Na základných zásadách sú vybudované všetky inštitúty, štádia trestného konania. Vyplývajú z Ústavy Slovenskej republiky, zo zákona č. 335/1991 Zb. o súdoch a sudcoch v znení neskorších predpisov a z Trestného poriadku.

Týmito zásadami sú:

A/ Zásada stíhania len zo zákonných dôvodov
Spočíva v tom, že nikto nemôže byť stíhaný ako obvinený ináč ako zo zákonných dôvodov a spôsobom, ktorý ustanovuje Trestný poriadok. Stíhanie inými orgánmi ako orgánmi trestného konania je právne neúčinné a protiústavné. Aktéri takéhoto stíhania sa vystavujú trestnej zodpovednosti. Na overenie dodržiavania zákonnosti slúžia systémy vzájomných kontrol. Prokurátor vykonáva dozor nad prípravným konaním, súd preveruje tiež zákonnosť prípravného konania a podania obžaloby, prokurátor, ale tiež ďalšie oprávnené osoby majú právo podať proti rozhodnutiu súdu opravné prostriedky, o ktorých rozhoduje nadriadený súd, prípadne Najvyšší súd Slovenskej republiky. B/ Zásada prezumpcie neviny
Dokiaľ právoplatným odsudzujúcim rozsudkom nie je vyslovená vina, nemožno na toho, proti komu sa vedie trestné stíhanie, hľadieť ako by bol vinný. Nedokázaná vina má ten istý význam ako dokázaná nevina. Ak vzniknú pochybnosti o priebehu skutku, ktoré nemožno odstrániť ďalším dokazovaním, musí súd rozhodnúť v prospech obžalovaného. Z tejto zásady vyplýva, že je povinnosťou orgánov činných v trestnom konaní a nie obžalovaného, preukázať vinu.

C/ Zásada legality
Prokurátor je povinný stíhať všetky trestné činy, o ktorých sa dozvedel. Výnimky sú prípustné len podľa zákona alebo podľa vyhlásenej medzinárodnej zmluvy. Z trestného stíhania sú vyňaté osoby, ktoré používajú výsady a imunitu podľa zákona alebo medzinárodnej zmluvy /napr. diplomatickí zástupcovia, členovia niektorých medzinárodných komisií, poslanci NR SR, pokiaľ nie sú pozbavení imunity/ a tie osoby, ktorých trestné stíhanie je neprípustné alebo voči ktorým je trestné stíhanie neúčelné, pretože sú stíhané pre iný závažnejší trestný čin.

D/ Zásada oficiality
Ak Trestný poriadok neustanovuje niečo iné, postupujú orgány činné v trestnom konaní z úradnej povinnosti. Musia trestné veci prejednávať čo najrýchlejšie a dôsledne zachovávať občianske práva zaručené ústavou. Na obsah petícií zasahujúcich do plnenia týchto povinností orgány činné v trestnom konaní neprihliadajú. Táto zásada je prelomená novozavedeným inštitútom súhlasu poškodeného.