Po zvážení rôznych možností sa Kennedy rozhodol pre blokádu, ktorá kvôli medzinárodnému právu dostala provokatívne označenie `karanténa`, mala sovietskym lodiam zabrániť v doprave ďalších rakiet na Kubu, a verejne žiadal, aby Sovieti zbrane odstránili. Kým Washington čakal na Chruščovovu odpoveď, ubiehali dni mučivého napätia. Nakoniec, 25. októbra poslal Chruščov utáraný emotívny list, v ktorom navrhoval, že sovietske rakety stiahnu, ak sa Spojené štáty zaviažu, že nenapadnú Kubu. Nasledujúci deň, keď prišiel z Moskvy ráznejší list, v ktorom Chruščov požadoval stiahnutie rakiet Jupiter z Turecka. Ďalšia správa zmenila tento deň na `čiernu sobotu`. Hovorila, že nad Kubou zostrelili lietadlo U-2 a Washington chybne predpokladal, že príkaz vyšiel z Moskvy.

Celý svet sa nasledujúce dni bál najhoršieho. A keď dni ubiehali bez náznaku akejkoľvek dohody, moskovské vedenie nadobudlo dojem, že nebezpečenstvo amerického útoku na Kubu je predo dvermi. Značný rozruch však spôsobila aj prítomnosť rakiet Frog na Kube, ktoré, na rozdiel od SS-4, mohli byť odpálené na príkaz miestneho sovietskeho veliteľa. Keby sa rakety Frog použili proti silám Spojených štátov, Washington by bol vystavený intenzívnemu tlaku podniknúť mohutný jadrový protiúder. Neskôr dostali sovietski vojaci na Kube príkaz, ktorý dovoľoval použiť konvenčné zbrane, ale zakazoval za akýchkoľvek okolností použiť jadrové zbrane. Chruščovovi jeho hazardný ťah nevyšiel. Dúfal, že jadrovým ohrozením Spojených štátov zvýši prestíž ZSSR ako superveľmoci. Namiesto toho museli sovietske raketové jednotky znášať poníženie odchodu z Kuby pod dozorom amerických vojakov. Kennedy chcel zastarané rakety Jupiter, ktorých sa Chruščov tak obával, odviezť z Turecka už pred kubánskou raketovou krízou. Dôležitejšie pre Kennedyho bolo, aby nestratil tvár stiahnutím rakiet `pod nátlakom`.Preto sa jeho záväzok držal v tajnosti.

Kennedyho stúpenci tlieskali jeho odvahe, kritici ho napádali za to, že riskoval jadrovú katastrofu v situácii, kde by bolo vhodnejšie pokojné diplomatické rokovanie. Pri spätnom pohľade však kubánska raketová kríza znamenala obrat v americko-sovietskych vzťahoch, pretože obidve strany si uvedomili potrebu uvoľnenia napätia, ktoré by mohlo viesť k priamemu vojenskému konfliktu. V nasledujúcom roku podpísali Spojené štáty, Sovietsky zväz a Veľká Británia ( Francúzsko a Čína ju podpísať odmietli) historickú zmluvu o čiastočnom zákaze jadrových skúšok, ktorá nedovoľovala vykonávať testy jadrových zbraní v atmosfére.