאשטני ב3 לנובמבר . חברי הכנס, לאחר התקשרות עם קבוצות אחרות, הצטרפו למשלחת היהודית הראשונה מסלובקיה שהשתתפה בקונגרס קק''ל אשר התכנס בפראג בין התאריכים 3-6 לינואר 1919.

התקשרות ראשונה זו בין מנהיגים יהודיים צ'כים וסלובקיים הייתה גורם מניעה בשיתוף הפעולה הפורה והמשמעותי אשר הביא לתוצאות מועילות לכלל יהודי צ'כוסלובקיה.

באותו האירוע הונחה אבן הפינה הרעיונית ליצירת מחוז ציוני בסלובקיה אשר יידמה לאזורים קיימים בבוהמיה ומורביה, ואשר מרכזו ישב בברטיסלבה.
חשוב לציין כי הסעיף הראשון מתוך המסמך בעל חמשת הנקודות שהופק ע"י האיחוד הצהיר בעזות מצח כי הצהרת בלפור , המאמצת בשמחה את משנת "על ארץ ישראל להיות לבית לעם היהודי הגולה." אחד ממעשיה הראשונה של האיחוד הייתה מתן עזרה לפליטי מלחמת העולם הראשונה. ועדה סוציו-אקונומית הוקמה למטרת הסרת עול הסבל של פרטים וקהילות יהודיות אלו ולהציע להם תעסוקה. הסיוע הפיננסי הראשון מהג'וינט.
עם חזרת הצירים מפראג, האיחוד הלאומי של יהודי סלובקיה יוסדה בכנס פיאשטני לפי מודל פראג והכנס היהודי הלאומי בברנו.

עוד נושא מיידי היה בעיית החינוך. שיעורים בשפה הסלובקית אורגנו בעבור כ200 מורים יהודיים בכדי לאפשר להם להמשיך וללמד בבתי הספר לאחר שסלובקית הוכרזה כשפה הרשמית . שבועון יהודי נוסד כקול עיתונאי לכלל יהודי סלובקיה ונהיה לגורם משמעותי במאבקם של חברי המיעוט היהודי להשוואת זכויות.
להקונגרס היהודי הראשון בתקופה שאחרי המלחמה התקיים בקרלובי בארי בין הראשון עד ה14 לספטמבר 1921, ביחד עם העובדה שכה רבים מן המנהיגים הציוניים הגיעו לצ'כוסלובקיה מכלל קצוות תבל השפיעה רבות על התנועה הציונית הצ'כית, ובייחוד בסלובקיה.
בעת ביקורו של הנשיא מסריק בסלובקיה בספטמבר, מנהיגים יהודים שאפו לגייס את עזרתו לשיפור מצב היהודים, במיוחד בכל אשר נגע לבחירות פרלמנטריות. עם הגעתו לברטיסלבה, הנשיא קיבל תזכיר מראש קק"ל המבקש שינוי בחוק הבחירות. הייתה גם כן בעיה של חוק המנוחה ביום א'. מספר רב של חנוונים יהודים ביקשו רשות להשאיר את חנויותיהם פתוחות לכמה שעות ביום א' בכדי לפצות על הפסדים שנגרמו עקב היותם סגורים בשבת.
ב1923 הבחירות המוניציפליות השניות הביאו לתוצאות מרשימות למפלגה היהודית, אשר במקומות רבים שילבה רשימות עם פלגים יהודיים שונים. מתוך ה211 מושבים של הפקידים המחוזיים, איחוד המפלגות היהודיות השיגו 7 מושבים. מחוז קוסיצ'ה אופיין בחוסר התיאום בין הפלגים האורתודוקסים והציוניים, ולכן שתי רשימות נפרדות רצו שם, כתוצאה רק שלוש כיסאות הושגה.
שנתיים אחרי הבחירות המוניציפליות המוצלחות, בנובמבר 1925, נערכו הבחירות הפרלמנטריות, המפלגה היהודית לא הצליחה להיכנס. מפלגת האיכרים הצ'כוסלובקית זכתה בבחירות ודבר זה העניק להם את מצב המובילים אשר הם הצליחו לשמר לעשור. מפלגה זו הצליחה לייצב את הכלכלה במדינה.

בתנאים נוחים אלה, גם חיי התרבות והחברה היהודים החלו לפרוח. ויצ"ו ברטיסלבה הוקם נתמך ע"י רשת של קבוצות מקומיות, ארגון זה לימים הפך לגורם מכריע בחינוך התרבות היהודית ולימוד השפה העברית, ובקשירת קשרים עם פלסטינה א"י.