V dôsledku toho v roku 1931 Posvätné ofícium pozbavilo pátra Pia všetkých kňazkých funkcií s výnimkou možnosti slúžiť svätú omšu v domácej kaplnke bez účasti kohokoľvek. Teraz mal veľa času na modlitbu a čítanie. Takto sa pripravoval na veľké úlohy, ktoré pred ním stáli. Celý čas, kým trvali tieto reštrikcie, za pátrom Piom chodili lekári i vyšši cirkevní a štátni úradníci. Títo návštevníci zakaždým konštatovali neodôvodnenosť námietok, ktoré boli voči nemu vyslovené. Páter Pio všetkým očarúval svojou prostotou, vnútorným pokojom, dobrotou, zbožnosťou a úplnou odovzdanosťou do Božej vôle. Zhodovali sa v názore, že "páter Pio je človek, ktorého Boh zvláštnym spôsobom vyvolil a obdaril". V tejto napätej atmosfére ,ktorá trvala celé roky, najpokojnejší zo všetkých bol samotný páter Pio, vždy pripravený podriadiť sa každému príkazu cirkevnej vrchnosti. Po precíznom prekúmaní celej záležitosti boli reštrikcie odvolané dňa 15. júla 1933. Páter Pio zas začal slúžiť sväté omše v kostole za účasti veriacich a spovedať v spovednici, ktorá sa mu stala akoby druhým domovom. Svätosť života pátra Pia, jeho pokora a mimoriadne charizmy spôsobili, že mnohí ľudia sa naňho obracali s prosbou o modlitbu, radu, usmernenie a duchovné vedenie. V roku 1940 páter pio inicioval výstavbu nemocnice, ktorá by bola miestom úľavy pre trpiacich. Sám veľmi trpel, preto väčšmi vnímal utrpenie druhých. Keď postavili malú nemocnicu, skrsla v nich myšlienka rozšíriť ju, aby v nej väčší počet trpiacich mohol nájsť úľavu a odbornú lekársku starostlivosť. A tak v roku 1956 bola otvorená moderná nemocnica na svetovej úrovni. Páter Pio ju nazval Domovom na úľavu v utrpení. Keď pápež Pius XII. vystúpil z výzvou na modlitbu a modliacich sa ľudí nazval evanjeliovým kvasom kresťanského života a tajomnstvom sily, ktorá odporuje zlu a zápasí o dobro, páter Pio povedal, že výzva pápeža nemôže ostať bez ozveny. Začal povzbudzovať veriacich k modlitbám a sám tieto modlitby viedol. Takto v roku 1950 v San Giovanni Rottondo vznikli modlitbové skupiny na princípe úplnej dobrovoľnosti. Raz mesačne sa tieto skupiny schádzali modliť sa pod vedením kňaza. Od samého začiatku sa kládol dôraz na prítomnosť kňaza a na tesné spojenie modlitbových skupín s cirkevnou hierarchiou. Úlohou modlitbových skupín podľa pátra Pia je: elevare, sentire, adorare a vivere. Elevare znamená prednášať Bohu motlidby s prosbou o milosrdenstvo pre svet a pre jednotlivých ľudí. Sentire - prežívať tajomnú Kristovu lásku, a to zvlášť dobrou účasťou na svätej omši. Adorare - zvelebovať Krista v oltárnej sviatosti, najväčšom tajomstve viery. Vivere: žiť v Božej milosti, vo vedomí Božieho detinstva.