1. Západné Uhorsko pripadlo Habsburgovcom
2. Stredná časť krajiny patrila Turkom
3. Z východnej časti sa vytvorilo „Sedmohradské kniežatstvo“, ktoré vyhlásilo Jána Žigmunda, syna Jána Zápoľského za Sedmohradské knieža.
Tieto kniežatá si robili nárok na kráľovský trón a často organizovali povstania proti Habsburgovcom. Územie Zakarpatska tvorilo koridor medzi týmito súperiacimi stranami až do roku 1711, keď Habsburgovci zvíťazili definitívne nad sedmohradskými kniežatami. Osobitnú ťažkosť pre riadny cirkevný život predstavovala skutočnosť, že svetskí feudáli si nárokovali právo zasahovať do cirkevných vecí, schvaľovať biskupov a obmedzovať ich činnosť. Mukačevský kláštor a väčšina územia obývaného príslušníkmi východného obradu patrili pod správu sedmohradských kniežat. Protestanti obsadili mukačevský kláštor, ktorý bol zároveň aj rezidenciou biskupa. Zhabali cirkevné majetky a miešali sa do najvnútornejších vecí cirkevného života. Osud mukačevského biskupa bol tak v rukách mukačevského pána. Keď títo zemepáni prešli na protestantizmus, snažili sa v tomto smere ovplyvňovať aj svojich poddaných. Títo boli však veľmi naviazaní na svoju východnú liturgiu a obrady, a preto pokusy protestantských kazateľov neboli príliš úspešné.
Aj zo strany katolíckej cirkvi boli viaceré pokusy na činnosť medzi týmito veriacimi, ale aj tu bolo podvedomé stotožňovanie katolicizmu s príslušnosťou k latinskému obradu, skôr brzdou skutočnej úspešnosti. Mukačevský kláštor sv. Mikuláša na Černečej Hore pri Mukačeve je počas vojnových zápolení neraz vydrancovaný. Sedmohradské kniežatá sa veľa ráz pomstili mukačevským biskupom za to, že sa postavili na stranu Habsburgovcov. Zničili fundančné listiny a dokumenty o rozličných privilégiach. Tak napr. biskup Bazil II. preto osobne vyhľadal v Prahe cisára Maximiliána a informoval ho o neutešenej situácii. Mukačevskí biskupi postupne prišli o všetky výsady a privilégia a preto, že nenašli ochranu ani u cisára, začínajú hľadať v Ríme. Samotní uhorskí panovníci sa snažili rôznymi obmedzeniami priviesť Ruthénov k únii, teda zjednoteniu s Rímom. Treba mať na zreteli, že toto územie predstavovalo akúsi deliacu čiaru medzi východom a západom, čo sa prejavovalo aj kultúrne, mocensky a nábožensky, pričom proces zjednocovania bol vlastne len oficiálnym potvrdením nikdy neprerušenej orientácie na Rím.
V polovici 16. storočia v Uhorsku začína proces rekatolizácie. Dôležitú úlohu v ňom zohrali ostrihomskí arcibiskupi, vo veľkej miere aj rehoľné a svetské duchovenstvo. Základy katolíckej obnovy v uhorskom kráľovstve položil ostrihomský arcibiskup Mikuláš Oláh (1553- 1568), ďalej v rekatolizačnom diele pokračoval ďalší ostrihomský arcibiskup František Forgách (+1615). Význačnú úlohu v rekatolizácii v ďalšom období zohral arcibiskup Peter Pázmány. Jeho zásluhou sa vrátili mnohé rodiny v Uhorsku späť ku katolíckej cirkvi. Protestanti tak stratili veľkú časť šľachty. Mukačevské panstvo bolo od roku 1588 v rukách protestanských zemepánov, čo malo neblahé následky pre cirkevný život mukačevského biskupstva. Protestanti sa všemožne usilovali dostať pod svoj vplyv aj jednoduchý ľud. Uhorská šľachta čoskoro vybadala zámery protestantov.
Za pomoci rímskokatolíckych misionárov-rehoľníkov pokúsila sa o latinizáciu Zakarpatska. Snahy protestantov i katolíkov boli márne. Za danej situácie sa ukázalo jediné riešenie a to Únia. Zjednocovaciemu procesu veľmi napomohli Drugethovci, najmä syn Juraj Drugeth III., ktorý sa vrátil do katolíckej cirkvi. Od roku 1605 bol pánom humenského panstva. Úprimne si prial zjednotenie na svojom panstve a aj preto si zavolal z Poľska přzemyšlského gréckokatolíckeho biskupa Atanáza Krupeckého (1610-1652), ktorý v septembri roku 1613 naozaj prišiel do Humenného. S ním prišli aj dvaja jezuiti. Tento posledný fakt je tiež veľmi dôležitý pre pochopenie neskoršej nedôvery zo strany niektorých „neprajníkov“ Únie, ktorí si mysleli, že prehlásenie Únie znamená otvorené hlásenie zrieknutia sa starodávnej byzantskej cyrilometodskej tradície a obradu a jej zámenu za latinskú.
Slávnostné verejné prehlásenie zjednotenia sa malo uskutočniť na sviatok Zoslania svätého Ducha roku 1614 na pútnickom mieste Krásny Brod, kde mal byť v ten istý deň posvätený aj nový chrám. Bolo to však prenáhlené rozhodnutie. Hoci duchovenstvo vo veľkej miere bolo na to pripravené, ale prostý ľud nebol pripravený na tento krok a tak niekoľkí neprajníci skutočne pobúrili ľud a celá akcia sa skončila neúspechom. Prvým biskupom mukačevským, ktorý chcel zjednotenie bol Bazil Tarasovič (1634- 1646). Cieľavedome pripravoval úniu s Rímom. Dostal sa však do veľkej nemilosti u svojho zemepána Juraja Rákoczyho, ktorý ako kalvín robil všemožné prekážky proti zjednoteniu. Došlo to až tak ďaleko, že biskupa vzali od oltára počas slúženia svätej liturgie a uväznili ho. S pomocou kráľa Ferdinanda III. sa dostal na slobodu, ale pre ďalšie násilenstva sa najprv vzdal biskupstva a odišiel do mesta Nagykálló.
Začiatkom mája 1642 zložil vo Viedni pred cisárom a apoštolským nunciom katolícke vyznanie viery. Na to dostal možnosť spravovať západnú časť svojej eparchie, kde aj naďalej šíril myšlienku únie medzi veriacimi a duchovenstvom. Avšak Tarasovič, aby sa mohol vrátiť do Mukačeva, bol nútený oficiálne sa zriecť zjednotenia. Jeho presvedčenie pramenilo z nebezpečenstva kalvinizmu medzi nezjednotenými. Vnútorne však zostával naklonený zjednoteniu, čo potvrdil aj doporučením svojho nástupcu v
