Geprägt von dieser Notwendigkeit endete das Jahr anlässlich des Europäischen Rates von Nizza mit der Einigung auf einen künftigen Vertrag, dem Ergebnis zehnmonatiger intensiver Verhandlungen zu den vier Themen der Regierungskonferenz, die zur Realisierung dieser Reform eingesetzt wurde: Größe und Zusammensetzung der Kommission; Stimmengewichtung im Rat; Einstimmigkeit statt qualifizierter Mehrheit in den Entscheidungsverfahren; verstärkte Zusammenarbeit.
Die Staats- und Regierungschefs haben sich bemüht, diejenigen Fragen, die nach Abschluss des Vertrags von Amsterdam im Jahr 1997 offen geblieben waren, dauerhaften Lösungen zuzuführen. Was die Kommission betrifft, haben sie beschlossen, ein Kommissionsmitglied je Mitgliedstaat beizubehalten, bis der 27. Staat der Union beitritt, während der Kommissionspräsident, der künftig vom Europäischen Rat mit qualifizierter Mehrheit ernannt wird, verstärkte Befugnisse erhalten wird. Als Folge davon wurde in der Frage der Stimmengewichtung im Rat ein komplizierter Kompromiss erzielt. Obgleich die Beschlussfassung mit qualifizierter Mehrheit im Rat auf 30 neue Bereiche ausgedehnt wurde, unterliegen jedoch einige wichtige Bereiche (Steuern, soziale Sicherheit, Umwelt) weiterhin der Einstimmigkeitsregel, während die Anwendung des Grundsatzes der qualifizierten Mehrheit in anderen Punkten (Asyl und Einwanderung, Kohäsion) aufgeschoben wurde. Der neue Vertrag wird außerdem dem Mechanismus der verstärkten Zusammenarbeit einen kräftigeren Impuls verleihen, so dass eine recht große Gruppe von Mitgliedstaaten unter bestimmten Voraussetzungen ihr gemeinsames Vorgehen im Bereich der eigentlichen Gemeinschaftsmaßnahmen und in der Außen- und Sicherheitspolitik intensivieren kann. Für das Parlament wurde ein Statut der politischen Parteien vorgesehen; die Abgeordnetenzahl wird auf 732 begrenzt. Die Rolle des Parlaments wurde in einigen Bereichen verstärkt; es kann insbesondere den Gerichtshof unter den gleichen Bedingungen wie die anderen Organe auffordern, die Befolgung des Gemeinschaftsrechts zu überwachen. Der neue Vertrag wird darüber hinaus eine Reform des Rechtsprechungssystems bewirken, vor allem um dem Gerichtshof und dem Gericht erster Instanz mit Blick auf eine erweiterte Union ein reibungsloses Funktionieren zu ermöglichen.
Auf der Tagung des Europäischen Rates in Nizza wurde dem europäischen Haus ein weiterer Baustein hinzugefügt: mit der feierlichen Proklamation der Charta der Grundrechte der Europäischen Union durch die Präsidenten der drei Gemeinschaftsorgane. Ausgehend in erster Linie von Texten wie der Europäischen Menschenrechtskonvention und den den Mitgliedstaaten gemeinsamen Verfassungstraditionen werden in diesem Dokument Rechte und Grundsätze verankert, die die Organe der Union und die Mitgliedstaaten bei der Anwendung des Gemeinschaftsrechts beachten müssen, selbst wenn die Charta noch nicht in die Grundverträge aufgenommen wurde. Der Vertrag von Nizza sieht seinerseits ein neues "Frühwarnsystem" vor, das es ermöglicht, schwere und anhaltende Grundrechtsverletzungen durch die Mitgliedstaaten zu verhüten, anstatt sie zu sanktionieren.