Existencia náboženských rozdielov zvyšuje pravdepodobnosť výskytu a intenzitu konfliktov. Výsledkom je skutočnosť, že čím je v krajine viac náboženstiev, tým viac je konfliktov. Rovnako, ak v prípade etnických konfliktov zohráva úlohu náboženská otázka, zvyšuje sa nebezpečenstvo politickej, ekonomickej, kultúrnej diskriminácie.

Náboženské rozdiely vplývajú na dynamiku konfliktov. V prípade, že sa v etnickom konflikte vyskytujú i náboženské spory, zvyšuje sa pravdepodobnosť nepokojov. Rovnako v prípade krajín, kde otázka náboženstva zohráva významnú úlohu, možno v politickej diskusii očakávať, že náboženské problémy budú artikulované intenzívnejšie ako iné.

Náboženstvo má vplyv na diskrimináciu etnických menšín. Náboženská diskriminácia je pravdepodobnejšia v krajinách, kde náboženstvo zohráva v politickom systéme významnú úlohu. Táto diskriminácia je pravdepodobnejšia v prípade, keď menšiny síce patria do rovnakého kultúrneho spoločenstva ako väčšina, ale nevyznávajú rovnaké náboženstvo.

V prípade autokratických režimov je diskriminácia náboženských menšín pravdepodobnejšia ako v prípade demokracií. Režimy moslimských krajín sú podľa používaných kritérií najviac autokratické. Dôležitou je i skutočnosť, že úloha náboženstva zohráva v tomto regióne oveľa väčšiu rolu než kdekoľvek inde vo svete.

Náboženstvo však nemožno považovať za prekážku riešenia konfliktov. Prekážkou je jeho zneužitie na ideologické, resp. propagandistické účely. Európa a severná Amerika hlásiace sa k židovsko-kresťanským koreňom, na mnohých prípadoch dokázali, že náboženstvo nestojí v ceste humanitným ideám. Takisto islam sa mnohokrát prejavil ako tolerantné vierovyznanie. Pozdravom salaam /mier/ sa dennodenne zdravia milióny moslimov.

Avšak v prípade, že sa náboženské rozdiely stanú dominantným problémom konfliktu, stane sa tento neriešiteľný. Otázkou úlohy islamu v procese vyvolávania konfliktov sa zaoberal i S. Huntington, ktorý presadzoval myšlienku „krvavých hraníc“ islamu a predpovedal, že dynamika konfliktu civilizácií v období po Studenej vojne ešte posilní a zintenzívni tento fenomén. S. Huntington vyzdvihuje tri skutočnosti: konflikty v tomto období budú konfliktami medzi civilizáciami nachádzajúcimi sa v presne vymedzených hraniciach geografických regiónov, obzvlášť bežné a násilné budú konflikty zahrňujúce islamskú civilizáciu a islamská civilizácia sa stane najväčšou hrozbou pre západnú civilizáciu.