Preto sa konal Snem v Augsburgu, kde bol kardinál Kajetán a zazneli tu prvý krát slová: „Odvolaj!“ a z Luthera úst: „Nie!“. Z tohto snemu sa mu podarilo tajne odísť, takže Kajetánova „misia“ nebola úspešná. V Januári sa pokúsil Lutherov rozhorený oheň reformácie „uhasiť“ Miltitz (druhý vyslanec pápeža), ktorému sa podarilo uzavrieť s Lutherom dohodu, že bude mlčať. Luther súhlasil, ak budú mlčať aj jeho protivníci. Protivníci nemlčali – Eck vyzval Wittenberskú univerzitu na dišput o slobodnej vôli a milosti. Uskutočnila sa na prelome júna a júla v r. 1519 v Lipsku . Prvé dni diskutoval Eck s Karlstadtom a potom ďalšie dni s Lutherom. Prinútil ho, aby dal svoje jasné stanoviská k Husitom, ku neomylnosti pápeža a o moci cirkvi – tie je možné zhrnúť do 3 bodov: 1) zastáva podobné názory ako Hus; 2) tvrdí, že všeobecný koncil a pápež sa môžu mýliť; 3) tvrdí, že články viery musia vychádzať z Písma a nie byť stanovené cirkvou alebo pápežom. Eck čakal len na túto príležitosť, cítil sa ako víťaz, pretože získal proti Lutherovi jasné dôkazy kacírstva .

Rok 1520 využil Luther na písanie spisov – medzi nimi aj najznámejšie: Kresťanskej šlachte nemeckého národa o náprave kresťanského stavu; O Babylonskom zajatí cirkvi a O slobode kresťana. Prvý - Kresťanskej šlachte nár. nemeckého o náprave kresťanských stavov, bol adresovaný šľachte a kniežatám. Poukazoval tu na skutočnosť, že cirkev sa už nedokáže sama napraviť, nakoľko je veľmi skazená. Preto vyzýva princov a kniežatá (svetské úrady), aby oni prijali zodpovednosť za reformáciu.
Skazenosť cirkvi opísal ako tri hradby, tri múry Jericha: 1) Duchovná moc je nad svetskou – Luther oproti tomu píše o dvoch mečoch – jeden meč má cirkevný pán a ten druhý svetský pán a jeden do druhého by sa nemali miešať. Totiž sila viery je láska a tá nepotrebuje zákon. 2) Len cirkev (pápež, kňazi) môžu neomylne vykladať Písmo. Lutherovo stanovisko je iné - je za sprístupnenie Písma aj laikom, predsa prostredník medzi človekom a Bohom nie je kňaz, ale Ježiš Kristus. Nebol proti kňazom, ale proti neprístupnosti duchovných vecí laikom. 3) Len pápež môže zvolávať všeobecný koncil. Luther bol proti - tvrdil, že aj kniežatá by mali mať moc zvolávať koncily, pretože majú povinnosť na základe úradu, postarať sa o cirkev.

Ďalším dielom bolo O babylosnkom zajatí cirkvi. Kde Babylon znamenal Rím, ktorý „uväznil“ kresťanov v siedmych sviatostiach. Luther opísal každú z nich a vylúčil všetky okrem troch – pokánia, krstu a večere Pánovej. Neskôr však zostali len dve – večera Pánova a krst. Pretože podľa Luthera je sviatosť len vtedy, keď dáva milosť a odpustenie hriechov.

Spis O slobode kresťana bol uzmierovací (na návrh Miltitza), ale bohužiaľ nemal uzmierovací dopad. Pojednáva tu o kresťanskej slobode. Kresťan je slobodným pánom nad všetkými vecami a nikomu nie je poddaný, ale zároveň je ponížený sluha vo všetkom a každému.

Už vyhlásenia na Lipskej dišpute, boli skoro ortieľom smrti. K tomu sa ešte pridali diela, ktoré Luther napísal po tejto dišpute a na svete bola bula Exsurge domine (15. jún 1520), ktorá zakázala Lutherovi kázať, šíriť spisy a prikázala jeho spisy páliť. V domnienke, že bula je falošná (šíril ju Eck) Luther napísal na Eckovu adresu spis Proti ohavnej bule Antikristovej. Bula však bola skutočná a Lutherovi doručená 10.10. 1520, do 60 dní mal odvolať on a jeho nasledovníci svoje učenie. Deň po uplynutí lehoty sa pred wittenberskou fakultou zhromaždili mešťania, študenti, členovia fakulty - spolu s Lutherom a spálili pápežské konštitúcie, knihy scholastickej teológie a pápežskú bulu.

Nato v januári 1521 bola vydaná ďalšia bula, ktorá Luthera exkomunikovala. Osud Luthera bol teraz ponechaný v rukách cisára. Karol V. bol síce verný katolík, ale pretože kniežatá nástojili na vypočutí Luthera, musel kvôli politickej situácii (potreboval spojencov na vojnu proti Turkom) súhlasiť so zvolaním ríšskeho snemu vo Wormsi. Vo Wormsi 13. februára 1521 pápežský vyslanec Aleander, naliehal na okamžitom odsúdení Luthera. Na protest Friedricha, Luthera vypočuli 17. a 18. apríla. V prvý deň mu položili otázku: „Sú tieto knihy tvoje a si ochotný odvolať ich obsah?“ Luther si vyžiadal deň na rozmyslenie a potom prišiel s odpoveďou: „Pokiaľ ma nepresvedčíte cez Písmo alebo zdravým rozumom, nemôžem odvolať. Pretože to nie je ani múdre, ani bezpečné, aby človek konal proti svojmu svedomiu. Tu stojím inak nemôžem, tak mi Boh pomáhaj.“ I keď na konci Wormského snemu, bol vydaný Wormský edikt, vďaka Bohu reformácia sa ním nezastavila ale šírila sa ďalej.

Záverom - vzbura bola Lutherovi cudzia, z poslušnosti k Božiemu slovu chcel reformovať teologické štúdium. Doba, v ktorej Luther žil, už po reformácii túžila. Prof. Johann Geiler z Kaysersbergu (generácia pred Lutherom) žiadal vo svojich kázniach naliehavo reformu cirkvi a kléru. Zdá sa, že Boh vypočul modlitby mnohých a na svoje dielo reformácie použil práve Martina Luthera.