Medzitým sa ku Kostnici blížil aj iný pútnik. Hus si hroziace nebezpečenstvo uvedomoval. (104) S priateľmi sa rozlúčil tak, akoby sa s nimi už nikdy nemal stretnúť a odchádzal s pocitom, že cesta vedie na hranicu. Aj keď dostal od českého kráľa a cisára Zigmunda záručný list s prísľubom ochrany a bezpečnosti, urobil všetky nutné opatrenia, pretože svoju smrť pokladal za veľmi pravdepodobnú.V liste, ktorý poslal svojim pražským priateľom, napísal: „Moji bratia,... vydal som sa na cestu... medzi mnohých zákerných nepriateľov... Bezvýhradne verím všemohúcemu Bohu, svojmu Spasiteľovi; dúfam, že vypočuje vaše vrúcne modlitby, že moje ústa obdarí svojou obozretnosťou a svojou múdrosťou, aby som im mohol odolať a že mi dá svojho svätého Ducha, aby ma posilnil v jeho pravde, aby som odvážne vedel zniesť pokušenia, väzenie, ba ak treba, aj krutú smrť. Ježiš Kristus trpel za svojich milovaných, a preto sa máme azda diviť, že nám dal svoj príklad, aby sme aj my pre svoju spásu všetko trpezlivo znášali? On je Boh a my sme jeho stvorenie; on je Pán a my (76) sme jeho sluhovia; on je Učiteľ sveta a my sme úbohí smrteľníci. A on predsa trpel! Prečo by sme teda nemali tiež trpieť, keď utrpenie nás vlastne očisťuje? Preto, milovaní, ak ho má moja smrť osláviť, modlite sa, aby prišla rýchlo a aby mi pomohol statočne zniesť všetky pohromy. Ak by však bolo prospešnejšie, aby som sa medzi vás vrátil, prosme Boha, aby som prišiel bez úhony – teda aby som nezamlčal ani písmeno pravdy evanjelia, aby som nechal svojim bratom skvelý a nasledovaniahodný príklad. Pravdepodobne teda moju tvár v Prahe už nikdy neuvidíte, ale ak by ma vôľa všemohúceho Boha chcela vám vrátiť, napredujme teda pevnejšie v poznaní jeho zákona a v láske k nemu“ (Bonnechose, cit. dielo, zv. 1, str. 147,148).

V inom liste istému kňazovi, ktorý sa stal učeníkom evanjelia, Hus píše s hlbokou pokorou o vlastných chybách a vyznáva, že „rád nosieval pekné šaty a že mnoho hodín strávil zbytočne“. (105) Potom pripísal tieto dojímavé rady: „Kiež tvoja myseľ uvažuje o Božej sláve a spáse duší, nie o obročí a majetku. Dbaj o to, aby si sa viac staral o svoju dušu, než o výzdobu svojho domu; no nadovšetko dbaj o vzdelanie ducha. Správaj sa zbožne a pokorne voči chudobným a nemíňaj majetok v hodovaní. Obávam sa, že ak svoj život nenapravíš a nezriekneš sa prebytočných vecí, budeš prísne pokarhaný, tak ako som aj ja; poznáš moje učenie, pretože si od detstva prijímal moje rady, a teda ti už nemusím písať. Zaprisahávam ťa však pre milosrdenstvo nášho Pána, aby si ma nenasledoval v nijakej márnivosti, ktorú si pri mne videl.“ Na obálku listu pripísal: „Prosím ťa, drahý priateľ, neotváraj tento list skôr, než budeš mať istotu, že som mŕtvy“ (Bonnechose, cit. dielo, zv. 1, str. 148,149).

Ján Hus sa všade na svojej ceste presviedčal, ako sa jeho učenie šíri a ako priaznivo ho ľudia prijímajú. Zástupy ľudu sa zbiehali, aby ho mohli vidieť a v niektorých mestách ho ulicami sprevádzali mestskí úradníci.

Hus po príchode do Kostnice bol celkom slobodný. K cisárovmu sprievodnému listu zaručujúcemu jeho bezpečnosť pridal pápež svoj osobný ochranný list. Tieto opätovné slávnostné vyhlásenia boli zrušené a reformátor bol zakrátko na príkaz pápeža a kardinálov zatknutý a uvrhnutý do odporného väzenia. Neskôr ho previezli do hradného žalára na druhom brehu Rýna. Pápež však svojou vierolomnosťou mnoho nezískal; onedlho bol v tom istom žalári sám uväznený (pozri Bonnechose, cit. dielo, zv. 1, str. 247). Pred koncilom sa totiž zodpovedal za to, že sa okrem vraždy, svätokupectva a cudzoložstva dopustil najodpornejších zločinov, „hriechov, ktoré sa (77) nesluší ani menovať“. Keď to vyhlásil sám koncil, pápeža zbavili tiary a uväznili. Koncil zosadil aj vzdoropápežov a zvolil pápeža nového (pozri Dodatok č. 18). (106)

