A preto sa dohoda odznova sformulovala na dve samostatné dohody s ČR a SR, ktoré boli podpísané 4.10.1993.
V júny 1995 podalo Slovensko, na zasadnutí Európskej rady, oficiálne prihlášku na členstvo v EU.
Ale na začiatku novembra 1995 SR dostala od EU varovanie, ktoré hovorilo o nepriaznivom vývoji v SR.
V parlamentných voľbách, ktoré sa konali v roku 1998, zvíťazila koalícia SDK-SDĽ-SMK-SOP. Hneď potom sa 6.11.1998 predseda novej vlády Mikuláš Dzurinda stretol s predsedom Európskej komisie Jasquesom Santerom aby s ním rokoval o prioritách slovenskej zahraničnej politiky.
Hodnotiaca správa ktorú v roku 1999 vydala Európska komisia, bola na rozdiel od prvej správy pre Slovensko priaznivá. Pretože v nej doporučovala začať prístupové rokovania so Slovenskom


Výhody vstupu Slovenska do EU:

Voľným pohybom služieb a kapitálu budú vznikať pre podnikateľov ďalšie nové podnikateľské príležitosti.
Odstránenie prekážok medzi EU a SR bude mať za následok rast vzájomného obchodu.
Zavedením spoločného colného územia odpadnú náklady na colné, pasové kontroly a tiež aj na ochranu hraníc.
Rozvoj spolupráce s výrobcami EU pri prenikaní na trhy nečlenských krajín bude spojený s ďalším zvyšovaním exportných
možností.
Následkom rozvoja podnikateľskej činnosti bude na Slovensko vstupovať zahraničný kapitál, za lepších podmienok.
Zahraničný kapitál bude kladne vplývať na zamestnanosť.
Umožnením voľného pohybu osôb a pracovných síl sa jednoznačne zrýchli cestovanie a tiež sa rozšíria pracovné možnosti.
Vstupom SR do menovej únie, bude možné využívať rôzne ekonomické a komerčné výhody, spojené so zavedením spoločnej meny EURO.
Upevňovanie trhovej ekonomiky.
Dôveryhodnosť Slovenska sa vo svete posilní.
Upevnenie demokratického systému.
Zvýšeniu bezpečnosti.
Zvýšenie vzdelanosti, a tým pádom lepšie uplatnenie sa na trhu práce.
Zvyšovanie životnej úrovne.
Zachovanie sa identity každého národa a čerpanie z kultúrneho, historického a spoločenského dedičstva členských štátov.
Zvyšovanie konkurencie v ekonomike bude mať za následok rozsiahlejšiu ponuku, lepšiu kvalitou, lepšími cenami.
Voľný pohyb tovaru bude spojený s celospoločenskými úsporami.


Nevýhody vstupu Slovenska do EU:

Odliv kvalifikovanej pracovnej sily.
Výrobky musia spĺňať technické normy EU, a preto ich SR bude musieť prevziať a uplatňovať ich. Konkurenčný tlak môže ohroziť existenciu malých podnikateľov.
Jazykové bariéry.
Vysoké náklady na reštrukturalizáciu slovenskej ekonomiky, spojené zo začlenením SR do EU.
Príspevky do štrukturálnych fondov EU sa môžu prejavovať ako záťaž pre slovenskú ekonomiku, aj keď z dlhodobejšieho hľadiska čerpanie z týchto fondov prevýši naše náklady.
Strata colných výnosov.
Kompetencie ako sú napr. colná a obchodná politika, poľnohospodárska politika, technické a ekologické normy sa prenesú na inštitúcie EU.