Aristotelov vplyv sa neprejavoval len v katolíckom smere. Existovala opozicná škola aristotelikov, ktorá z jeho ucenia vyvodzovala radikálne názory smerujúce k racionalizmu. Najvýznamnejším predstavitelom bol Siger Brabantský. Táto škola sa hlásila k uceniu arabského aristotelika Averroa. Hlavné tézy averroistov sú:
- Boh nepozná nic, okrem seba samého; ludské ciny sa neriadia božskou prozretelnostou
- Svet je vecný; nikdy nebol stvorený prvý clovek
- Duša, ktorá je formou cloveka hynie zároven s ním, boh nemôže dat smrtelnej veci nesmrtelnost
- Ludská vôla pôsobí na základe nutnosti
Zväzok duše a tela pojímali averroisti dualisticky: duša je spojená so svojim telom ako so svojím nástrojom, bez neho nemôže vykonávat svoje funkcie, hynie zároven s telom, je zbavená nesmrtelnosti. Behom XIII-XIV.st. nastal najmä v Anglicku velký hospodársky pokrok. Prebieha proces zrušenia nevolníctva a mestá rýchlo rastú. Prehlbuje sa najmä vplyv arabsko- židovskej vedy a filozofie.
Najväcším z predchodcov novovekej experimentálnej vedy bol Roger Bacon. Poukazoval na feudálny útlak , úpadok duchovenstva, útocil na pápežsky trón. Bacon hlása podriadenost filozofie úlohám viery. Sila Baconovho ucenia spocíva v kritike scholastickej metódy, v zdôraznení významu pokusu a v samostatných vedeckých skúmaniach. Podla Bacona existujú 4 prekážky pre pravdu: poníženost pred neodôvodnenou autoritou, dlhodobý návyk, neodôvodnenost mienenia davu, a aj to, že sa ucenci snažia maskovat svoju nevedomost zdanlivou múdrostou.
Neskorá scholastika
Predstavuje predovšetkým dielo Dunsa Scota, Wiliama Occama a ich žiakov. Duna Scotus uznáva harmóniu viery a vedenia, zároven však medzi ne kladie ostrú hranicu. Náboženské dogmy sú rozumom nedokázatelné. V náuke o bytí vychádza z Aristotela, praprvá látka je uznávaná formou rodovou, druhovou a zvláštnym individualizujúcim princípom. Zaujímal sa aj o problémy logiky: nepravdivý výrok implikuje akýkolvek výrok.
William Occam pokracuje v kritike tomistickej filozofie. Dovršuje úplnú roztržku medzi božským a prirodzeným, medzi vierou a rozumom, teológiou a filozofiou, rozumovo dokázat existenciu boha nie je možné, možno tomu len uverit. Jednotlivé predmety vznikajú a zanikajú, vecná je len ich hmota spolu s formou, nutný princíp celého bytia. Cirkev podla Occama nemá zasahovat do štátnych záležitostí.
Scholastické filozofie sú po stárocia predmetom sústavného štúdia predovšetkým katolíckych filozofov a teológov. Za vrchol nielen scholastiky, ale aj celej stredovekej filozofie považujú historici dielo Tomáša Akvinského, ktorému sa podarilo najadekvátnejšie vyjadrit pozície a záujmy feudálnej cirkvi a spolocnosti. Historici filozofie ocenujú filozofický význam stredovekého sporu o univerzum a zdôraznujú filozofickú hodnotu myslenia napr. Jána Eirugena, Petra Abelarda, Rogera Bacona a Dunsa Scota a i.