Keď sa mu už dlho nedarilo presvedčiť ľudí o svojom učení, rozhodol sa použiť násilie. Medina sa nachádzala na významnej obchodnej ceste rodu Qurajšovcov a Mohamed sa rozhodol pre prepadávanie karaván na tejto obchodnej ceste. Potom prešli výboje aj na okolité kmene, a tak tieto boje prerástli do svätej vojny, tzv. džihád. Začiatky vojny neprinášali žiadne významnejšie úspechy. Jednou z najúspešnejších bola bitka pri Badre v marci 624. Porážka Qurajšovcov mala viacej príčin. Po prvé moslimovia boli celkovo mladší, a teda aj zdatnejší než ich nepriatelia. A potom to bola i viera moslimov v záhrobný život, ešte posilnená koránskym prísľubom raja pre každého, kto padne v boji za islam. Ďalší rozkol nastal medzi Židmi a moslimmi, keď sa Židia začali čoraz nepriateľskejšie stavať voči nim. Poukazovali na nedostatky v Koráne a dokazovali, že Mohamed nepozná Starý zákon. Po víťazstve moslimov v rozhodujúcej tzv. „zákopovej“ bitke, dal Mohamed všetkým Židov v Medine povraždiť. V apríli 628 mal Mohamed ďalšie videnie, v ktorom sa dozvedel, že môže podniknúť púť k svätyni Kabe. Síce sa skončila neúspešne, Mohamed onedlho uzavrel s Mekkou prímerie, dokonca uzavrel aj desaťročný mier s Qurajšovcami. No roku 630 mier porušil a zničil modly Kaby. Roku 632 sa Mohamed, akoby hnaný predtuchou, vybral do Mediny. Bola to jeho posledná púť. Traduje sa, že na konci tejto púte na rozlúčku Mohamed zvolal: „Pane! Splnil som dobre svoje poslanie?“ a zástupy odpovedali: „Áno! Dobre si ho splnil!“

Posledné chvíle života
Po návrate do Mediny Mohamed zomrel v náručí svojej obľúbenej manželky Áiše. Nastalo veľké zdesenie. Mnohí nemohli prijať Prorokovu smrť. Niektorí verili, že Mohamed, podobne ako Ježiš, vystúpil na nebo. Nebol pochovaný na cintoríne, ale v jednej izbe Áišinho domu, kde sa dnes nachádza pohrebný pamätník, ktorý e pre moslimov skoro rovnako posvätný ako Kaba. Za chalífa (pokračovateľa Mohameda) bol zvolený Abú Bakr. Ten sa obrátil na veriacich so slovami: „Ak niekto uctieva Mohameda, Mohamed je mŕtvy; no ak niekto uctieva Boha, Mohamed je živý a nezomiera.“

Vývoj po smrti
Mohamed však pred smrťou neurčil svojho nástupcu. Abú Bakr, otec Mohamedovej obľúbenej manželky Áiše bol zvolený ešte predtým, než bol Mohamed pochovaný. No bolo známe, že Mohamed uprednostňuje Alího, manžela svojej dcéry Fatimy, ktorá mu ako jediná stihla priniesť na svet vnukov. Alí však v záujme zachovania ummy súhlasili s voľbou Abú Bakra. Ten zomrel o dva roky.