Františkov celoživotný cieľ bol jediný: chcel byť stále bližšie ku Kristovi. Mnoho cestoval do Dalmácie, Španielska a Turecka, ale posledné roky života boli preňho obdobím bolesti, slabosti a slepoty. Objavili sa mu na tele stigmaty, čiže tie isté rany, ktoré mal Ježiš pri mučení a ukrižovaní. Nikto o nich nevedel, jeho spolubratia ich na jeho vyziabnutom chudom tele objavili až deň po jeho smrti. Pochovali ho na tajnom mieste, pretože sa obávali, aby jeho telo nenašli zlodeji. Vtedy sa totiž draho platilo za ostatky mŕtvych svätcov, o ktoré prejavovali záujem kostoly. Krypta s Františkovým telom sa našla až v roku 1818 v podzemí nádhernej baziliky, ktorá bola postavená krátko po jeho smrti.
Neuveriteľne rýchlo sa šírila úcta k tomu to svätcovi po celom Taliansku, dodnes je aj jeho hlavným patrónom, ale aj do ostatných krajín Európy, kde zakladali reholy jeho bratia. Veľmi dobre ich ľudia rozpoznali podľa charakteristického odevu hnedej farby –plášťa s kapucňou, ktorý bol opásaný motúzom s troma uzlami symbolizujúcimi tri rádové cnosti – čistotu, chudobu a poslušnosť. Z ďalších naj . patrí ešte Františkovi prvenstvo najčastejšie zobrazujúceho svätca. Má na sebe jednoduchý hnedý odev prepásaný motúzom a ovinutý ružencom, je bosý, nad hlavou má svätožiaru a na rukách stigmaty.
Pretože jeho skutky boli výrazom lásky ku všetkému stvoreniu, v modernej dobe si ho vybrali za patróna ekológovia a sociálni pracovníci, v minulosti predovšetkým chudobní a žobráci.