V 14. a 15. storočí sa na uhorskom tróne vystriedali viaceré dynastie – Anjouovci, Luxemburgovci, Hynyadyovci, Habsburgovci, Jagelovci. Z panovníkov je najznámejším Matej Korvín, ktorý sa usiloval modernizovať Uhorsko prostredníctvom absolutizmu a podporou humanizmu. Vďaka nemu vznikla roku 1467 v Bratislave univerzita – Academia Istropolitana. Hoci pôsobila iba dvadsať rokov, predznamenala vzostup Bratislavy v nasledujúcich storočiach.

V 14. storočí žilo na území Slovenska asi pol milióna ľudí, v 17. storočí už asi milión. V tomto časovom úseku sa odohrali aj dôležité etnické a sociálne zmeny. Riedko obývané horské oblasti osídľovali valasi (pastieri) – Rumuni, Rusíni, Poliaci. Z juhu Uhorska utekali pred Turkami na Slovensko Maďari, najmä šľachta. Preto na ňom žila ešte na začiatku 18. storočia väčšia polovica uhorskej šľachty. V jeho západných častiach sa usadili Chorváti, nemeckí novokrstenci – habáni (vynikajúci keramikári), rozptýlene tu žili Židia i českí protestantskí exulanti. Po krajine kočovali nepočetní Cigáni – Rómovia. Zároveň sa výrazne posilňovala slovenská národnosť. Popri latinčine sa začal používať aj domáci jazyk – čeština v slovakizovanej podobe. V mestách sa hlásili Slováci o rovnoprávne postavenie s Nemcami (v Žiline už roku 1381) a mnohé z nich sa úplne alebo výrazne poslovenčili. Prirodzená asimilácia (slovakizácia) zasahovala spomínané etniká aj na vidieku.

Na začiatku 16. storočia začalo Uhorsko značne zaostávať za západnou Európou. Feudalizmus sa v ňom upevnil, mestá začali stagnovať. Nový právny poriadok Opus Tripartitum rozšíril výsady šľachty a odňal osobnú slobodu poddaným roľníkom. Tí boli pripútaní k pôde "na večné časy", nesmeli sa sťahovať, narástli ich povinnosti. Preto sa o období 16. až 18. storočia hovorí ako o tzv. druhom nevoľníctve. Po porážke Uhrov pri Moháči (1526) sa v Podunajsku stala novým mocenským faktorom Osmanská ríša. Pripojila si južné a centrálne oblasti Uhorska, Sedmohradsko bolo jej vazalským kniežactvom. Kráľovské Uhorsko sa zúžilo na Slovensko a pás územia pri rakúskych hraniciach. Práve tieto územia a ich obyvateľstvo znášalo hlavnú ťarchu protitureckého boja. Hlavným mestom Uhorska sa stala na 260 rokov Bratislava, sídlili v nej centrálne úrady, snem, konali sa korunovácie kráľov. Uhorský primas sa z Ostrihomu presťahoval na tri storočia do Trnavy. Na uhorský a český trón zasadli rakúski Habsburgovci, ktorí začali integrovať strednú Európu do podoby veľkej multietnickej ríše. Na južnom Slovensku, hranici "kresťanského a moslimského sveta", budovali proti ďalšiemu prenikaniu Turkov obrannú líniu – asi 70 hradov a moderných pevností (Komárno). Zdržiavali sa tu žoldnieri z celej Európy.

Centralistická politika a absolutizmus Habsburgovcov vyvolávali u uhorskej šľachty odpor. Pomery ešte komplikovali náboženské spory. V 16. storočí sa medzi Slovákmi a Nemcami rozšírila reformácia luteránskeho smeru (medzi Maďarmi kalvinizmus). Pridala sa k nej veľká väčšina obyvateľov, vrátane aristokracie a kráľovských miest. Na začiatku 17. storočia sa vďaka palatínovi J. Thurzovi konštituovala evanjelická cirkev. Náboženský dualizmus nevyvolával spočiatku veľké spory. Keď však začali Habsburgovci a katolícka cirkev presadzovať rekatolizáciu a centralizmus, Uhorsko sa v 17. storočí zmenilo na arénu náboženských bojov. Uhorská a sedmohradská šľachtická aristokracia reagovala, aj za podpory Turkov, radikálnymi ozbrojenými vystúpeniami. Slovenskom sa prehnalo z východu na západ šesť protihabsburských povstaní. Šľachtickí povstalci požadovali zachovať svoje privilégiá (nezdaniteľnosť, právo voliť uhorského kráľa, zvolávanie snemov), nezávislosť Uhorska, náboženské slobody. Často však vystavovali katolíkov podobnému prenasledovaniu ako rekatolizácia protestantov.

Náboženské súperenie však nepriamo pomohlo úrovni vzdelania. Centrom rekatolizácie v Uhorsku a vzorovým barokovým mestom sa stala Trnava, kde vznikla roku 1635 jezuitská univerzita. Podobná univerzita pôsobila aj v Košiciach. Budovali sa tiež katolícke a evanjelické gymnáziá (lýceá) i mestské školy. Kvalitou vynikalo najmä evanjelické kolégium v Prešove. Rozšírilo sa aj používanie domáceho jazyka vo vyučovaní, v úradovaní na panstvách, v cechoch, literárnej tvorbe. Medzi vzdelancami stúpal záujem o poznanie minulosti Slovákov, začala sa pestovať veľkomoravská tradícia. Popri latinčine, nemčine, maďarčine používala časť aristokracie a stredná šľachta aj slovenčinu.