Aj keď pápež spáchal ťažšie zločiny, než z akých Hus kedy kňazstvo obvinil a kvôli ktorým žiadal nápravu, ten istý koncil, ktorý neskôr pápeža zosadil, sa všemožne snažil reformátora navždy umlčať. Husovo uväznenie vyvolalo v Čechách veľké pobúrenie. Vplyvní šľachtici poslali koncilu protest proti takému postupu. Cisár, ktorému sa nepáčilo, že jeho záruky boli porušené, nesúhlasil s opatreniami proti Husovi. Nepriatelia reformátora boli však zaujatí a plní zloby. Dovolávali sa cisárovho záujmu o cirkev, snažili sa podnietiť v ňom predsudky a vzbudiť strach. Predložili mu dlhý zoznam dôvodov ako dôkaz, že „prísahu danú kacírom alebo ostatným podozrivým z kacírstva netreba dodržiavať, aj keď im cisári a králi dali záruky bezpečnosti“ (Jacques Lenfant, History of the Council of Constance, zv. 1, str. 516). Svoje zámery teda presadili.Väznením a chorobou, ktorej vo vlhkom a zatuchnutom žalári takmer podľahol, zoslabnutý Hus bol konečne predvedený pred koncil. Spútaný stál pred cisárom, ktorý sa čestným slovom zaručil, že ho ochráni. Hus počas dlhého výsluchu neochvejne obhajoval pravdu a pred zhromaždenými cirkevnými a štátnymi hodnostármi vyjadril závažný a rozhodný protest proti skazenosti kňazskej vrchnosti. Keď ho vyzvali, aby sa rozhodol, či svoje učenie odvolá, alebo podstúpi smrť, zvolil si údel mučeníka.

Husa podopierala Božia milosť. Počas týždňov pred vynesením konečného rozsudku ho sprevádzal nebeský pokoj. Priateľom napísal: „Tento list vám píšem v žalári v putách a v očakávaní zajtrajšieho výroku o treste smrti nado mnou. Keď sa z milosti Ježiša Krista opäť stretneme v tom nádhernom pokoji budúceho života, dozviete sa, aký milostivý bol Boh ku mne, ako účinne ma podopieral v mojich pokušeniach a skúškach“ (Bonnechose, cit. dielo, zv. 7, str. 67). (107) Hus v temnote žalára predvídal víťazstvo pravej viery. Keď sa v sne vracal do pražskej Betlehemskej kaplnky, kde kázaval evanjelium, zahliadol pápeža a biskupov, ako odstraňujú obrazy Krista, ktoré sám namaľoval na steny kaplnky. „Táto vízia ho zarmucovala, no na druhý deň videl v sne mnohých maliarov, ktorí maľby obnovili, aby tieto obrazy boli ešte krajšie a početnejšie. Keď maliari svoje dielo dokončili, spomedzi davu ľudí zvolali: Nech prídu biskupi a kňazi a nech ich skúsia zničiť!“ O svojom sne Hus napísal: „Pevne verím, že Kristov život, ktorý som v kaplnke maľoval do ľudských sŕdc a ktorý chceli zničiť, znova namaľujú do všetkých (78) sŕdc oveľa lepší kazatelia, než som ja“ (D'Aubigné, cit. dielo, zv. 1, kap. 6).

Potom bol Hus naposledy predvedený pred koncil. Bolo to veľkolepé, honosné zhromaždenie – cisár, ríšske kniežatá, vyslanci kráľov, kardináli, biskupi a veľký zástup tých, ktorí sa prišli pozrieť na to, čo sa v ten deň bude diať. Zo všetkých končín kresťanského sveta sa zišli tí, čo chceli byť svedkami tejto prvej veľkej obete v dlhom zápase, v ktorom šlo o víťazstvo slobody svedomia.Keď Husa vyzvali, aby vyjadril svoje posledné rozhodnutie, vyhlásil, že odmieta odvolať. Svoj prenikavý pohľad uprel na panovníka, ktorý tak hanebne porušil svoje slovo a vyhlásil: „Pred tento koncil som sa rozhodol prísť z vlastnej vôle pod verejnou ochranou a čestným slovom tu prítomného cisára“ (Bonnechose, cit. dielo, zv. 2, str. 84). Zigmund sa začervenal, keď sa naňho upreli pohľady celého zhromaždenia.

Len čo bol rozsudok vynesený, začal sa obrad, ktorým bol Hus zbavený kňazstva. Biskupi obliekli väzňa do kňazského rúcha. Keď ho mal Hus na sebe, vyhlásil: „Nášho Pána Ježiša Krista obliekli do posmešného bieleho rúcha, keď ho dal Herodes odviesť pred Piláta“ (108) (Bonnechose, cit. dielo, zv. 2, str. 86). Pri poslednej výzve, aby odvolal, sa Hus obrátil k ľudu a odvetil: „S akou tvárou by som sa mohol podívať na nebo? Ako by som mohol hľadieť na davy ľudí, ktorým som kázal čisté evanjelium? Nie, ich spásu si cením viac než toto úbohé telo, určené teraz na smrť.“ Kus po kuse z neho vyzliekali kňazský odev, pričom každý biskup vyslovil kliatbu, keď vykonával určený úkon obradu. Nakoniec mu na hlavu dali papierovú napodobeninu biskupskej mitry s nakreslenými diablami a na prednej strane s nápisom Arcikacír. Hus na to povedal: „S najväčšou radosťou ponesiem túto korunu hanby pre teba, Pane Ježišu, ktorý si pre mňa niesol tŕňovú korunu.“ Nad takto vystrojeným odsúdencom preláti vyhlásili: „Teraz tvoju dušu porúčame diablovi.“ Hus pohliadol naňho a povedal: „Ja zase porúčam svojho ducha do tvojich rúk, Pane Ježišu, lebo si ma vykúpil“ (Wylie, cit. dielo, zv. 3, kap. 7).