Civilný rozpočet zahŕňa prevádzkové náklady medzinárodného sekretariátu sídla NATO v Bruseli. Ďalej sú z neho financované schválené civilné programy a aktivity, výdavky na výstavbu, chod a údržbu zariadení, vrátane osobných výdavkov spojených s organizáciou konferencií, pracovných rokovaní výborov NATO a zabezpečovacích skupín, bezpečnostných služieb a iné. Administratívny odbor medzinárodného sekretariátu NATO pripravuje rozpočtové pravidlá na jar každého kalendárneho roka. Na ich základe všetky organizačné jednotky medzinárodného sekretariátu NATO (sekcie a samostatné odbory) spracujú požiadavky na financovanie svojej činnosti a postúpia ich administratívnemu odboru NATO. Civilný rozpočet NATO pozostáva z deväťnástich kapitol, štyroch príloh a penzijného rozpočtu. Týka sa financovania položiek od osobných nákladov, investícií až po nákup materiálu. V súčasnosti sa však táto rozpočtová skladba prehodnocuje, pretože neposkytuje dostatočne jasný obraz o reálnom financovaní. Pripravovaná zmena by mala platiť od rozpočtového roku 2002. CBC pripravuje rozpočet približne do septembra bežného roka a návrh rozpočtu zasiela do hlavných miest členských krajín. Po spracovaní stanovísk členských krajín pokračuje od septembra proces posudzovania rozpočtu (Budgetary Screening) sériou rokovaní v rámci CBC, ktoré sa vedú spravidla od prvého týždňa septembra v dvojtýždňových intervaloch. Iba v prípade problémov sa intenzita zasadnutí proporcionálne zvyšuje. Na pracovných rokovaniach o rozpočte sa zúčastňujú všetky členské krajiny okrem Islandu a Luxemburska. Tie vzhľadom na minimálny príspevok nevyužívajú právo na účasť. Rokujú preto predstavitelia sedemnástich členských krajín, predseda CBC, zástupcovia správneho odboru NATO a zástupca vyžadujúcej zložky. V tomto formáte sa pracovná skupina schádza až do konca novembra, keď je stanovený termín predložiť návrh rozpočtu Severoatlantickej rade (NAC), aby ho posúdila. Na týchto rokovaniach jednotlivé zložky obhajujú svoje požiadavky. V prípade, že sa vyskytnú námietky voči návrhu rozpočtu niektorej zložky, pokračuje sa v rokovaniach podľa schváleného harmonogramu a odmietnutá zložka je do rozpisu opätovne zaradená na prerokovanie prepracovaného návrhu. Rokovania s predstaviteľmi jednotlivých funkčných zložiek prebiehajú na oddelených rokovaniach. CBC má právo prispôsobiť (znížiť) návrhy vyžadujúcich zložiek. Súčasne každý predstaviteľ členskej krajiny NATO v CBC má právo zmraziť rozpočet s požiadavkou o dodatkové informácie k návrhu rozpočtu, alebo žiadať skrátenie rozpočtu (tzv. freezing alebo cutting).