V úvode treba hneď poznamenať, že Scotus považoval za prvú, hlavnú a nezávislú disciplínu metafyziku. Metafyziku považoval za vedu, ale nie v terajšom slova zmysle. Za vedu považoval kvalitu rozumovej činnosti, ktorá umožňovala veci poznávať. V takomto zmysle teda považoval vedu jednoducho za súbor výrokov alebo nakoniec iba jeden jednoduchý výrok, ktorý odhaľoval esenciu tej ktorej veci. Ak teda odhalíme, čo ktorá tá vec je, odhalíme jej esenciu, teda akoby jej čosť. Náš rozum má teda podľa Scota schopnosť prenikať k esenciám vecí, ale v súčasnom stave je naše poznanie závislé na zmyslovom poznaní, ktoré je nedokonalé a obmedzené. Táto závislosť, je podľa Scota nie prirodzená, ale je dôsledkom dedičného hriechu.

Metafyziku považuje za najdôležitejšiu vedu preto, lebo jej predmetom je súcno ako súcno, a súcno je potom predmetom všetkých ostatných vied. Metafyziku z časti povyšuje i nad teológiu, a to najmä z toho dôvodu, že iba metafyzika je schopná podať adekvátny dôkaz existencie Boha, nezávislý na zjavení a viere a nedokonalým spôsobom dokonca stanoviť, čo Boh je. Teológiu delí na dokonalú a nedokonalú, ktorá je nám vlastná. Nedokonalá teológia nepostihuje Božiu esenciu náležite a priamo, je odvodená zo stvorených vecí.

Metafzyika nadto ešte poukazuje, že sme schopní prekročiť prah zmyslovosti, a to na základe transcendentálnosti našich pojmov, ktorú prvorado dokazuje.

Ďalšia vec, ktorú si treba ujasniť, je, že Dunsa Scota možno považovať za umierneného realistu. Znamená to asi to, že veril , že veciach reálne existujú okrem iného akési metafyzické zložky, konkrétne natura communis, teda spoločná prirodzenosť a haecceita, teda individuálna diferencia (totosť), ktoré sa potom podieľajú na výstavbe a význame všeobecných pojmov tak, že abstrakciou zbavíme obsah pojmu toho, čo mu prináša jeho koexistencia s haecceitou, ktorá tvorí individuálnu prirodzenosť jednotlivých vecí. Platón a Sokrates patria pod pojem človeka, teda natura communis je tu zreteľná. Haecceitu naše zmysly vo veciach nepostihujú, pretože tá vo veciach splýva so spoločnou prirodzenosťou a ukazuje sa až vo všeobecných pojmoch.

Vráťme sa ale k pojmu súcna. Súcno na rozdiel Akvinského nevníma Scotus ako všetko, čo je, ale skôr ako všetko, čomu byť neodporuje.

„Jednou z najcharakteristickejších Jánových náuk je téza, že súcno nie je pojem analogický, ako mnohí tvrdili, ale jednoznačný(/1/,76). Je jednoduché predstaviť si príklady jednoznačných a mnohoznačných mien(napr. človek, resp. matica a pod.) Scotus je však presvedčený, že aj keď mená mnohoznačné môžu byť, ich významy, teda pojmy, musia byť stále jednoznačné. Významy konkrétnych mien sa meniť nemôžu. Zvláštnym prípadom mnohoznačných mien sú mená analogické (ide o spriaznenosť významov s centrálnym pojmom, napr. zdravý človek, zdravý vzduch) pri ktorých máme väčšiu tendenciu myslieť si, že ich pojem je rovnaký, resp. dvojznačný. Podľa Scota však ide stále o rozdielne pojmy.

„Pojem nekonečného súcna (resp. Boha) nemáme podľa neho (Scota) vopred, tak ,že by sme ho mohli dodatočne zrovnávať s pojmom súcna získaným abstrakciou zo stvorených vecí a vytvárať si na základe toho nejaký pojem analogický, ale naopak: najprv si vytvoríme pojmy o veciach dostupných zmyslom, na základe ktorých si vytvárame transcendentálny pojem súcna a tak až ďalším vymedzením tohto pojmu (pridaním modu nekonečnosti) získavame zložený... pojem súcna nekonečného“.

Scotus tvrdí, že náš rozum je závislý na našich zmysloch, a teda poznávať môžeme len z toho, čo je naším zmyslom prístupné. Náš rozum (odvoláva sa na Aristotela) je obmedzený a jeho kapacita nie je schopná postihnúť prirodzenou cestou esenciu nekonečného súcna, resp. Boha. „ Tak ako sa má sovie oko k slnečnému svetlu, tak sa má náš rozum k tým veciam, ktoré sú svojou prirodzenosťou najzrejmejšie“(/1/,218).