V oblasti spoločnej bezpečnostnej a obrannej politiky zavádza Ústavná zmluva EÚ prijímanie rozhodnutí Radou jednomyseľne na návrh ministra zahraničných vecí Únie alebo členského štátu. Takisto môže Rada zveriť uskutočnenie danej misie skupine členov, ktoré sú ochotné a schopné danú úlohu uskutočniť. Tieto krajiny sa dohodnú na spôsobe uskutočnenia danej misie, pričom povinne informujú Radu o všetkých uskutočnených krokoch.

Novým prvkom je taktiež inštitút štruktúrovanej spolupráce, ktorá je založená na princípe podľa ktorého, členské štáty spĺňajúce vyššie kritériá vojenskej spôsobilosti mohli prijať silnejšie záväzky v oblasti spoločnej bezpečnostnej a obrannej politiky a mohli tak plniť aj náročnejšie misie. Rozhodnutie o štruktúrovanej spolupráci prijíma Rada kvalifikovanou väčšinou po konzultácii s ministrom zahraničných vecí EÚ. Ústavná zmluva neurčuje aký je minimálny počet členov potrebných na vytvorenie štruktúrovanej spolupráce.

Na základe schválenej Ústavnej zmluvy EÚ dochádza k významným zmenám v inštitucionálnej podobe zabezpečenia zahraničných vzťahov. V oblasti zahraničných vecí bude zastávať významnú úlohu minister zahraničných vecí, ktorý bude menovaný Európskou radou, rozhodujúcou kvalifikovanou väčšinou, so súhlasom predsedu Európskej komisie a bude zároveň podpredsedom Európskej komisie. Minister bude predsedať Rade ministrov zahraničných vecí. Zmluva tiež predpokladá vytvorenie Európskeho útvaru pre vonkajšiu činnosť (vonkajšej zahraničnej služby EÚ), tvorenej úradníkmi relevantných odborov Generálneho sekretariátu Rady a Európskej komisie, ktorým budú pomáhať národné diplomatické služby členských krajín.

Ďalej dochádza ku vzniku Európskej agentúry pre oblasť vyzbrojovania, výskumu a rozvoja vojenských spôsobilostí. Jej úlohou bude podporovať spoločný výskum v oblasti obranných technológií, napomáhanie posilňovania priemyselnej a technologickej základne obranného sektora a zvyšovanie efektívnosti vojenských výdavkov.

Ústavná zmluva obsahuje záväzok, podľa ktorého ak sa niektorá z členských krajín stane obeťou ozbrojeného útoku, ostatné budú povinné tejto krajine poskytnúť pomoc a asistenciu všetkými prostriedkami v súlade s čl. 51 Charty OSN (v súlade s právom štátov na individuálnu a kolektívnu obranu). Taktiež však ústava obsahuje aj článok podľa ktorého záväzky a spolupráca v tejto oblasti zostávajú v súlade so záväzkami v rámci NATO, ktoré zostáva základom kolektívnej obrany členských štátov EÚ.